• 白色念珠菌metacaspase蛋白N端结构域在钙离子结合中的调控机制研究

  在真菌感染治疗领域，白色念珠菌作为常见致病菌，其耐药性问题日益严峻。这类病原体的生存依赖一类特殊蛋白酶——metacaspase（ metacaspase），它们与哺乳动物caspase（ caspase）结构相似但功能独特，尤其对钙离子的响应机制长期未明。现有研究显示，I型与II型metacaspase的N端结构存在显著差异，但N端如何影响钙依赖性激活过程仍是未解之谜。为破解这一科学问题，来自巴西圣保罗大学（Universidade de São Paulo）的研究团队以白色念珠菌I型metacaspase CaMCA-Ia为研究对象。该蛋白具有典型的Ca2+依赖性自剪切特性，其N端呈现独特

  来源：Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

  时间：2025-07-30

• DNA低甲基化修饰的lncRNA MALAT1通过NF-κB信号通路调控胆固醇代谢和炎症反应促进动脉粥样硬化性心血管疾病进展

  类风湿关节炎(RA)作为一种慢性自身免疫性疾病，全球约1%人口深受其害，尤其青睐40-70岁女性群体。这种疾病不仅导致关节畸形和功能丧失，更使患者寿命缩短3-10年。尽管临床上使用类风湿因子(RF)和抗环瓜氨酸肽抗体(anti-CCP)等标志物，但其敏感性和特异性仍不尽如人意。近年来，占人类基因组98%以上的非编码RNA(ncRNA)逐渐成为研究热点，其中环状RNA(circRNA)因其特殊的闭合环状结构、抗核酸酶降解的特性以及组织特异性表达模式，被视为极具潜力的疾病标志物。为探索circRNA在RA中的调控机制，伊朗霍尔木兹甘医科大学的研究团队开展了一项创新性研究。他们通过整合生物信息学分析

  来源：Biochemistry and Biophysics Reports

  时间：2025-07-30

• 基于生物信息学的肝细胞癌免疫逃逸相关预后基因鉴定及免疫浸润分析揭示CEP55/GPAA1/PIGU关键调控网络

  肝细胞癌作为全球第五大高发恶性肿瘤，其治疗面临手术切除率低、化疗耐药和免疫治疗响应率不足等严峻挑战。尽管PD-L1/ VEGF联合疗法成为主流方案，但肿瘤通过干扰素γ(IFN-γ)、Toll样受体(TLRs)和免疫检查点(如PD-1/CTLA4/CD47)等途径实现免疫逃逸，导致JAK1/STAT1通路异常激活，形成免疫抑制微环境。现有标志物如甲胎蛋白(AFP)和异常凝血酶原(DCP)存在特异性不足的问题，亟需发现新型预后标志物以改善临床决策。昆明医科大学第二附属医院的研究团队通过整合TCGA-LIHC和ICGC数据库的374例HCC样本与50例正常对照，采用多组学分析策略揭示了免疫逃逸相关基

  来源：Biochemistry and Biophysics Reports

  时间：2025-07-30

• 类风湿关节炎分子特征谱研究：hsa_circ_0092125与G6PD在整合基因表达分析中的动态调控机制

  类风湿关节炎（RA）这个困扰全球1%人口的"不死的癌症"，始终面临两大临床困境：传统标志物如类风湿因子（RF）和抗CCP抗体灵敏度不足，而现有治疗对30%患者效果欠佳。更棘手的是，这种以滑膜炎症和关节破坏为特征的自身免疫病，其发病机制如同错综复杂的分子网络，特别是非编码RNA的调控作用仍存在大量未知领域。在此背景下，伊朗霍尔木兹医科大学（Hormozgan University of Medical Sciences）的研究团队在《Biochemistry and Biophysics Reports》发表了一项突破性研究。他们采用多组学联合作战策略，首先通过分析GEO数据库中的GSE1243

