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哈尔滨医科大学Molecular Cancer发文：肾癌的独立预后靶标
哈尔滨医科大学附属一院泌尿外科张诚教授研究团队首次在肿瘤（肾癌）中证实Novel long noncoding RNA OTUD6B-AS1能够作为肾癌的独立预后靶标，并探讨OTUD6B-AS1作为肾癌中的癌症抑制因子，抑制增殖、侵袭和转移，促进细胞凋亡。该成果于被国际高水平期刊Molecular Cancer（影响因子IF=10.678, JCR 1区）收录并已正式发表。 肾癌具有高度的化疗耐受性，寻找有效的早起诊断靶标是肾癌早期预防治疗的关键所在。张诚教授课题组长期致力于泌尿系统肿瘤的临床和基础研究，经过近三年的坚持努力，利用公共大数据及课题组经过近10年建立的肾癌样本库分析筛选出OTUD
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卢煜明PNAS发表新成果，在母体血浆中发现环状DNA
香港中文大学卢煜明（Dennis Lo）教授领导的研究团队近日从孕妇血浆中鉴定出母亲和胎儿的环状游离DNA，这为无创产前检测提供了一种新型的生物标志物。这项成果于1月3日发表在《美国科学院院刊》（PNAS）上。早在十年前，卢煜明教授就发现，利用母体的血浆样本能够获得胎儿的全基因组图谱，这项重要的成果成为无创产前检测（NIPT）的里程碑。不过，之前的研究主要是基于线性DNA片段。尽管在小鼠血浆中曾观察到染色体外环状DNA（eccDNA），但尚未在孕妇血浆中检测到这种分子。卢煜明及其同事此次从孕妇血浆中分离出eccDNA分子并开展测序。他们发现，胎儿来源的eccDNA分子通常比母体来源的分子更短。
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中山大学徐瑞华团队发表液体活检新成果，助力结直肠癌诊断
结直肠癌的早期诊断有助于提高患者的生存率。然而，传统的结肠镜检查是侵入性的，不仅昂贵耗时，也让患者不舒服。最近一项发表在《Science Translational Medicine》杂志上的研究表明，循环肿瘤DNA的甲基化图谱也许有助于结直肠癌的诊断，并帮助预测患者的预后。中山大学肿瘤防治中心主任徐瑞华领导的团队分析了血液中的循环肿瘤DNA（ctDNA），发现了结直肠癌特定的甲基化模式。他们认为，这些模式可以区分患癌和不患癌的个体，以及预后较好和较差的个体。此外，他们还发现了一种甲基化标志物，能够从一般人群中检测出结直肠癌，并具有高的敏感性和特异性。徐瑞华及其同事在论文中写道：“总体而言，我
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DMSO催化的氯化反应: Nature Catalysis 发表焦宁团队药物修饰新进展
Nature Catalysis 在线发表北京大学药学院焦宁团队研究论文。该研究利用常用溶剂二甲基亚砜（DMSO）为高效催化剂，实现了天然产物、药物、多种芳香杂环的氯化反应，为芳基氯化物的合成和先导药物分子的发现提供了新策略。 芳基氯化物作为重要的化学品体现在两个方面，在药物领域，氯原子的引入能显著提高药物成药性，因此数百种芳基氯化物被开发为上市药物（J. Med. Chem. 2014, 57, 9764），活性分子的氯化反应也成为药物先导化合物发现的常用策略（Drug Metab. Lett. 2011, 5, 232）；在有机合成领域，芳基氯化物是重要的偶联试
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中国医学科学院J Cell Biol新文：Zika病毒复制细胞器的形成机制
黄病毒是一类正链RNA病毒，黄病毒在细胞中复制的典型结构特征是病毒复制发生在细胞内质网。黄病毒感染细胞后会对宿主细胞内质网进行重塑，形成病毒复制细胞器，而诱导这种内质网重塑的机制尚未得到解析。基础所石磊课题组于2019年12月23日在J Cell Biol（IF8.89）在线发表题为"Zika NS1-induced ER remodeling is essential for viral replication"的研究论文。研究发现黄病毒属的寨卡病毒非结构蛋白NS1蛋白是诱导宿主细胞内质网重塑进而形成病毒复制细胞器形成的关键分子。NS1蛋白是一种膜结合蛋白，体外实验证明NS1能够引起脂质体发
