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清华大学Cell Reports发现艾滋病病毒适应新宿主和免疫逃逸的分子机制
清华大学医学院张林琦教授课题组在美国《细胞快报》(Cell Reports)期刊在线发表题为“A single substitution in gp41 modulates the neutralization profile of SHIV during in vivo adaptation （艾滋病病毒表面蛋白单点氨基酸突变调节中和抗体敏感性）”的研究论文。该论文首次从中国流行的艾滋病病毒中挑选构象“开放”的表面蛋白，构建猴人杂合艾滋病病毒SHIV，利用恒河猴模型开展SHIV在适应新宿主过程中的病毒变异、生物学活性和免疫逃逸机制研究。研究发现，病毒为了适应新宿主，其表面蛋白产生大量突变，并
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华东师范大学最新发表PNAS文章
人类大脑功能随着年龄的增长逐步衰退，老年性听觉障碍以及伴随的言语和认知异常在老年人群中普遍存在。然而，能否有效地延缓这种与年龄相关的脑听觉功能衰退？华东师范大学生命科学学院、脑功能基因组学教育部重点实验室教授周晓明的团队近期在《美国科学院院报》(PNAS)发表的合作研究成果对这个问题给出了乐观的答案。他们以老年大鼠为听觉模型，采用一个特别设计的听觉目标和识别程序，训练动物完成对目标声和非目标声信号的分辨任务。他们先给2个月龄的年轻大鼠安排连续2个月的强化训练。18个月后，再对这些已进入老龄的大鼠进行听觉行为测定。结果发现，这些经过训练的老年大鼠对目标声序列识别的成功率明显高于未经训练的同龄大鼠
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杨辉课题组再发一篇《Nature》：DNA碱基编辑诱导大量靶外RNA突变
6月10日《Nature》杂志报道了中国科学院神经科学研究所杨辉课题组与中国科学院计算生物学研究所和四川大学合作完成的一项研究，证实了DNA碱基编辑器会造成数以万计个非靶向RNA单核苷酸变异（SNVs），这些非靶向SNVs可通过在脱氨酶中引入点突变来加以消除。这项研究揭示了DNA碱基编辑的一个潜藏风险，还通过工程脱氨酶提供了一个解决问题的方法。今年，美国麻省总医院的Keith Joung团队和哈佛大学David Liu团队分别在《Nature》和《Science Advances》杂志报道了DNA单碱基编辑器存在大量RNA脱靶，通过突变版本的BE3和ABE可以部分降低RNA的非靶向编辑。DNA
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李劲松受邀在生殖领域老牌杂志发表综述 探讨“人造精子细胞”
过去几十年，各国科研人员致力于开发利用精子作为介质来制备转基因动物的技术方法。通过将精子与外源DNA进行孵育，再体外受精（IVF），最后胚胎移植可以获得转基因动物。这个方法虽然简便快速，但是可重复性差。此外，由于精子遗传物质十分凝集，且不能在体外扩增，因此无法用于基因打靶等复杂的基因修饰。2012年，中国科学院生物化学与细胞生物学研究所李劲松研究组通过核移植的方法建立了精子来源的孤雄单倍体胚胎干细胞系（AG-haESCs）；AG-haESCs可以在体外长期扩增培养，通过流式分选可以稳定地维持单倍体细胞的存在，最为重要的是，当注入卵母细胞后，它可以支持半克隆小鼠的出生（效率约2%）。为扩展AG-
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南京农业大学Plant Cell揭示水稻粒长调控新机制
水稻粒长不仅关系到水稻的产量也决定了水稻的外观品质，因此水稻粒长的研究具有重要意义。来自南京农业大学的研究人员发表了题为“Rice qGL3/OsPPKL1 Functions with the GSK3/SHAGGY-Like Kinase OsGSK3 to Modulate BrassinosteroidSignaling”的研究论文，发现与拟南芥中的BR信号通路不同，水稻qGL3通过调控OsGSK3的磷酸化状态和蛋白水平以及OsBZR1的核质分布，进而调控BR信号通路和水稻粒长。这种调控机制的阐明对于利用油菜素甾醇信号中的关键基因进行水稻分子改良具有重要的应用价值。这一研究成果公布在国