  来源：Biochemistry and Biophysics Reports

  时间：2025-07-30

• 维生素组合(B+P)强化大肠杆菌周质纳米抗体生产的发酵工艺优化研究

  在抗体药物研发领域，传统单克隆抗体因分子量大(150 KDa)、生产成本高等局限，促使科学家将目光转向仅含重链可变区(14-15 KDa)的骆驼源纳米抗体(Nanobody)。这类微型抗体不仅具有与人类VH结构域的高度同源性，还能避免糖基化修饰需求，特别适合通过大肠杆菌(E.coli)周质表达系统进行生产。然而现有工艺的产量瓶颈(2-20 mg/L)严重制约其临床应用，尤其对于LTNF-10肽缀合纳米抗体这类潜在抗毒素治疗剂。印度理工学院德里分校(Indian Institute of Technology Delhi)的研究团队在《Biochemical Engineering Journa

  来源：Biochemical Engineering Journal

  时间：2025-07-30

• 禾谷镰刀菌GPCR FfGpr1-Gα-AC信号转导通路解析及其对赤霉素生物合成的调控机制

  这项研究深入解析了禾谷镰刀菌(Fusarium fujikuroi)中G蛋白偶联受体(GPCR) FfGpr1与Gα亚基FfG2组成的信号转导网络。通过双分子荧光互补技术(BiFC)首次捕捉到FfGpr1-FfG2和FfG2-腺苷酸环化酶(AC)在细胞膜上的动态互作，特别在隔膜部位呈现更强的荧光共定位。基因编辑实验显示，缺失Ffgpr1会完全阻断葡萄糖诱导的cAMP合成，而组成型激活突变体FfG2Q204 L则显著增强该通路活性。在赤霉素代谢调控方面，研究团队观察到有趣的双向调节现象：Ffgpr1缺失突变体使GA3产量降低21%，但意外激活了赤霉素合成基因簇中FfCPS/KS、FfP450-2

  来源：Journal of Applied Microbiology

  时间：2025-07-30

• 神圣莲花中萜烯合酶的系统鉴定及杀虫抗菌化合物γ-桉叶醇的异源生物合成研究

  在植物与环境的长期协同进化过程中，萜类化合物作为重要的次生代谢产物，不仅构成了植物精油的主要成分，更在生态防御和种间通讯中扮演关键角色。神圣莲花作为古老的被子植物活化石，其精油中含有丰富的萜类成分，其中γ-桉叶醇(γ-eudesmol)尤为突出，具有潜在的药用价值。然而，受限于植物体内含量低、提取困难等问题，γ-桉叶醇的生物活性研究和应用开发长期受阻，其生物合成机制更是未解之谜。武汉大学中南医院泌尿外科、湖北省基础生物科学研究中心的科研团队在《Horticulture Research》发表重要成果，通过系统鉴定神圣莲花萜烯合酶基因家族，成功解析了γ-桉叶醇的生物合成途径，并实现其高效微生物合

  来源：Horticulture Research

  时间：2025-07-30

• 梅花鹿诱导多能干细胞系的成功建立

  在这项突破性研究中，科研人员从梅花鹿(Cervus nippon)胎儿成纤维细胞(SDFs)出发，运用包含OCT4、SOX2、c-MYC、KLF4等9个核心转录因子的"鸡尾酒"组合，成功诱导出具有完整多能性特征的梅花鹿诱导多能干细胞(SD-iPSCs)。这些细胞不仅高表达NANOG等关键多能性标志物，在畸胎瘤实验中更展现出分化为三胚层组织的强大潜力。研究团队意外发现，在经典mTeSR1培养基中添加Wnt/β-catenin通路抑制剂XAV939，能像"魔法配方"般显著提升SD-iPSCs的自我更新能力。更令人振奋的是，这些干细胞在模拟牛类滋养层干细胞(TSCs)的培养条件下，成功获得了CDX2

