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SLC38A1与STX11:线粒体动力学和线粒体自噬相关生物标志物在骨关节炎免疫浸润中的关键作用
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年07月30日 来源:Frontiers in Genetics 2.8
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这篇研究通过整合单细胞转录组(scRNA-seq)和批量转录组数据,结合机器学习算法(LASSO/XGBoost),首次揭示SLC38A1和STX11作为线粒体动力学(MD-RGs)和线粒体自噬(MP-RGs)相关基因在骨关节炎(OA)中的核心作用。研究发现二者通过调控ECM-受体相互作用通路和免疫细胞(如NK细胞、CD4+ T细胞)浸润参与OA进展,并构建了高精度预测模型(AUC=0.944),为OA的早期诊断和靶向治疗提供了新思路。
通过对GSE152805单细胞数据集的分析,研究团队从10,032个软骨组织细胞中鉴定出6种关键细胞亚群:软骨细胞、内皮细胞、巨噬细胞、单核细胞、T细胞和组织干细胞。其中,内皮细胞、单核细胞和T细胞表现出SLC38A1与STX11的高表达特征,暗示这些细胞在OA微环境中的特殊作用。细胞通讯分析进一步揭示,单核细胞通过IL-1B–IL-1R2配体-受体对实现自分泌调控,而软骨细胞则作为枢纽与其他细胞广泛互作。
研究团队通过WGCNA分析GSE57218数据集,发现MEturquoise模块(2,866个基因)与线粒体功能评分呈强负相关(cor=-0.69)。结合差异表达基因(1,124个)和单细胞标记基因(1,860个),筛选出12个候选基因。经LASSO回归和XGBoost算法交叉验证,最终确定SLC38A1(一种钠偶联中性氨基酸转运蛋白)和STX11(参与细胞毒性颗粒胞吐的突触融合蛋白)为核心基因。RT-qPCR验证显示,OA患者软骨组织中SLC38A1表达显著下调(p<0.01),STX11亦呈现下降趋势。
免疫浸润分析发现,OA组中活化CD4+ T细胞、中央记忆CD4+ T细胞等10种免疫细胞丰度显著改变。值得注意的是,SLC38A1与浆细胞样树突状细胞呈正相关(cor>0.3),而两个枢纽基因均与NK细胞负相关(cor<-0.3)。GSEA分析进一步表明,ECM-受体相互作用通路在枢纽基因高/低表达组中均显著富集,提示细胞外基质重塑与线粒体功能障碍的协同作用可能是OA进展的关键机制。
基于枢纽基因构建的列线图模型展现出优异的诊断效能(AUC=0.944)。药物预测发现,槲皮素(quercetin)可能通过靶向SLC38A1发挥治疗作用——这与既往报道其通过抑制炎症级联缓解OA的结论相符。此外,lncRNA-miRNA调控网络显示,hsa-miR-23a-3p等miRNA可能作为SLC38A1的上游调控分子。单细胞轨迹分析则揭示,在T细胞分化过程中,STX11表达呈现"先降后升"的动态变化,暗示其可能参与OA相关免疫应答的时序调控。
尽管研究首次揭示了线粒体相关基因与OA免疫微环境的关联,但样本量限制(如scRNA-seq仅含OA样本)可能影响结论普适性。作者建议未来通过基因编辑(如CRISPR-Cas9)在类器官模型中验证SLC38A1/STX11的功能机制,并探索甲基甲磺酸酯(methyl methanesulfonate)等预测药物的实际疗效。这些发现为开发靶向线粒体-免疫轴的新型OA疗法奠定了理论基础。
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