• Nat Mach Intell | “数据 + 知识 + AI”解锁新靶标药物虚拟筛选

  2024年6月6日，中国科学院上海药物研究所郑明月课题组在Nature Machine Intelligence期刊发表题为“Generic protein–ligand interaction scoring by integrating physical prior knowledge and data augmentation modelling”的研究论文。团队利用等变图神经网络来整合蛋白质-配体相互作用相关的物理先验知识，并且使用多种数据增强、数据去冗余策略来避免模型过拟合潜在的数据分布偏差，最终构建了一种通用蛋白质-配体相互作用评分方法EquiScore。在药物虚拟筛选场景和先导化

  来源：中国科学院上海药物研究所

  时间：2024-06-12

• 极小种群野生植物保护助力实现 《昆明-蒙特利尔全球生物多样性框架》全球目标

  　 依托中国科学院昆明植物研究所建设的云南省极小种群野生植物保护与利用创新团队从2004年就开始了极小种群野生植物的系统研究与保护实践，并参与发起、推动极小种群野生植物概念的提出、政府层面行动计划。目前，极小种群野生植物保护这一保护生物学领域的重要概念已经理论化和国际化，成为国家和地方政府生物多样性保护战略中保护野生动植物的一个重要内容。例如，国家层面的《国家生态红线保护战略》明确规定要用法律保护“极小种群”物种的生境；云南省政府颁布的《云南省生物多样性保护条例》特别强调“极小种群”物种在生物多样性保护中的重要意义；在最近发布的《中国生物多样性保护战略与行动计划(2023-2030)

  来源：中国科学院昆明植物研究所

  时间：2024-06-12

• 昆明植物所构建首个运用高通量测序技术对国产重楼属药用和濒危物种进行精准鉴定的...

  　 重楼属（Paris Linn.）隶属于百合目（Liliales）黑药花科（Melanthiaceae），根据最新的分类修订，全属共26种具根状茎的多年生草本植物，在欧亚大陆的温带和亚热带地区广泛分布；该属绝大部分种类（22种）分布于中国，并以中国西南山地为属的多样化和分布中心。重楼属植物具有重要的药用价值，具粗壮根状茎的种类在中国、喜马拉雅地区和中南半岛均有着悠久的药用历史。其中，滇重楼（Paris yunnanensis）和七叶一枝花（P. chinensis）为《中华人民共和国药典》（2020版）收载的药用重楼的基源植物，二者均以根状茎入药。迄今为止，仅在国内就已研发出九十多

  来源：中国科学院昆明植物研究所

  时间：2024-06-12

• 武汉病毒所肖庚富/潘晓彦团队合作研制发热伴血小板减少综合征病毒mRNA疫苗

  虫媒病毒在全世界范围内持续引发疫情，对人类生命健康造成较大影响，但特异性防治手段却极其有限。发热伴血小板减少综合征病毒（Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome Virus ，SFTSV）是近年来在亚洲国家持续流行的新型布尼亚病毒，其经蜱虫叮咬实现跨种传播，在蜱虫活动季节如5-8月份引发感染高峰。人感染后的典型症状为持续性发热、胃肠道不适、白细胞及血小板数目显著下降，严重者会出现多器官衰竭甚至死亡。近年来，SFTSV由山林、农村地区向城郊传播，在亚洲以外的国家如希腊、阿拉伯和美国等地也出现类似病例，其总体流行区域呈现扩大化。然而，针对SFTSV感染

  来源：中国科学院武汉病毒研究所

  时间：2024-06-12

• 农学院果树所滕元文/白松龄团队揭示ROS调控植物花青苷积累的分子机制

  全球气候变化使植物较以往更加容易遭受胁迫的伤害，因此探索植物抗逆机制，提高植物抗逆性已经变得至关重要。胁迫导致的活性氧（Reactive oxygen species，ROS）积累是造成植物伤害的主要原因之一，过量的ROS会造成植物细胞损伤甚至死亡。为了维持体内ROS稳态，植物进化出一系列保护机制，其中包括促进体内花青苷积累。花青苷是一种多酚类次生代谢产物，具有强大的抗氧化能力，可以直接清除胁迫诱导的ROS，而花青苷的生物合成也受到ROS的影响，但是目前对ROS在胁迫诱导花青苷生物合成中的作用机制却并不清楚。近日，浙江大学果树科学研究所滕元文/白松龄团队在国际知名期刊The Plan