  来源：Biology of Reproduction

  时间：2025-07-30

• 整合素因子FAM27E3通过p53信号通路促进甲状腺乳头状癌淋巴结转移的机制研究

  背景甲状腺乳头状癌（PTC）占甲状腺癌90%以上，其20%-90%的淋巴结转移率构成临床重大挑战。整合素家族作为细胞外基质受体，在肿瘤转移中起关键作用。研究团队前期建立的7基因整合素风险模型中，FAM27E3（FAM-interleukin-27受体亚基3）显示出显著预后价值，但其在PTC转移中的具体机制尚未阐明。方法学创新研究整合7个GEO数据集（n=216）作为训练组，GSE60542（n=92）作为验证组。采用一致性聚类（k=2）区分PTC亚型，WGCNA分析（软阈值β=5）鉴定出128个肿瘤相关核心基因。通过LASSO回归筛选出FAM27E3作为关键转移相关因子，并建立EMT评分（76

  来源：Frontiers in Genetics

  时间：2025-07-30

• 泛素化相关基因标志物(MMP1/RNF2/TFRC/SPP1/CXCL8)在宫颈癌预后预测中的鉴定与验证

  泛素化相关基因在宫颈癌预后预测中的突破性发现1 Introduction宫颈癌(CC)作为女性生殖系统最常见恶性肿瘤，全球每年新增病例达57.7万例。尽管中国5年生存率(67.6%)优于美国(62.6%)，但约30%患者治疗后出现复发转移。泛素-泛素样(UB/UBL)修饰系统通过调控蛋白质降解、DNA损伤修复等过程参与肿瘤发生发展，但其在CC中的具体作用机制尚不明确。2 Manuscript formatting2.1 Data sources研究整合了8对自测CC组织样本与TCGA-GTEx-CESC数据库(304肿瘤/13正常样本)，筛选出465个泛素化相关基因(UBLGs)。GSE529

  来源：Frontiers in Genetics

  时间：2025-07-30

• 基于综合生物信息学与机器学习的干燥综合征外周动脉粥样硬化生物标志物探索及免疫浸润特征研究

  研究背景干燥综合征（Sjögren’s syndrome, SS）是一种以外分泌腺体损伤为主的自身免疫性疾病，而外周动脉粥样硬化（Peripheral atherosclerosis, PA）与慢性炎症密切相关。近年研究发现，SS患者动脉粥样硬化风险显著升高，但具体机制尚未明确。两者共享的病理特征包括内皮功能障碍、炎症因子释放及免疫细胞浸润，提示可能存在共同的分子调控网络。研究方法研究整合7个GEO数据集（GSE7451等），通过LIMMA包筛选差异表达基因（DEGs），结合WGCNA构建共表达网络。利用机器学习算法（支持向量机递归特征消除SVM-RFE、最小绝对收缩选择算子LASSO、随机森

  来源：Frontiers in Genetics

  时间：2025-07-30

• SLC38A1与STX11：线粒体动力学和线粒体自噬相关生物标志物在骨关节炎免疫浸润中的关键作用

  单细胞测序揭示OA相关免疫与内皮细胞亚群特征通过对GSE152805单细胞数据集的分析，研究团队从10,032个软骨组织细胞中鉴定出6种关键细胞亚群：软骨细胞、内皮细胞、巨噬细胞、单核细胞、T细胞和组织干细胞。其中，内皮细胞、单核细胞和T细胞表现出SLC38A1与STX11的高表达特征，暗示这些细胞在OA微环境中的特殊作用。细胞通讯分析进一步揭示，单核细胞通过IL-1B–IL-1R2配体-受体对实现自分泌调控，而软骨细胞则作为枢纽与其他细胞广泛互作。多组学整合锁定线粒体相关枢纽基因研究团队通过WGCNA分析GSE57218数据集，发现MEturquoise模块（2,866个基因）与线粒体功能评

