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暨南大学Human Genetics发文 建立个人基因组组装质控标准
随着测序技术的飞速发展，组装一个个人的基因组的成本在快速下降。1990-2003年，六国科学家耗费13年时间和30亿美元，利用海量的BAC克隆，组装成功第一个人的个人基因组，人类基因组计划宣告完成。2007年，借助二代测序仪454，人们组装成了第二个个人基因组，耗时4个月，成本150万美元，但此时费时费力的BAC克隆仍然是拼接的必需。2008年，李瑞强等人发明了仅使用二代测序法拼接大型真核基因组的方法，虽然受限于Illumina测序仪读长短的劣势，拼接完整度有限，但由于其绕开了费时费力的BAC克隆，让个人基因组拼接的速度提升到了一个新的境界，成本也因此进一步下降。近年来，随着长读长的三代测序（
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EMBO J: 重庆医科大学解析苯丙氨酸/酪氨酸代谢异常在肝癌发生发展中的作用
2019年6月28日，重庆医科大学杨帆博士、李晶晶博士和邓海君博士作为共同第一作者在欧洲分子生物学学会期刊《The EMBO Journal》发表了题为“GSTZ1-1 Deficiency Activates NRF2/IGF1R Axis in HCC via Accumulation of Oncometabolite Succinylacetone”的论文，汪凯博士、唐霓教授和黄爱龙教授系该论文共同通讯作者。该论文通过组学数据分析、质谱鉴定和实验验证，首次完整地阐述了肝癌中GSTZ1缺失导致NRF2/IGF1R信号轴激活的分子机理。与此同时，作者提出了琥珀酰丙酮是一种新的致癌代谢物，其
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郑州大学，清华大学最新Science：人类早期胚胎发育“表观基因组重启”机制
近日，郑州大学第一附属医院孙莹璞/徐家伟课题组、清华大学生命科学院颉伟课题组合作研究揭示了人类早期胚胎发育组蛋白修饰重编程规律，发现人类早期胚胎发育染色质独特的亲本到合子表观基因组的转换模式，提出“Epigenome rebooting（表观基因组重启）”模型。研究成果以“Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition”（人类亲本-合子转变中组蛋白修饰重编程）为题，以研究论文的形式于2019年7月4日在Science（《科学》）在线发表。郑州大学第一附属医院孙莹璞教授、清华大学颉伟研究员以及
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研究者揭开干细胞集落发育机制
近日，科学家发现了力学因素影响胚胎干细胞发育的奥秘，而这起因于一个造型独特的细胞结构。7月3日，来自清华大学、北京航空航天大学和哈佛大学的学者在《细胞—系统》刊文，发现小鼠胚胎干细胞集落的表面张力随增殖、分化过程而演变，其表面张力来自三维超细胞肌动球蛋白皮层的收缩。 干细胞生长过程中所处环境复杂，不同弹性的细胞外基质（ECM）可诱导间充质干细胞分化成神经细胞、成骨细胞等。而细胞感受细胞力学微环境的过程，实际是细胞将感受到的力学刺激转化为生物化学信号的过程，这一过程被称为细胞力学信号传导。论文第一作者杜婧对《中国科学报》表示，一般平板培养的上皮类细胞多为单层生长，立体感较差，一种自发形
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厦门大学教授Nature子刊揭示肿瘤代谢抑制剂的个性化治疗
肿瘤的代谢异质性（Metabolic heterogeneity）是指不同肿瘤或同一肿瘤组织内部的代谢特征因遗传因素、饮食或微环境等的不同而显著差异。这种异质性是导致当前针对代谢抗肿瘤效果欠佳的重要原因之一。为此，我们需要鉴定不同肿瘤群体对代谢通路的依赖性差异，寻找其代谢弱点（Metabolic vulnerability），进而遴选不同的肿瘤患者群体，选择合适的代谢抑制剂进行个体化治疗。为此厦门大学生科院林树海教授课题组与其他研究组合作合作发表题为“Identification of metabolic vulnerabilities of receptor tyrosine kinases
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同济大学曹志伟教授课题组NAR研发糖蛋白抗原空间表位预测平台