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PLoS Genetics：磷脂酰丝氨酸代谢维持细胞稳态新机制
磷脂是构成细胞膜系统的主要骨架分子，由磷脂构成的膜系统除了将细胞与外环境分开，还将细胞内的不同区域进行分隔增加代谢的效率。除了组成膜系统，磷脂及其修饰物在调控多种细胞内过程中具有特异性的生理作用。磷脂酰丝氨酸是在细胞内质网上合成，并通过脂转运蛋白在不同膜接触位点（membrane contact site）将其转运到细胞膜上和线粒体中。磷脂酰丝氨酸合成代谢调控缺陷会导致发育缺陷，而转运缺陷会导致非酒精性肝病。然而，其在细胞内的生理机制仍知之甚少。 中国科学院遗传与发育生物学研究所黄勋研究组以果蝇作为模式物种研究脂类代谢及其调控生理稳态的机制。最新的研究揭示了磷脂酰丝氨酸代谢在维持细胞内不同稳态
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哈尔滨医科大学连发Hepatology、NAR等文章 获肿瘤组学大数据研究新进展
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院李霞教授研究团队2019年度在肿瘤组学大数据研究中取得了一系列新的研究成果，课题组全面整合和挖掘了肿瘤生物医学大数据资源，从系统层面研究了不同分子导致肿瘤发生发展的分子机制，挖掘新的肿瘤生物标志物，开发新的评估和检测肿瘤治疗反应的大数据平台，相关论文发表在Neuro Oncology（IF：10.091）、Hepatology（IF：14.971）、Nucleic Acids Research（IF：11.147）等国际学术期刊上。 1.系统研究胶质瘤进化性别差异和突变克隆状态 利用高通量的新一代测序数据和单核苷酸多态性芯片数据资源，
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NAR发表转录因子新工具：KnockTF数据库
哈尔滨医科大学大庆校区医学信息学系李春权教授的生物信息课题组在转录因子领域取得重大成果，研究论文《KnockTF：a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors》于2019年10月被Nar杂志（Nucleic Acids Research，SCI影响因子11.147）接收并已发表，张建老师作为共同通讯作者，冯陈晨老师为第一作者。KnockTF数据库是一个全面的人类转录因子敲降/敲除的基因表达谱数据库。转录因子（Transcription
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首都医科大学EMBO J发文：组织内应力调控大型哺乳动物乳恒牙替换新机制
首都医科大学附属北京口腔医院/基础医学院王松灵院士团队在《EMBO J》（5年影响因子IF: 10.568）上发表题为" Biomechanical stress regulates mammalian tooth replacement via the integrin β1-RUNX2-Wnt pathway"的研究成果。该研究发现，乳牙萌出前颌骨内应力控制恒牙胚发育处于相对静止状态，乳牙萌出释放内应力导致乳恒牙之间间充质内的RUNX2/Wnt通路中Wnt信号“转位”至恒牙胚，从而启动恒牙发育。我校附属北京口腔医院已出站博士后吴晓珊（现中南大学湘雅医院口腔颌面外科主治医师）为文章第一作者，
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北师大Anesthesiology发文揭示麻醉诱导的意识消失机制
麻醉诱导的意识消失机制一直是意识科学领域内的一个挑战性难题，其机制的理解有重要的临床价值。目前，麻醉诱导的意识消失研究在宏观（脑电，EEG）和微观（Spiking和局部场电位）尺度上已经有一定进展，但在介观（皮层）尺度上其机制不清楚。北京师范大学李小俚教授、燕山大学梁振虎教授团队、宣武医院遇涛主任医师和新西兰奥克兰大学杰米·斯雷 (Jamie W. Sleigh )教授合作研究，在麻醉诱导的意识消失机制研究领域取得新进展，有望为意识度量提供新的“标尺”。相关的研究成果以“Information Integration and Mesosocopic Cortical Connectivity
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中科院生物物理所揭示组蛋白变体H2A.Z对DNA复制起始的调控机制
