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Cell Research：COVID-19患者中的肺泡再生
许多哺乳动物模型均已证明AT2在肺损伤后可以增殖并分化为AT1以构建新的肺泡，但是成年人急性肺损伤后肺泡是否再生仍不清楚。此外，尚不清楚AT2细胞是否可以参与SARS-CoV-2感染后肺泡的再生。2020年7月6日，北京生命科学研究所/清华大学生物医学交叉研究院汤楠实验室在Cell Research杂志在线发表了题为“Pulmonary alveolar regeneration in adult COVID-19 patients”的研究论文。该文章通过研究分析两名成年COVID-19患者肺组织，观察到肺泡干细胞（AT2）在病毒性肺炎感染后期活跃增殖并开始分化为负责气体交换功能的肺泡一型样上
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Nature Communications报道人源核糖体大亚基前体复合物结构
核糖体的生物生成是一个非常复杂及高度耗能的分子过程，在真核细胞中超过300个因子（包括蛋白质和snoRNA）参与核糖体亚基的生物生成。它们参与了rRNA的转录、加工、修饰及折叠，80种核糖体蛋白的修饰及组装，以及核糖体前体颗粒的构象成熟及跨核膜转运等一系列过程。临床研究发现人源的核糖体组装因子或核糖体蛋白发生突变与一类罕见的遗传发育疾病（统称为Ribosomopathy）有直接关系，病人具有不尽相同的临床表型，但都展现出典型的幼儿发育障碍及较高的血液癌症的罹患率 (Narla and Ebert, 2010)。除此之外，核糖体生物生成的异常高调活性也是很多类型癌症细胞的一个重要特征 (Penz
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王晓东实验室Nature子刊发文：靶向PDE3A诱导细胞凋亡的吲哚生物碱小分子
北京生命科学研究所/清华大学生物医学交叉研究院王晓东实验室博士后李典镕于2015年发现人体内包括雌激素（E2）在内的一类小分子能够诱导多种癌细胞凋亡。博士后艾有为通过全基因组CRISPR-Cas9筛选发现E2诱导的细胞凋亡依赖于PDE3A/SLFN12的表达，并且发现E2通过直接结合PDE3A来诱导PDE3A-SLFN12相互作用。随后李典镕、陈洁等揭示PDE3A-SLFN12诱导细胞凋亡的机理（Molecular Cell,2019,1103）。艾有为在齐湘兵实验室协助下进行雌激素分子探针构建的过程中，获知一类乌檀属吲哚生物碱小分子也能诱导癌细胞死亡。为了探索这些小分子化合物诱导细胞死亡的机
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上海交大最新论文：通过功能基因组挖掘发现一种新型羊毛硫抗生素
近日，《德国应用化学国际版》（Angewandte Chemie International Edition）在线发表了上海交通大学生命科学技术学院邓子新院士团队陶美凤教授课题组的研究成果Functional genome mining reveals a novel class V lanthipeptide containing a D-amino acid introduced by an F420H2-dependent reductase。上海交通大学博士徐敏、张菲为该文章的共同第一作者，陶美凤教授为通讯作者，该文作者还包括邓子新教授、林双君教授和新西兰奥克兰大学（Universit
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《细胞》：多机构合作发文绘制人类肺腺癌蛋白质组草图
7月9日，国际顶级学术刊物《细胞》正式发表了大规模临床肺腺癌蛋白质组草图绘制工作。该工作由中科院上海药物研究所牵头， 联合军事科学院军事医学研究院、国家蛋白质科学中心（北京）、国家癌症中心/中国医学科学院肿瘤医院、上海交通大学等多家单位，在国际上首次对肺腺癌开展了大规模、高通量、系统性的全景蛋白质组学研究。上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系李婧教授为共同通讯作者，上海交通大学博士生马一鸣为共同第一作者，课题组多名研究生参与了本项目联合攻关。项目研究的组学大数据分析得到了上海交通大学网络信息中心校级计算平台提供的科学计算服务支持。肺癌是我国乃至全世界发病率和死亡率最高的恶性肿瘤