外源性抗原入侵生物体时，抗原抗体的特异性结合是清除病原体的关键步骤，准确识别与抗体结合的空间表位对于疫苗的合理设计、免疫诊断和抗体筛选具有重要指导意义。传统表位鉴定方法通常需要大量实验，甚至结晶结构，耗时耗力，如果采用计算方法即可快速准确定位表位。以往的空间表位预测算法都聚焦于裸蛋白抗原，然而抗原蛋白的糖基化对表位影响很大，迫切需要适用于糖蛋白抗原的空间表位预测算法。同济大学生命科学与技术学院曹志伟教授课题组长期致力于免疫识别的相关算法研究，曾于2009年和2014年在国际著名学术期刊《Nucleic Acids Research》上发表了分别表位预测在线工具SEPPA1.0【1】和SEPPA
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Nature子刊：SecA-SecY蛋白转运机制的底物嵌合结构
2019年6月28日，北京大学生命科学学院、北大清华联合中心李龙课题组与高宁课题组合作在 《Nature Communications》 杂志上在线发表了题为“Structure of the substrate-engaged SecA-SecY protein translocation machine”的研究论文。蛋白转运是生物生命活动中一种必不可少的过程，可以将分泌型蛋白从细胞内输出并将膜蛋白整合到脂质双分子层中。转运的核心组分是进化上保守的蛋白转运通道，在真核生物中为Sec61通道，在原核生物中为SecY通道。Sec61 / SecY通道可以使多种蛋白在真核生物内质网膜或原核生物的质
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eLife：生理环境中的二价阳离子对P2X3受体的调节机制
P2X受体家族受细胞外ATP调控，在突触传导，听觉，痛觉及免疫调节等生理活动有着重要的作用。同源P2X3受体蛋白结合ATP后可以在毫秒级的时间完成激活和脱敏，但与ATP分离并从脱敏状态恢复却需要几分钟的时间，这种现象背后的机理尚待解析。尽管已经有多种关于P2X受体蛋白与ATP结合的结构，但生理环境下ATP常于二价镁离子或钙离子结合，对于二价阳离子结合的ATP的调节机制也尚未明晰。服部素之研究员及美国国立卫生院Kenton Jon Swartz课题组等的合作研究成果以“二价阳离子结合的ATP激活及调节P2X3受体的分子机制”（Molecular mechanisms of P2X3 recept
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中科大，南方科技大学Cell Research发现a-tubulin在有丝分裂中的重要功能
中国科学技术大学许超教授课题组，南方科技大学黄鸿达教授课题组及丹麦-哥本哈根大学Marin Barisic教授课题组合作，解析了a-tubulin末端去酪氨酸酶复合物SVBP/Vasohibin-1以及该异二聚体分别与a-tubulin羧基端模拟多肽、抑制剂分子epoY的高分辨复合物晶体结构，通过研究其功能突变体的体外/体内酶活确定了SVBP/Vasohibin-1复合体的底物结合界面及催化机制，并通过细胞生物学实验发现其在星体微管的形成中具有重要作用从而参与调节有丝分裂进程。相关成果以“Molecular basis of vasohibins-mediated detyrosination
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一种生物进化与多组学综合分析软件：eGPS 1.0
随着二代测序成本的不断降低以及三代、四代测序技术的快速发展，越来越多生物物种的全基因组序列被解读出来，多组学数据呈现爆发性增长的态势。然而，数据的高效挖掘和深度解析却是生物学家面临的又一难题。为了解决这一难题，中国科学院上海营养与健康研究所隶属的中国科学院计算生物学重点实验室、北京基因组研究所、北京生命科学研究院、生物化学与细胞生物学研究所、上海生物信息技术研究中心、中国科学院动物进化与遗传前沿交叉卓越创新中心等多家单位组成联合攻关团队，开发了一个针对生物进化和多组学综合分析的免费软件eGPS 1.0 (http://www.egps-software.org)，并提供免费云计算服务。eGPS
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Nature子刊揭示叶绿体识别活性氧分子的分子机制