  来源：浙江大学农业生物技术学院

  时间：2024-06-12

• 李文庆研究团队发现基于根除幽门螺杆菌降低遗传易感人群胃癌发生风险的新证据

  2024年5月29日，北京大学肿瘤医院李文庆研究团队等在JAMA系列杂志JAMA Network Open（IF:13.8）发表了题为“Helicobacter pylori treatment and gastric cancer risk among genetically high-risk individuals”的研究论文。该研究系统探讨了胃黏膜病变进展和胃癌发生风险的遗传易感性，整合构建胃癌多基因风险评分（PRS），评价对不同遗传风险人群根除幽

  来源：北京大学医学部

  时间：2024-06-12

• 北肿团队PD-1/CTLA-4双抗联合化疗一线治疗晚期胃癌1b/2期研究成果（COMPASSION-04）荣登Nature Medicine

  北京大学肿瘤医院季加孚教授、李子禹教授及沈琳教授共同通讯在国际医学期刊《自然医学》(Nature Medicine)在线发表题为“Cadonilimab with chemotherapy in HER2-negative gastric or gastroesophageal junction adenocarcinoma: the phase 1b/2 COMPASSION-04 trial”的研究论文。COMPASSION-04研究评估了PD-1/CTLA-4双抗联合化疗一线治疗人表皮生长因子受体2（HER2）阴性不可

  来源：北京大学医学部

  时间：2024-06-12

• 解码千年之谜——《科学》评述肖瑞平团队探索肿瘤恶液质病因的研究

  近日Science对未来技术学院肖瑞平教授团队关于肿瘤恶液质的研究成果发表了长篇评述“Muscle cramp compound may drive deadly wasting in cancer patients”，称该项工作有助于解开恶液质病因这个千年未解的医学谜团。恶液质是一种由癌症等严重疾病所引起的全身代谢性疾病，严重影响患者的生活质量和生存率。然而由于病因未知，临床上仍缺乏有效的治疗手段。肖瑞平团队的工作揭示了乳酸及其受体GPR81在癌症恶液质发生发展中的重要作用，发现肿瘤引起血乳酸水平升高，乳酸通过作用于脂肪细胞上的受体GPR81，促进脂肪细胞的分解代谢，进而引起

  来源：北京大学新闻网

  时间：2024-06-12

• 郑瑚团队合作开发针对Epstein-Barr病毒阳性上皮癌的基因转录激活剂的纳米溶癌疗法

  Epstein-Barr病毒 (EBV)感染在全球人群中很普遍。潜在的EBV感染可能导致各种恶性肿瘤，包括鼻咽癌、胃癌和淋巴癌等。在EBV相关的癌症细胞中持续存在且处于潜伏状态的病毒基因组为癌症的治疗和干预提供了一个独特的靶点。研究团队通过激活潜伏状态的EBV裂解周期来诱导细胞生长停滞、凋亡和破裂直至消除，从而达到歼灭癌细胞的目的。2024年5月3日，中国科学院动物研究所郑瑚团队联合香港中文大学及美国杰克逊实验室研究团队在Nature Communications期刊发表了题为“Synthetic BZLF1-targeted transcriptional activator for ef

  来源：中国科学院动物研究所

  时间：2024-06-12

• 李雪明/沈渊课题组合作开发冷冻电子断层成像倾转系列的离焦量测量方法

      冷冻电子断层成像（cryo-electron tomography, cryoET）技术可以观察细胞中生物大分子的原位结构，近年来受到了广泛关注。生物样品在冷冻电镜成像的过程中受到衬度传递函数（contrast transfer function, CTF）的影响，无法直接反映原始的结构信息。在实现高分辨率的蛋白质结构解析和电镜图像质量评估的过程中，依托CTF准确估计离焦量参数，对后续消除CTF的影响十分重要。目前常用的离焦量估计方法通常依托图像功率谱中的CTF衍射环（Thon ring）进行估计。冷冻电子断层成像

