• Nucleic Acids Res | 上海药物所开发具有用户定制功能的新型激酶谱虚拟筛选平台

  2024年5月16日，中国科学院上海药物研究所郑明月课题组在Nucleic Acids Research期刊发表题为“KinomeMETA: a web platform for kinome-wide polypharmacology profiling with meta-learning”的研究论文。该研究利用结合图神经网络的元学习技术，搭建了支持用户定制的激酶多靶点活性筛选AI平台KinomeMETA（https://kinomemeta.alphama.com.cn/)，为药物新型激酶靶点发现和药物筛选提供有力工具。蛋白激酶是细胞中的关键信号传导组件，其异常激活或过表达与多种疾病相关

  来源：中国科学院上海药物研究所

  时间：2024-05-25

• Cell | 上海药物所合作解析人体肠道真菌组及其生物功能

  2024年5月21日，《Cell》杂志在线发表题为“A genomic compendium of cultivated human gut fungi characterizes the gut mycobiome and its relevance to common diseases”的研究论文，该论文由中国科学院上海药物研究所果德安课题组联合大连医科大学马骁驰\王超课题组以及法国农业科学研究院Francis Martin教授合作完成。该研究通过大规模人类肠道真菌培养测序，建立了迄今为止最大的人类培养肠道真菌参考基因组目录（760个肠道真菌基因组，涵盖48科、206种），并完成代谢功能解

  来源：中国科学院上海药物研究所

  时间：2024-05-25

• 赵岩研究组与合作者共同揭示单胺类神经递质转运蛋白VMAT2的底物识别和质...

  　　单胺类神经递质包括去甲肾上腺素、肾上腺素、多巴胺、血清素和组胺等，在神经系统和其他组织中发挥着重要的生理作用。其中，在神经系统中，去甲肾上腺素介导调节情绪，认知，疼痛等多种生理功能，同时它也影响大脑注意力和反应行为，诱发“战斗或逃跑”反应。多巴胺在调节运动和奖励方面发挥着重要作用，被认为与帕金森病和精神分裂症等精神疾病有关。而血清素则是"幸福感"的来源，同时也具有调节睡眠节律的作用。囊泡单胺转运蛋白（VMAT2）是中枢神经系统中唯一介导单胺类神经递质储存的转运蛋白。它利用质子的电化学势，以2:1的质子与底物的化学计量比，将神

  来源：中国科学院生物物理研究所

  时间：2024-05-25

• Cell | 清华大学生命学院方晓峰和李丕龙受邀撰写SnapShot，聚焦植物生物学中的凝聚…

  2024年5月23日，清华大学生命学院方晓峰和李丕龙受《细胞》（Cell）杂志主编Lara Szewczak邀请，撰写题为“植物生物学中的凝聚体”（Condensates in Plant Biology）的SnapShot，凝练了植物中凝聚体的研究历史、性质、种类和功能，为了解植物凝聚体研究提供参考。 生物凝聚体是细胞内生物大分子组装形成的无膜结构，在空间和时间上对组织细胞内生化反应起着至关重要的作用。过去十多年中，对生物凝聚体的功能以及形成原理的研究主要在真菌或动物系统中进行，植物系统中这些研究才刚刚兴起。尽管如此，植物中越来越多的研究为凝聚体的功

  来源：清华园生命学院

  时间：2024-05-25

• 《自然》发文报道一类核药物设计领域的颠覆性技术及优异的临床研究数据

  近日，北京大学化学与分子工程学院应用化学系刘志博教授团队于《自然》杂志在线发表了题为“Covalent Targeted Radioligands Potentiate Radionuclide Therapy”的研究论文，报道了一类核药物设计领域的颠覆性技术及优异的临床研究数据，有望改写相关疾病的临床诊疗指南。该工作基于现代共价药物分子工程发展了一类新型药物形式，即靶向共价放射性药物（Covalent Targeted Radioligand，CTR），并从分子、细胞、小鼠及患者层面验证了该平台技术的有效性，突破了成纤维细胞活化蛋白（FAP，为泛癌种靶点）靶向放射配体因肿瘤摄取、滞

  来源：北京大学新闻网

  时间：2024-05-24

• 复杂单链核酸纳米结构的体外及体内自折叠

  核酸纳米结构（DNA/RNA nanostructure）作为一种可灵活设计、可精确编码、可准确组装的人工纳米结构，已在诸如环境监测、生物计算、智能材料等众多领域显现出可观的应用前景。凭借着碱基之间严格精确的互补配对（A-T/U、C-G），核酸分子可通过其序列片段之间的匹配识别实现分子内或分子间的结合，进而得以实现复杂的高阶组装，从而形成具有特定形貌、特定功能的纳米结构。迄今为止，绝大多数的核酸纳米结构的设计和组装均是通过两种主流的组装策略来实现的——折纸结构（origami）组装策略和瓦片/砖块（tiles/bricks）组装策略，这两种策略皆是依赖于对众多条单链核酸分子之间组装行为进行复杂

  来源：清华园生命学院

  时间：2024-05-24

• “新污染物：同一健康视角”综述论文应邀在国际综合刊物The Innovat...