叶绿体中游离四吡咯类化合物，如叶绿素，在吸收光能后产生的单线氧分子(1O2)一直被认为是植物光合作用中产生的毒性副产物。但在2004年，Klaus Apel教授及其研究团队首次发现1O2在叶绿体向细胞核的反向信号通路中起到重要作用，并在随后的遗传学研究中指出这一信号通路主要是由细胞核编码的叶绿体蛋白EXECUTER1介导，由此确立了1O2在细胞信号通路中的重要意义，开拓了活性氧分子介导的叶绿体向细胞核的反向信号通路研究的新思路。然而，长久以来，关于叶绿体中识别1O2的分子机制尚不明确。在此基础上，中科院植物生理生态研究所Chanhong Kim研究组发表了题为题为Oxidative post-
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Cell Reports：胃癌前病变和早期胃癌的单细胞转录组网络
炎癌转化是肿瘤高发的一个重要因素。如何深入理解非可控性炎症恶性转化的分子网络机制、寻找炎癌转化的标志物和干预靶点是炎癌转化早期逆转、精准防治的一个重点和难点问题。与此同时，中医经常采用寒、热等理论对炎症和肿瘤患者进行辨证论治，如何理解中西医的关系，助力炎癌转化早诊早治、个体化诊疗也是一个值得探索的关键问题。清华大学自动化系、信息国家研究中心李梢课题组以胃炎癌转化为范例，在解析胃炎癌转化单细胞网络、发现胃癌极早期细胞标志物，由此促进胃癌中西医精准防控方面取得重大进展。研究成果以“Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying
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武汉大学最新Cell提出新概念：RNA结合蛋白作为转录因子调控转录
RNA结合蛋白在转录后的剪接加工、修饰、转运、细胞定位、稳定性、翻译和降解等RNA代谢过程中发挥着重要的调控功能，但其在转录水平的调控功能和机制尚未有系统的研究。来自武汉大学医学研究院，加州大学圣地亚哥分校的研究人员发表了题为“Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-based Regulation of Transcription”的文章，通过ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）技术大规模检测了63个有细胞核定位的RNA结合蛋白与染色质的相互作用，意外地发现约60%的RNA结合蛋白与染色质有广泛的相互作
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Nature中国学者报道：尿苷二磷酸葡萄糖可抑制肺癌转移
6月26日，中国科学院生物化学与细胞生物学研究所杨巍维（YANG Weiwei）博士与中国科学院大连化学物理研究所李国辉博士领导的研究小组在《Nature》杂志上发表了一项研究报告：“尿苷二磷酸葡萄糖（UDP-glucose）不仅是尿酸代谢中的代谢中间产物，而且它还有一个新功能——加速SNAI1 mRNA衰变阻止肺癌转移。”这一发现很重要，因为肺癌是中国乃至世界最主要的癌症杀手，估计95%的癌症死亡是由于癌症转移，仅在中国，肺癌每年就能造成60多万人死亡。原发性恶性肿瘤通常可以通过手术、放化疗等传统疗法得到改善，然而，在大多数情况下，传统疗法对转移性肿瘤束手无策。因此，了解肿瘤转移的分子机制有
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PNAS揭示内质网融合蛋白调控膜转运的分子机制
真核细胞中的内质网是由连续的片状和管状结构组成的复杂网络，纵横交错的管状网络主要由两组富集于管状内质网的膜蛋白来维持：Reticulons 和REEPs可以诱导产生并稳定膜曲度，使生物膜形成管状结构；dynamin超家族蛋白 ATL则通过介导膜融合促进内质网管状网络的构建。细胞中ATL的缺失或突变会导致内质网产生长而不分枝的管状结构，ATL1的突变在人体内会引起遗传性痉挛性截瘫（HSP）。胡俊杰研究组近几年的研究成果揭示了ATL及其同源蛋白Sey1p和RHD3介导内质网同源膜融合的分子机制，而内质网管状网络在细胞生命活动中行使的具体生理功能及作用机制仍不清楚。生物物理研究所胡俊杰课题组的研究论
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李家洋院士组最新PNAS文章