  来源：生命科学联合中心

  时间：2024-06-12

• 生命中心张强锋课题组开发SPACE用于空间转录组数据分析

        在多细胞生物体中，尽管所有细胞共享相同的基因组，但由于内部基因调控网络的差异以及与周围微环境中相邻细胞的外部信号交流，它们在形态、基因表达和功能上展现出显著的多样性。相邻的不同种类细胞之间再通过复杂的相互作用，形成一定功能的组织模块。近年来，随着空间转录组技术的不断发展，研究者能够在单细胞分辨率下获得细胞的基因表达谱，同时保留细胞在组织内的空间位置信息。因此，如何有效地利用这些空间位置信息来揭示复杂组织中细胞的空间排列模式和相关的生物学功能，即识别空间细胞亚型和发现组织模块，是空间转录组数据分析的核心任务。

  来源：生命科学联合中心

  时间：2024-06-12

• 微生物所张杰研究团队在柑橘免疫研究方面取得新进展

  2024年5月28日，中国科学院微生物研究所张杰研究团队在Molecular Plant-Microbe Interactions在线发表题为“A calcium-dependent protein kinase regulates the defense response in Citrus sinensis”的研究论文。该研究发现了柑橘钙依赖性蛋白激酶CsCPK6调控柑橘防御反应。 柑橘黄龙病是影响柑橘生产的一种毁灭性病害，钙依赖蛋白激酶（calcium-dependent protein kinases, CDPKs/CPKs）在信号转导、免疫调控等过程中发挥重要作用。柑橘基因组编码数十

  来源：中国科学院微生物研究所

  时间：2024-06-12

• 微生物所李学兵团队在高效长效HIV抑制剂方面取得新进展

  近日，中国科学院微生物研究所李学兵团队在Journal of Medicinal Chemistry上发表题目为“Glycan-Modified Peptides for Dual Inhibition of Human Immunodeficiency Virus Entry into Dendritic Cells and T Cells” 的研究论文，报道了团队研发的具有双靶点功能的长效HIV进入抑制剂。艾滋病毒（HIV）的高突变率导致其极易产生耐药性，如何快速获得高效、长效的新型抗HIV药物一直是艾滋病防控面临的重要问题。HIV的感染首先依赖于树突细胞（DC）的呈递，DC通过其表面蛋白

  来源：中国科学院微生物研究所

  时间：2024-06-12

• 微生物所王硕研究团队揭示肠道菌群调控固有淋巴细胞表观遗传修饰的功能机制

  近日，微生物所王硕团队在肠道共生菌调控肠道免疫细胞表观遗传修饰方面取得进展，相关研究成果以“Microbiota regulates the TET1-mediated DNA hydroxymethylation program in innate lymphoid cell differentiation”为题发表在Nature Communications上。该研究系统揭示了固有淋巴细胞（ILC）及其前体细胞的DNA甲基化和羟甲基化修饰图谱，并揭示肠道菌群通过调控ILC的DNA甲基化修饰促进ILC分化的功能机制。固有淋巴样细胞（ILC）在黏膜抗感染和维持组织稳态中发挥重要作用。然而，对于

  来源：中国科学院微生物研究所

  时间：2024-06-12

• 微生物所高福院士/王奇慧团队在猴痘病毒治疗性抗体研究中取得进展

  近日，中国科学院微生物研究所高福院士/王奇慧研究团队在Nature  Communications发表题为“ Two noncompeting human neutralizing antibodies targeting MPXV B6 show protective effects against orthopoxvirus infections”研究论文。该研究为治疗猴痘及其他正痘病毒感染提供了两株富有前景的候选单克隆抗体。猴痘病毒（MPXV）引发的猴痘疫情对全球公共卫生构成威胁，然而目前仍缺乏有效的治疗手段。尽管已有疫苗被批准用于预防猴痘，但是近期真实世界的数据显示它们的有效性有限。单