2019年12月25日，生物大分子国家重点实验室的李国红课题组与感染与免疫院重点实验室的朱明昭课题组合作，在Nature上发表了题为“H2A.Z facilitates licensing and activation of early replication origins”的论文。该研究发现组蛋白变体H2A.Z能够通过H2A.Z-SUV420H1-H4K20me2-ORC1通路帮助在染色质进行复制起始位点的选择，并进一步发现受H2A.Z调控的复制位点相比与其他的复制位点有着更高的复制信号，也更偏向在复制期早期被激活使用。 DNA复制是一个确保遗传信息精确传递的生命过程。细胞在G1期时，复
来源：中科院生物物理所
时间：2019-12-31
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中科院王红艳研究组:针对巨噬细胞中的胆固醇代谢，消除病毒感染
在病毒或细菌感染下，宿主细胞能通过多种有效途径参与抗感染。其中，病毒感染能诱导宿主细胞改变胆固醇代谢酶和代谢产物的表达，而胆固醇代谢也能调控宿主细胞抗病毒反应。12月24日，IMMUNITY在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）王红艳研究员团队与上海大学魏滨教授（原中科院武汉病毒所研究员）实验室合作的研究成果：Targeting 7-dehydrocholesterol reductase integrates cholesterol metabolism and IRF3 activation to eliminate infection. &n
来源：中科院生物化学与细胞生物学研究所
时间：2019-12-31
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Science子刊：磷脂调控多能干细胞命运的全新“烽燧”模式
磷脂是大多数哺乳动物细胞内含量最高的脂类,其不仅作为细胞质膜和细胞器膜的主要结构组分,还参与调控许多生理病理过程。磷脂对小鼠胚胎正常生长发育至关重要,敲除小鼠多个磷脂生成的相关基因,如Chkα、Pcyt1、Pcyt2等,会导致其胚胎致死。然而磷脂是否及如何调控多能性的维持、失去及获得仍不清楚,具体哪些磷脂发挥作用仍需回答。中科院广州生物医药与健康研究院刘兴国课题组发表了题为“Phospholipid remodeling is critical for stem cellpluripotency by facilitating mesenchymal-to-epithelial transit
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上海生科院周斌研究组合作发现血管平滑肌干细胞参与动脉修复
12月26日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）周斌研究组、高栋研究组以及浙江大学医学院张力研究组合作在国际学术期刊Cell Stem Cell 在线发表题为 “Arterial Sca1+ vascular stem cells generate de novo smooth muscle for artery repair and regeneration”的研究成果。该研究利用谱系示踪系统发现血管外侧基质层中的Sca1+细胞在血管严重损伤的情况下，可以转分化血管平滑肌细胞。进一步利用双同源重组谱系示踪系统，证明是Sca1+PDGFRa+ 亚群细胞具有转分化潜
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生物物理所最新Nature：组蛋白变体H2A.Z对DNA复制起始的调控机制
DNA复制是一个确保遗传信息精确传递的生命过程。细胞在G1期时，复制起始识别复合物(Origin Recognition Complex, ORC)识别染色质上的复制位点，进一步的招募DNA解旋酶MCM等，形成复制前体复合物(pre-Replication Complex)，完成复制起始位点的认证。而当细胞进入复制期S期时，被认证的复制起始位点被选择性的激活使用。在真核生物中，复杂的染色质结构上存在多个复制起始位点。真核生物DNA复制起始位点的选择受DNA序列和表观遗传因素共同调控。目前，表观遗传因素对染色质上DNA复制起始位点的选择机制仍然很不清楚。来自中科院生物物理研究所的李国红课题组与朱