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Nature子刊：株型发育的基因调控网络新机制
在真核生物中，许多重要的发育相关的转录因子被发现能够结合到基因内部。目前，转录因子结合启动子或远端的增强子调控基因转录的机制已经比较清楚，但其结合到基因内部调控基因表达的分子机制却知之甚少。近日，国际学术期刊《自然-植物（Nature Plants）》在线发表了中国农业科学院农业基因组研究所（以下简称“基因组所”）与中国农业科学院蔬菜所等单位的协同创新研究成果。这篇题为“Regulation of plant architecture by a new histone acetyltransferasetargeting gene bodies”的研究成果，通过研究TCP家族的CYC/TB1类
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PNAS，EMBO等多篇文章报道迁移细胞中受体活性的空间调控
细胞迁移广泛参与个体发育和损伤修复等多种生理病理过程。细胞如何极化并实现定向迁移是细胞和发育生物学中的重要问题。清华大学PI欧光朔实验室在《美国科学院院报》杂志发表了题为“定向细胞迁移中受体活性被酪氨酸磷酸酶空间限制”（Spatial Confinement of Receptor Activity by Tyrosine Phosphatase During Directional Cell Migration）的文章，报道极性分布的酪氨酸磷酸酶限制受体在迁移细胞尾部的活性。欧光朔实验室早期发现了保守的跨膜蛋白MIG-13/LRP12在神经细胞内决定了迁移方向（PNAS, 2013），阐明了
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Protein & Cell：SHANK2是一个调控HIPPO通路的新型原癌基因
原癌基因可以通过染色体区段扩增的方式，在癌细胞中增加拷贝数，从而促进细胞增殖和肿瘤发生。然而在这些染色体扩增区段上，通常有许多相邻基因与原癌基因一同扩增，因此部分肿瘤染色体扩增区段上的原癌基因尚不明确。从理论上来说，由于原癌基因对于肿瘤生成的不可或缺性，在同一个染色体扩增区段上的多个基因中，原癌基因应当在最多数目的癌症样本中扩增。近期癌症基因组数据的大量积累，使得对这一问题的精确分析成为可能。7月13日，国际学术期刊Protein &Cell在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）姜海研究组与张雷研究组合作的最新研究成果“SHANK2 is a fre
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中科院学者最新论文：一种基于转氨酶的多酶级联系统
近年来，合成生物学的快速发展使微生物发酵生产天然氨基酸的成本持续降低，氨基酸产业取得了巨大发展，2017年全球氨基酸产量约为850万吨，预计到2022年将突破1100万吨。然而，我国作为氨基酸生产和消费大国，大宗型氨基酸产品已经进入供过于求的状态。因此，发展使用生物基L-氨基酸作为初始原料生产高附加值产品的新型生物技术，对国家的可持续性发展与产业升级具有重要的经济意义和社会价值。 酮酸作为L-氨基酸合成的直接前体物质，在人体和动物的新陈代谢中起着重要的作用，被广泛应用于医药（复方酮酸片用于治疗慢性肝肾功能衰竭）、食品（功能饮料）、农业和养殖业等多个领域。但目前酮酸的化学合成需要使用
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复旦大学最新成果应用人源类器官回答新冠病毒感染和损伤肝脏机制
复旦大学生命科学学院、遗传工程国家重点实验室赵冰、林鑫华团队应用人源类器官（Organoid）回答新冠病毒（SARS-CoV-2）感染和损伤肝脏的分子机制。研究成果以《人源肝脏类器官模拟新冠病毒感染和胆管损伤》（“Recapitulation of SARS-CoV-2 infection and cholangiocyte damage with human liver ductal organoids”）为题在线发表于《蛋白质与细胞》（Protein & Cell），并于6月22日获《自然》新闻报道（Nature News）和首页图片高亮（Homepage Image Highli