分枝是植物株型发育的主要决定因素，同时也是决定产量的重要农艺性状之一。植物激素，如生长素、细胞分裂素等，在调控植物株型中起到了关键作用。独角金内酯是近年来新发现的一种植物激素，该激素可通过抑制侧芽的生长在株型建成中发挥关键作用。对不同植物激素之间相互调控关系的解析与研究具有重要的科学意义和应用价值。中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋研究组长期从事水稻株型建成调控机制的研究，对独脚金内酯的合成及信号转导进行了系统深入的解析。此前他们鉴定了独角金内酯信号途径中关键的负调控因子Dwarf53 (D53)，解析了独脚金内酯信号转导的“去抑制化激活”机制（Jiang et al., Nature,
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世界首次！我科学家成功破译古小麦全基因组
日前，我国科学家在古代小麦基因组研究领域取得了突破性进展，成功测定并分析了距今约3800年的小麦全基因组序列。这是世界上首次成功破译古代小麦全基因组，该研究提出了普通小麦从青藏高原边缘到长江流域的扩散路线，为理解东西方文化交流以及农业传播提供了跨时间维度上的直接证据。 这项研究由吉林大学教授崔银秋研究团队与东北师范大学教授宫磊研究团队合作完成。据崔银秋介绍，六倍体普通小麦是世界上最重要的粮食作物之一。普通小麦驯化始于大约1万年前近东的新月沃地，然后向西扩散到欧洲，向东扩散到东亚，但小麦进入中国的传播途径仍不清楚。 为探寻传播路径，经过约10年时间的研究，两支团队克服了古植物
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中科院学者最新发表Nature文章：一种抑制肺癌转移的新机制
肺癌是全世界也是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。我国每年肺癌发病人数超过73万，死亡人数超过61万，五年生存率低至16.1%，肺癌已然成为“第一大癌症”与“头号癌症杀手”。转移是肺癌死亡率居高不下的重要原因。传统手术以及术后放化疗可以很好的控制原发肿瘤，但对发生转移的肿瘤往往束手无策。初步统计，95%以上的肿瘤死亡是由肿瘤转移造成的。因此，深入理解肿瘤转移的分子机制不仅有助于肿瘤早期转移的发现，还将为肿瘤转移的阻断提供新的策略，并最终改善癌症患者的预后。来自中科院分子细胞科学卓越创新中心/生物化学与细胞生物学研究所的研究人员发表了题为UDP-glucose accelerates SNAI1
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陆前进教授团队在国际权威杂志《JACI》发布过敏发生的表观遗传学新机制
近日，中南大学湘雅二医院皮肤性病科主任、湘雅名医陆前进教授团队在国际过敏与变态反应领域排名第一的权威期刊《过敏与临床免疫学杂志》（Journal of Allergy and Clinical Immunology，IF=14.11）以论著形式在线发表了最新研究成果《TSLP epigenetically upregulates FcRγ-related receptors on APCs and induces TH2/TH17 polarization via dectin-2》。该团队梁云生教授、于碧慧医师为共同第一作者（现在南方医科大学皮肤病医院工作），陆前进教授、梁云生教授和南方医科
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厦大林圣彩教授再发Cell子刊文章解析葡萄糖感知和AMPK激活的“路线图”
机体有着一系列精妙的机制来感知糖、脂类和氨基酸等营养物质的水平，并做出反应以维持物质和能量代谢的稳态；若感应机制失效，则可能导致代谢性疾病的发生。这些过程不但是生物学的一个核心问题，也与我们的生活密切相关。葡萄糖是生物体最基本的物质和能量的来源，其水平升高会引起胰岛素的分泌，进一步引起包括脂肪合成在内的合成代谢途径的上调，从而加速机体对这些营养物质的同化，而其水平的下降则会引起一系列分解代谢途径的上调，产生能量以供应机体所需。因此，对葡萄糖水平的感应是我们在应对如饥饿等应激状态下的生理功能所必需的。近年来，林圣彩教授课题组在葡萄糖感知及其对代谢稳态的维持，特别是在对葡萄糖水平的下降并进一步激活
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