  来源：中国科学院微生物研究所

  时间：2024-06-12

• 中美合作研发帮助开发新抗生素的蛋白质研究

  一种被称为组氨酸激酶的细菌酶是新型抗生素的一个有希望的目标。然而，开发针对这种酶的药物一直很困难，因为它是一种“疏水”蛋白质，一旦从细胞膜的正常位置移除，就会失去其结构。现在，一个由麻省理工学院和上海交通大学联合领导的团队已经找到了一种使这种酶可溶于水的方法，这可能使快速筛选可能干扰其功能的潜在药物成为可能。研究人员通过用三个亲水氨基酸取代四个特定的疏水氨基酸，创造了他们的新版本的组氨酸激酶。即使在这一重大转变之后，他们发现这种酶的水溶性版本仍保留了其自然功能。目前还没有针对组氨酸激酶的抗生素，因此破坏组氨酸激酶功能的药物可能代表了一类新的抗生素。这些候选药物是对抗日益严重的抗生素耐药性问题的

  来源：Nature Communications

  时间：2024-06-11

• 利用单细胞测序和空间转录组学来深入探究子宫腺肌病

  子宫腺肌病（adenomyosis）是一种常见的妇科疾病，但目前了解不多，治疗方案也很有限。嘉兴大学附属妇儿医院和同济大学等机构的研究人员近日采用单细胞RNA测序和空间转录组学来绘制子宫腺肌症患者的转录图谱。这项题为“Comprehensive transcriptional atlas of human adenomyosis deciphered by the integration of single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomics”研究成果于2024年3月发表在《Protein & Cell》杂志上。该研究突出了与

  来源：AAAS

  时间：2024-06-11

• 陈仁杰课题组联合研究揭示短期股票市场波动增加主要不良心血管事件的死亡风险

  （供稿：高亚） 近日，复旦大学公共卫生学院陈仁杰教授团队、中国疾病预防控制中心慢性非传染性疾病预防控制中心（以下简称中疾控慢病中心）的周脉耕研究员团队联合开展了一项全国性研究，定量评估了股票市场波动对主要不良心血管事件（MACEs）和自杀死亡风险的影响。研究结果以“Stock Volatility Increases the Mortality Risk of Major Adverse Cardiovascular Events and Suicide: A Case-Crossover Study of 12 Million Deaths”为题发表于中国

  来源：复旦大学公共卫生学院

  时间：2024-06-11

• 工学院王龙课题组在Nature Computational Science上发表高阶网络化系统博弈动力学研究...

  复杂网络能够有效地描述大规模工程和自然系统中个体间的交互关系，被广泛应用于研究各种类型复杂系统的结构和功能。将演化博弈论与复杂网络相结合，作为研究群体行为和群体智能的基本工具和理论模型，在控制科学、计算机科学、生物生态、经济社会等领域引起了广泛关注。在过去的20年中，复杂网络上的博弈动力学领域取得了若干重大进展。2017年，哈佛大学Nowak和丘成桐等人在Nature期刊上发表文章，构建了二元交互（pairwise）网络上的博弈动力学理论框架，并利用溯祖理论给出了博弈策略占优的数学条件。然而，在实际系统中，交互模式并不限于二元交互，而常常涉及三元甚至更多元的交互，如工程系统中的

  来源：北京大学新闻网

  时间：2024-06-11

• 工学院宋洁课题组研究成果入选Cell子刊Patterns封面文章，提出数据价值研究新范式

  随着数字经济的持续发展，数据已成为推动现代化经济建设的关键性资源。据预测，2025年全球数据资产总量将超过175ZB。在大数据的环境下，多层次、多尺度的价值关系尚未被完全发掘并应用。从根本上说，数据的价值源于对应用对象和研究任务的明确界定，而这些任务的执行效果则直接受制于多源异构数据的质量。高质量的数据样本可以显著提升学习性能和任务的完成度，反之弱因果关系或无关数据可能削弱学习的准确性。尽管信息熵、离群值诊断和Shapley值等模式化方法已广泛用于数据特征的优化与价值评估，然而难以准确反映数据在不同任务需求下的差异性贡献。因此，亟需在统计学与经济学的基础上，研发出场景驱动的数据

  来源：北京大学新闻网

  时间：2024-06-10

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