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中外学者发文：靶向v-ATPase的天然产物verucopeptin有效抑制肿瘤多重耐药
肿瘤多重耐药是指在化疗药物治疗过程中肿瘤细胞对多种不同结构和作用机制的药物普遍产生了耐药现象，成为影响肿瘤化疗预后的重要因素，是当前肿瘤研究与药物开发的重点和难点。由于肿瘤多重耐药的成因复杂，目前临床上针对肿瘤多重耐药的药物，如ABC transporter小分子抑制剂等，表现并不尽如人意，因此解决肿瘤细胞多重耐药问题亟需新的策略。2020年7月9日，细胞应激生物学国家重点实验室、天然产物源靶向药物国家地方联合工程实验室、厦门大学生命科学学院邓贤明教授课题组在《Cell Chemical Biology》在线发表题为“Pharmacological Targeting of Vacuolar
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Theranostics：JMJD2D抑制p53信号通路的新机制
7月12日，细胞应激生物学国家重点实验室、厦门大学生命科学学院俞春东教授课题组和厦门大学医学院李文岗教授课题组在《Theranostics》在线发表题为“Demethylase-independent function of JMJD2D as a novel antagonist of p53 to promote Liver Cancer initiation and progression”的研究论文。该研究表明组蛋白去甲基化酶JMJD2D可以通过抑制p53信号通路以及激活Wnt/b-catenin信号通路来促进肝癌的发生和进展。该研究发现：与癌旁组织相比，JMJD2D的表达在人肝癌标本
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清华学者PNAS报道迁移细胞中受体活性的空间调控机理
细胞迁移广泛参与个体发育和损伤修复等多种生理病理过程。细胞如何极化并实现定向迁移是细胞和发育生物学中的重要问题。清华大学生命科学院欧光朔实验室在《美国科学院院报》杂志发表了题为“定向细胞迁移中受体活性被酪氨酸磷酸酶空间限制”（Spatial Confinement of Receptor Activity by Tyrosine Phosphatase During Directional Cell Migration）的文章，报道极性分布的酪氨酸磷酸酶限制受体在迁移细胞尾部的活性。欧光朔实验室早期发现了保守的跨膜蛋白MIG-13/LRP12在神经细胞内决定了迁移方向（PNAS, 2013），
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PNAS：HYL1拮抗外切体调控miRNA加工生成新机制
复旦大学遗传工程国家重点实验室任国栋研究员课题组在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表了题为《双链RNA结合蛋白HYL1保护miRNA前体分子免受核内外切体攻击》“Hyponastic Leaves 1 protects pri-miRNAs from nuclear exosome attack”的研究论文。该研究揭示了拟南芥双链RNA结合蛋白 HYL1在 miRNA加工成熟过程中保护底物分子（pri-miRNA及其加工过程中间产物）免受核酸外切体（exosome）攻击的新机制，并发现HYL1可能在DCL1介导的由环到基部（Loop-to-base）和基部到环（Base-to-loop）成熟
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江苏师范大学最新发文：揭示甘薯块根基因表达变异的遗传调控基础
甘薯(Ipomoeabatatas (L.) Lam)为旋花科番薯蔓生草本植物，其产量高、营养丰富、抗逆境能力强，是世界上重要的粮食、饲料、工业原料及新型能源作物。块根是甘薯的主要被食用部位，其富含淀粉、膳食纤维、β-胡萝卜素、花青苷等营养物质，深受消费者青睐。因甘薯是自交不亲和、高度杂合的多倍体物种（2n = 6x = 90），加之其基因组异常复杂，对甘薯重要农艺性状的分子调控机制研究较少。近日，江苏师范大学生命科学学院甘薯研究团队在园艺领域顶级期刊《Horticulture Research》（SCI一区，IF5year=5.570）在线发表了题为“Genome-wide analysis