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暨南大学张弓教授：刷新蛋白质组谱重现性记录
质谱是蛋白质组学目前的主流技术，可以一次性分析复杂样品中上万种蛋白质。但质谱的重现性一直是一个大的问题。同一个样品做两次质谱实验，鉴定到的蛋白质都有较大的不同，重现性（即两次都能鉴定到的蛋白数量占总鉴定数的百分比）一般只能达到65-85%。2017年Nature Communications上的一篇文章指出(Collins et al., Nature Communications 8:291)，只有约一半的蛋白质能在SWATH质谱技术中被重复鉴定到，而SWATH已经被认为是重现性相对较高的质谱技术了。Science 曾组织专题研讨会讨论如何提高质谱的重现性，指出现有质谱的重现性远远不能满足生
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NIBS王晓东发表Science子刊封面文章：两条哺乳动物细胞负调控细胞程序性坏死的通路
细胞程序性坏死是哺乳类动物细胞特有的一种细胞死亡现象。北京生命科学研究所王晓东实验室发表题为“Flotillin-mediated endocytosis and ALIX–syntenin-1–mediated exocytosis protect the cell membrane from damage caused by necroptosis”的封面文章，报道了哺乳类动物细胞程序性坏死过程中的两个负调节步骤。这一研究发现公布在Science Signaling杂志上，文章第一作者为樊炜亮，通讯作者为王晓东。在过去十年里，王晓东实验室发现了程序性的细胞坏死主要的信号传导和执行分子—RI
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一种针对中东呼吸道综合征冠状病毒的新型载体疫苗
清华大学医学院张林琦教授研究团队在《新发病原体与感染》（Emerging Microbes & Infections）期刊在线发表题为“单次滴鼻免疫黑猩猩腺病毒载体疫苗有效诱导产生针对中东呼吸道综合征冠状病毒的长期保护性免疫反应”（Single intranasal immunization with chimpanzee adenovirus-based vaccine induces sustained and protective immunity against lethal MERS-CoV infection）研究论文。该研究利用稀有黑猩猩腺病毒AdC68为载体，研发了一种
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EBioMedicine：基于信号通路的肝癌风险预测模型
上海交通大学生命科学技术学院、生物信息学与生物统计学系俞章盛教授团队在肝癌风险预测研究方面取得新进展，在柳叶刀杂志子刊《EBioMedicine》发表了题为“Pathway-based Biomarker Identification with Crosstalk Analysis for Robust Prognosis Prediction in Hepatocellular Carcinoma”的研究论文。该研究基于发现的13个与肝癌生存显著相关的信号通路并构建了肝癌风险预测模型，在异质性（heterogeneity）较高的肝癌的多个数据集中取得了较高的预测精度，并且与新近发表的基于深度
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王红阳院士最新《Hepatology》：瞄准肝细胞癌早期筛查与精准治疗
肝细胞性肝癌（HCC）是世界范围内癌症相关死亡上升最快的疾病之一，因缺乏早期特异性生物标志物和治疗靶点，导致HCC早期诊断率很低以及治疗方法非常匮乏。国家肝癌科学中心、第二军医大学东方肝胆外科医院的研究人员，通过系统性地对极早期肝癌（BCLC 0 期HCC）mRNA、circRNA和microRNA表达谱进行全基因组分析，揭示了HCC早期以circRNA为中心的非编码RNAs调控网络，最新文章在线发表在《Hepatology》杂志上。王红阳院士是该项研究的主要通讯作者，李亮副研究员是共同通讯作者，四位共同第一作者分别是危晏平硕士、陈昕博士、梁驰硕士和凌妍博士。王红阳院士长期从事肿瘤的基础与临床