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清华祁海课题组最新Nature发文：抗体免疫应答两性差异的新机制
人体在遭受病原侵袭时，在两性间有些有趣的差异。通常，女性比男性个体会产生更强的免疫应答，特别是能产生更多抗体来实现自我保护。相对于男性，女性面对很多需要抗体来抵抗的传染病都显示发病率更低、病程更弱的特点。比如我们熟悉的乙肝、丙肝病毒感染就是这样。另外，通过接种疫苗来产生保护性抗体进而预防传染病，往往也是在女性人群的效果比男性更好。比如普遍都要接种的乙肝三联疫苗，就是如此。大自然为什么如此眷顾女性呢？这从生物进化上可以看出原因。对所有哺乳动物而言，母亲直接承担了孕育胎儿、哺育后代的责任。胎儿和新生儿自己的免疫系统尚不健全，需要母亲以各种方式来帮助阻止病原的侵染。其中一个极为重要的方式，是母亲在
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Immunity：胆固醇代谢产物调控先天免疫抗感染的新机制
在病毒或细菌感染下，宿主细胞能通过多种有效途径参与抗感染。其中，病毒感染能诱导宿主细胞改变胆固醇代谢酶和代谢产物的表达，而胆固醇代谢也能调控宿主细胞抗病毒反应。12月24日，IMMUNITY在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）王红艳研究员团队与上海大学魏滨教授（原中科院武汉病毒所研究员）实验室合作的研究成果：Targeting 7-dehydrocholesterol reductase integrates cholesterol metabolism and IRF3 activation to eliminate infection. 为了
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中科院赖仞课题组在针对超级细菌的抗菌肽研究方面取得重要进展
近年来由于广谱抗生素、抗菌药物的大量使用或滥用，使得各种耐药性细菌或真菌大量涌现，每年，全球有近100万人死于无法用普通抗生素治疗的细菌感染。同时，由于新型抗菌药物研发能力不足，各种细菌本身耐药基因可横向传播，使现有抗生素的治疗效果大大降低, 人类有可能面临无有效抗生素可用的后抗生素时代的到来。2017年2月，世界卫生组织发布迫切需要新型抗生素的细菌清单，耐药鲍曼不动杆菌和绿脓杆菌位列该清单的前两位（见后补充1）。 抗菌肽是一类具有抗菌活性的多肽类小分子，因其杀菌快速且很难导致微生物耐药受到全世界的关注，可用于新型抗菌候选药物分子的研发。中国科学院昆明动物研究所赖仞研究员带领的团队识别了超过1
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文章被抢发？用华大自主平台缩短实验周期！
科研有时候就像赛跑，赢得时间非常重要。华大基于自主测序数据库SEQdata-BEACON，建立了自主平台测序结果预测模型，对最终产量的有效预测率达到96%，大大减少了数据加测等待时间，有效缩短交付周期，为您的科研赛跑赢得更多时间！此外，通过对测序性能数据的深入分析，华大从大规模生产维度证实了自主平台测序的稳定性。结果表明，自主平台测序表现出色且稳定，是高通量测序和科研服务的优秀可靠的服务平台。相关研究结果已在最新一期的《BioData Mining》发表，知识产权内容已申请专利。文章标题：《SEQdata-BEACON: a comprehensive database of sequenci
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中国农科院学者Nature Methods提出第三代测序数据组装新算法
基因组学技术飞速进步源于测序技术的发展，同时也依赖于数据分析技术的提高。以第三代测序为例，目前完成个人全基因组测序仅需一天时间，费用也已经低于5万元。完成这样数据规模的全基因组组装分析，在2014年需要消耗50万个CPU小时，只能在超大计算机集群上进行。这种情况下，同时对大量个体进行组装分析是难以想象的，然而以全基因组组装方式对群体的测序分析已经成为生物医学研究的趋势。近期，来自中国农科院农业基因组研究所，哈佛大学的研究人员发表了题为“Fast and accurate long-read assembly with wtdbg2”的文章，发表第三代测序数据组装算法wtdbg2，引起广泛关注。
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