  来源：Frontiers in Genetics

  时间：2025-07-30

• 黄果西洋参(Panax quinquefolius L.)端粒到端粒基因组组装揭示黄酮类生物合成机制

  吉林农业大学中药材学院的研究团队在《Horticulture Research》发表了一项突破性研究。西洋参作为传统名贵药材，其标志性活性成分人参皂苷的研究已较为深入，但决定果实颜色和药用价值的黄酮类化合物合成机制却长期成谜。更棘手的是，西洋参作为异源四倍体植物，基因组高度重复且复杂，此前发布的基因组版本存在大量缺口，严重阻碍了相关研究。为解决这一难题，研究人员选择经过连续四代自交选育的纯合黄果品种"中农洋参2号"(ZN)为材料，采用PacBio HiFi和ONT超长读长测序技术相结合的策略，辅以Hi-C染色质构象捕获技术，成功构建了首个西洋参T2T基因组。这个4.33 Gb的基因组不仅完整解

  来源：Horticulture Research

  时间：2025-07-30

• 癌症免疫治疗新视角：lncRNA与免疫检查点动态协同调控网络的构建与功能解析

  在肿瘤与免疫系统的复杂博弈中，免疫检查点(Immune Checkpoint, ICP)介导的逃逸机制已成为癌症治疗的重要靶点。尽管PD-1/PD-L1抑制剂等免疫疗法取得突破，但临床响应率不足50%的困境提示着调控网络的复杂性。近年研究发现，长度超过200nt的长链非编码RNA(lncRNA)不仅能调控肿瘤发生，还通过干扰素通路等机制影响免疫治疗效果。然而，lncRNA如何与ICP协同参与癌症进展的动态调控？这种协同关系是否具有阶段特异性？这些问题成为破解肿瘤免疫耐药机制的关键。哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院的研究团队在《Briefings in Bioinformatics》发表的研

  来源：Briefings in Bioinformatics

  时间：2025-07-30

• 转录因子FTD1介导油菜素内酯信号通路并稳定MONOCULM 1蛋白调控水稻分蘖

  在植物王国中，油菜素内酯(BRs)这类多羟基化甾醇激素犹如精准的分子开关，调控着水稻分蘖数等重要农艺性状。科学家们从fewer tillers and dwarf 1 (ftd1)突变体中抽丝剥茧，发现FTD1这个GRAS家族转录因子暗藏玄机——其C端保守的GRAS结构域竟能与分蘖核心调控因子MONOCULM 1 (MOC1)亲密互动，像 molecular glue 般阻止MOC1被26S蛋白酶体降解。更有趣的是，激酶OsGSK2会"标记"FTD1进行磷酸化修饰，为这个稳定蛋白"颁发"降解通行证。当BRs信号来临时，会巧妙抑制OsGSK2的磷酸化活动，使FTD1蛋白水平飙升，进而筑起保护MO

  来源：Plant Physiology

  时间：2025-07-30

• 基于预训练RNA语言模型的2'-O-甲基化位点预测工具2OMe-LM的开发与应用

  在RNA表观遗传学领域，2'-O-甲基化(2OMe)作为一种关键修饰，通过核糖2'羟基的甲基化参与基因表达调控、免疫识别等关键生物学过程。这种修饰的异常与地中海贫血、先天性肌营养不良等疾病密切相关。然而传统检测方法如液相色谱-质谱联用(LC/MS)和二代测序技术(Nm-seq/RiboMeth-seq)存在通量低、成本高的瓶颈，而现有计算预测工具多依赖传统序列编码方法，难以捕捉RNA修饰的复杂特征模式。针对这一挑战，中南大学计算机科学与工程学院的研究团队开发了创新性深度学习框架2OMe-LM。该研究整合来自RMBase v3.0等数据库的16,074条人类RNA样本，通过多组学数据融合构建高质