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【文献解读】模拟血管化骨再生骨发育微环境的富镁3D培养系统
有些动物，如蜥蜴，可以在截肢后再生整个肢体。这一机制的研究表明，所涉及的细胞和分子机制与胚胎发育过程极为相似，干细胞和生物材料的进步改善了人工辅助组织再生策略，为患者们点亮了新的希望之光。上海交通大学医学院，上海口腔医学研究所的张志愿院士、蒋欣泉教授和张文杰博士等人近期在Advanced Science杂志（IF=12.441）发表了题为“A Magnesium-Enriched 3D Culture System that Mimics the Bone Development Microenvironment for Vascularized Bone Regeneration”的文章，发
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上海交大生物医学工程学院教授论文入选2018年Web of Science前1%高引论文
据Web of Science的最新消息，上海交通大学生物医学工程学院Dan Czajkowsky教授作为第一作者与利物浦大学Richard Pleass教授合作撰写的题为“Fc-fusion proteins: new developments and future perspectives”（EMBO Molecular Medicine 4, 1015 (2012)）的文章成为2018年Web of Science临床医学领域引用率前1%的高引论文。该论文对新近涌现的Fc融合蛋白的临床应用和潜力进行了全面、系统的总结和点评。Fc融合蛋白是通过生物工程技术将具有不同功能的多肽直接连接（融合
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小鼠在强磁场下到底安全吗？科学家给出答案
科学家：23特斯拉以下呆两小时比较安全中国科学院强磁场科学中心6月5日发布消息称，该中心研究员张欣课题组利用稳态强磁场大科学装置，在20特斯拉级强磁场生物安全性方面取得全新进展，首次报道了20特斯拉级以上强磁场对正常小鼠的主要生理生化指标等的影响。相关成果在线发表于国际神经成像领域期刊《神经图像》( Neuroimage )上。团队成员前期先进行了小规模的实验，检测了3.7~24.5特斯拉强磁场对荷瘤小鼠的影响，处理时长9小时，发现可以对肿瘤生长产生一定的抑制作用。虽然小鼠的大多数生理生化指标无显著异常，但是其肝脏受到了强磁场的影响。在前期实验的基础上，团队成员降低了磁场强度，缩短了磁场处理时
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华中农大Nature Genetics绘制结构变异组图谱
玉米是全球最大的粮食作物之一，全球年产量超过10亿吨。大约9000年前，玉米起源于热带气候的墨西哥西南部，经人类驯化后，种植范围不断扩大，覆盖了广大温带区域。热带玉米种质具有许多温带种质所不具备的优良性状, 如抗病虫、耐旱等。玉米也是遗传多样性最为巨大的物种之一，任意两个玉米材料间的遗传差异大于人类与黑猩猩之间的差异。然而，目前已发表玉米基因组材料都来自温带，用作参考基因组，不能全面揭示热带玉米的遗传多样性。因此，构建高质量热带玉米基因组图谱对热带玉米优势抗逆性状的遗传学研究意义重大，是玉米优势农艺性状相关基因得到更充分挖掘的必要前提。来自华中农业大学的研究人员发表了题为“Genome as
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人、猪EPSCs创建成功！干细胞研究再上崭新平台
香港大学领衔创建出了猪和人的扩展潜能干细胞（Expanded Potential Stem Cells，EPSCs）。这些干细胞具有早期胚胎细胞的特征，可以发育成任何类型的细胞。香港大学、Wellcome Sanger研究所和德国Friedrich-Loeffler-Institut的研究为人类发展和再生医学提供了巨大潜力。6月3日发表在《Nature Cell Biology》上的这项研究是科学家们第一次从早期猪胚胎中获得干细胞。由于家猪与人类的基因和解剖结构相似，因此它们具有很大的生物医学研究用途。另外，能够对猪干细胞进行基因改造也将有利于动物健康和食品生产。干细胞有能力发展成其他类型细胞