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Nature子刊：复旦学者为优化中国水资源分配提供了新的研究维度和重要数据支撑
中国陆地面积广阔，气候类型多样，水资源总量丰富但空间分布极不均匀，总体呈现南多北少。北方人口密集、耕地面积大、工农业用水多且利用率低，快速城市化导致水质呈恶化趋势，进而加剧了水资源短缺危机。因此，全面准确地获得中国水体时空特征与动态并探究其驱动机制对缓解水资源危机尤为关键。李博教授课题组，联合美国俄克拉荷马大学的研究人员，在《自然-通讯》（Nature Communications）上发表了题为《1989-2016年中国地表水和陆地水资源的赢家和输家》（Gainers and losers of surface and terrestrial water resources in China
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中国学者最新Cell发文：绘制人肺腺癌的完整蛋白质组图谱
来自中国科学院上海药物研究所，国家蛋白质科学中心（北京），国家癌症中心，中国医学科学院等处的中国科学家团队最近报告了一项针对103名中国肺腺癌（LUAD）患者的综合蛋白质组学分析，这一疾病是全球所有癌症类型中的主要致死死因。这一发现公布在7月9日的Cell杂志上。研究揭示了与LUAD相关的分子特征，与临床结果的关联，潜在的预后生物标志物和药物靶标等。尽管近年来LUAD的基因组研究在精准医学领域取得了显著进展，但仍有很大一部分LUAD患者仍缺乏针对性的治疗策略。由于蛋白质是生物活动的直接执行者，因此对LUAD的蛋白质组学研究可以填补基因组异常与致癌蛋白质功能之间的知识鸿沟。为了全面了解LUAD的
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Genome Biology：RNA聚合酶与染色质三维结构新发现
基因转录与染色质三维结构关系的研究一直是分子生物学领域的研究热点和难点，也存在争论。一方面，以往在哺乳动物细胞发育和疾病模型中的研究表明，活跃转录的染色质区域通常具有较高频率的染色质互作（Zheng et al., 2019），而在果蝇细胞中，染色质高级结构甚至可以仅通过转录数据来模拟（Hug et al., 2017; Rowley et al., 2017; Rowley et al., 2019）。先前的研究也表明，转录可以促进粘连蛋白(Cohesin)在染色质上的重新定位从而调控三维染色质结构（Busslinger et al., 2017; Heinz et al., 2018）。另
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中科院，中山大学Cell Res：首次报道EBV核衣壳全原子结构模型
Epstein-Barr virus（EBV）属于疱疹病毒科，是一种广泛传播的双链DNA病毒。EBV感染能够诱发多种肿瘤，其中包括我国高发的鼻咽癌。在世界范围内，每年由EBV感染引起的新发肿瘤患者约为25万。EBV具有典型的疱疹病毒三层结构框架：其最外层是含有病毒糖蛋白的脂质双分子层包膜（envelope）；最内层是包含病毒基因组的、直径约为130 nm的准二十面体核衣壳（nucleocapsid）；外层包膜和内层核衣壳之间是由蛋白质组成的间层（tegument）。多项研究表明，以旨在干扰病毒衣壳组装和成熟的小分子化合物将有望成为抗疱疹病毒感染的有效武器。近年来，随着冷冻电镜和计算机图像处理技
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miR-629-5p通过增强肿瘤细胞侵袭和内皮细胞渗透的双重作用促进肺腺癌的浸润
中科院上海药物研究所安全性评价研究中心任进研究团队在Nature子刊Oncogene杂志上发表了题为“MiR-629-5p promotes the invasion of lung adenocarcinoma via increasing both tumor cell invasion and endothelial cell permeability”的研究文章。该研究首次发现miR-629-5p能够通过抑制肺腺癌细胞中PPWD1的表达，同时抑制血管内皮细胞中CELSR1的表达而发挥更显著的促进肺腺癌浸润的双重作用分子机制。研究人员采用一系列分子生物学最新技术方法，包括TCGA数据库的
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