  来源：Bioinformatics

  时间：2025-07-30

• 甘蓝型油菜花色精准设计：基于类胡萝卜素、甜菜红素和花青素代谢通路的协同调控

  在观赏植物经济价值持续攀升的背景下，甘蓝型油菜作为全球第三大油料作物，其传统黄白色系花朵已无法满足观光农业的多元化需求。尽管通过远缘杂交可获得粉色、紫色等新花色，但伴随的硫苷和芥酸含量升高严重制约其食用价值。如何突破花色改良的技术瓶颈，成为油菜多功能育种的关键科学问题。中国农业科学院油料作物研究所的科研团队创新性地将动物植物界广泛分布的三大色素——类胡萝卜素（黄色）、甜菜红素（红色）和花青素（蓝色）的代谢调控网络作为突破口。研究以甜菜红素合成基因簇RUBY（包含CYP76AD1、DODA和GT三个基因）为核心元件，通过农杆菌介导的遗传转化，在甘蓝型油菜中首次构建了完整的甜菜红素合成通路。研究采

  来源：Horticulture Research

  时间：2025-07-30

• RGCN-BA：基于关系图卷积网络的单细胞RNA测序聚类与批次效应校正一体化模型

  在生命科学领域，单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术犹如一台高倍显微镜，让科学家们得以观察每个细胞的基因表达图谱。这项革命性技术虽然揭示了前所未有的细胞异质性，却也带来了两大技术难题：如何准确区分细胞类型？如何处理不同实验批次间的技术偏差？传统方法如同"分步拆解乐高积木"——先校正批次效应再执行聚类，这种割裂的处理方式往往导致生物信息丢失或引入新偏差。正是这个"先有鸡还是先有蛋"的困境，激发了上海交通大学王月月团队在《Briefings in Bioinformatics》发表创新解决方案。研究团队创造性地将关系图卷积网络(RGCN)与批次感知机制结合，开发出RGCN-BA模型。该模型的

  来源：Briefings in Bioinformatics

  时间：2025-07-30

• CAP肽段联合植物激素人工诱导跨物种昆虫瘿瘤样结构的机制研究

  在自然界中，昆虫诱导植物形成的瘿瘤堪称"延伸的表现型"典范——这些结构精巧的肿瘤样组织不仅为昆虫提供栖居空间和营养来源，其形态特征还严格遵循"建筑师"昆虫的物种特异性。然而一个世纪以来，科学家们始终被一个核心问题困扰：究竟是什么样的"分子钥匙"能让昆虫如此精准地操控植物发育程序？虽然植物激素、氨基酸和蛋白质等候选分子陆续被提出，但真正的效应分子始终未能锁定。京都府立大学(Kyoto Prefectural University)生命环境科学研究科的研究团队通过创新性的研究策略破解了这一难题。他们建立的拟南芥瘿瘤形成实验体系(Ab-GALFA)如同分子显微镜，成功捕捉到角倍蚜(S. chinen

  来源：Plant and Cell Physiology

  时间：2025-07-30

• 多组学整合分析揭示缺血性脑卒中新型遗传位点与候选基因的分子机制

  缺血性脑卒中(Ischemic Stroke, IS)作为致残和致死的主要病因，其复杂的遗传机制仍是未解之谜。尽管溶栓治疗能挽救部分脑组织，但多数患者仍面临运动障碍、认知衰退等长期后遗症。当前研究面临三大瓶颈：已知遗传位点功能阐释不足、多组学数据整合缺乏、跨平台分析工具缺失。针对这些问题，大理大学临床医学院联合内蒙古大学生命科学学院等机构的研究团队，在《Molecular Therapy Nucleic Acids》发表了突破性成果。研究通过meta分析整合62,100例IS患者和1,234,808例对照的GWAS数据，结合转录组(eQTL)、蛋白质组(pQTL)和单细胞测序技术，首次构建了从

  来源：Molecular Therapy Nucleic Acids

  时间：2025-07-30

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