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Advanced Science：原位光激活的生物正交偶联反应
近几十年来，体内标记和追踪细胞的方法已经得到长足的发展，但近期的一系列新方法延伸了谱系研究的范围——新工具能获得非常多样的细胞标记，并以高分辨率解析它们。来自上海科技大学免疫化学研究所的研究人员发表了题为“Photoactivatable Fluorogenic Labeling via Turn‐On “Click‐Like” Nitroso‐Diene Bioorthogonal Reaction”的文章，开发了基于亚硝基（nitroso）和二烯（diene）的原位光激活生物正交偶联反应，为化学生物学研究提供了新的技术手段。这一研究发现公布在Advanced Science杂志上，由上海科
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Cell子刊：环形RNA调控细胞代谢的新机制
肿瘤细胞的代谢异常是肿瘤的重要特征之一，AMPK作为细胞中重要的能量感受器，监控整个细胞的能量代谢水平并调控细胞的合成与分解代谢。当细胞内能量缺乏时，AMPK激活并关闭耗能的合成代谢，与此同时开启产能的分解代谢。AMPK在细胞代谢的调控中处于核心位置，是机体进行宏观调控的重要工具，其本身的活性也受到严格的调控。目前已知的AMPK上游激酶有LKB1、CaMKK2和TAK1，除此之外一些小分子如AICAR、A-769662等也可以激活AMPK。近年来，非编码RNA作为一个新兴的功能性分子，越来越引起人们的重视，长链非编码RNA参与调控AMPK已有报道，但是环形RNA是否参与调控AMPK却未被发现。
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南京大学生科院PNAS发现肝脏疾病引起肺部炎症的关键机制
肝脏疾病主要包括：肝损伤、肝炎和肝癌等。全球肝脏疾病人数高达13亿，我国约为4亿。临床数据表明肝脏疾病往往会引发多个组织的并发症，其中最为显著的是在肺部出现肺炎、肺水肿和肝肺综合征等多种病变。然而，肝脏疾病引起肺部炎症的机制至今尚不清楚。 来自南京大学生命科学学院的研究人员发表了题为“Injured liver-released miRNA-122 elicits acute pulmonary inflammation via activating alveolar macrophage TLR7 signaling pathway”的文章，发现肝脏疾病发生时，miR-122作为肝
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eLife：表观遗传甲基转移酶SET8动态构象图景
甲基化转移酶是表观遗传领域的重要治疗靶标，现已有FDA批准的靶向甲基化酶的药物小分子用于临床，相关的基础研究和药物分子设计成为当今药物研究的重要领域。SETD8 (SETD8/Pr-SET7/KMT5A)是甲基化转移酶家族中重要成员，是组蛋白赖氨酸H4K20的特异性单一甲基转移酶，参与转录调控、细胞周期调控、DNA损伤等多种生物学过程。相关研究表明，SET8在癌症的侵入、转移过程中发挥重要作用，其高表达还与儿科白血病及其存活率紧密相关。发展高活性、高选择性的小分子探针，通过靶向干预SET8以探索其结构功能关系不但可以推动表观遗传学基础生物学研究，同时可以促进相关的靶标成药性验证工作，还对药物发
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Molecular Cell：参与胚胎干细胞多能性维持和转录调控的新分子
转录调控是干细胞功能和早期胚胎发育的核心过程。胚胎干细胞多能性的维持需要细胞保持高水平的转录和核糖体生成活性，破坏细胞正常的转录和核糖体生成状态都会导致胚胎干细胞多能性丧失。真核细胞的转录调控受到一系列蛋白因子和非编码元件的精细调控，目前的研究大量集中于转录因子和表观遗传因子在这一过程的功能，RNA结合蛋白在转录中的功能研究相对较少。越来越多的证据表明，RNA分子（包括编码和非编码RNA）能够结合在基因组的启动子或增强子序列上参与转录与染色质调控。比如，在哺乳动物细胞启动子会产生双向转录的正义/反义的不稳定转录本TSS-associated RNAs(简称TSSa-RNAs)或PROMPTs（
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