  由于全球经济一体化的发展，人类需求的不断提高，导致环境污染逐步加剧。尽管全球正在努力消除现存的污染物，但新污染物的不断引入仍然对人类和地球构成重大威胁。因此，应倡导全球携手对新污染物进行全面的风险评估和监管，迅速行动起来向可持续的污染管理模式过渡，保护我们的星球，造福子孙后代。来自18个国家、77个单位的98位学者（13位院士）在Cell出版集团旗下国际综合刊物The Innovation（《创新》）发表了题为“Emerging contaminants: A One Health perspective”综述文章。该文定义了新污染物，系统阐述了新污染物的历史、来源、归趋和效应，列

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-24

• 上海交大章永春课题组与合作者揭示食道稳态和食道鳞癌形成调控机制

  食道是人体重要消化道器官之一。食道粘膜（上皮）是食道的重要组成部分。基底祖细胞是食道上皮的干细胞，对于维持食道上皮稳态至关重要。然而，信号通路调控紊乱可能导致基底细胞过度增殖，上皮结构破坏和增生，进而可能导致多种疾病尤其是食道鳞癌的形成。据报道，2020年全世界有超过51万食道鳞癌患者，且其中29万来自于中国。然而，目前食道上皮稳态和食道鳞癌形成的调控机制尚不清楚。近期，上海交通大学生命科学技术学院章永春课题组与合作者在PNAS上发表题为“Hippo cooperates with p53 to maintain foregut homeostasis

  来源：上海交大 新闻学术网

  时间：2024-05-24

• 上海交大余祥课题组开发基于纳米孔RNA直接测序的可迁移深度学习框架鉴定多种类型的RNA化学修饰

  近日，上海交通大学生命科学技术学院聘教轨副教授余祥长课题组和上海辰山植物园杨俊/王红霞团队合作在《Nature Communications》发表题为“Transfer learning enables identification of multiple types of RNA modifications using nanopore direct RNA sequencing”的研究论文。作者结合纳米孔RNA直接测序技术和深度学习方法开发了可同时检测多种类型RNA修饰的迁移学习模型TandemMod（图1）。上海交通大学生命科学技术学院博士后吴优

  来源：上海交大 新闻学术网

  时间：2024-05-24

• 微生物所研究团队揭示马赛克纳米颗粒诱导沙贝冠状病毒广谱应答的免疫基础

  近日，微生物研究所高福院士/戴连攀研究员团队在Cell Reports上发表论文，题为Mosaic RBD nanoparticle elicits immunodominant antibody responses across sarbecoviruses。该研究发现马赛克纳米颗粒能诱导产生针对不同沙贝冠状病毒谱系保守表位的免疫优势抗体，揭示疫苗诱导广谱抗体应答的免疫学基础。图1.马赛克纳米颗粒诱导沙贝冠状病毒广谱应答的免疫基础Sarbecovirus（沙贝冠状病毒）包含SARS-CoV，SARS-CoV-2以及一些具有潜在传染人风险的动物源性冠状病毒，未来有可能成为新的大流行病原，研制泛

  来源：中国科学院微生物研究所

  时间：2024-05-24

• 复杂系统中智能个体博弈策略更新的有效机制

  群体中智能个体间自组织协作行为是复杂系统呈现高智能特性、高效完成预定任务的基础，也是研发群体机器人协作系统的核心环节。如何设计有效的分布式个体博弈策略更新机制，提升复杂网络化对抗场景中群体协作水平，是充满挑战的科研课题，受到了控制论、人工智能、系统科学、博弈论和网络科学等多学科领域国际学者的广泛关注。在传统研究中，研究者们往往假定群体系统中智能个体以相同的速率进行策略更新（图1a, b），由此得出同质网络结构相对于异质结构更加促进群体最优策略的演化。然而，这与实际复杂系统中普遍存在的异质网络结构不符，也有悖于多智能体仿真模拟与行为学实验结果。作为设计博弈策略更新机制的关键理论挑战，如

  来源：北京大学新闻网

  时间：2024-05-23

• 母亲根据自身的经历预先安排后代的生活史对策

  人们都说母亲是伟大的,她为了孩子的生长发育,呕心沥血。在自然界,绝大部分昆虫是没有抚育行为的。也就是说,当昆虫妈妈把自己的后代以产卵的形式留下之后,它们就静静地死去。那昆虫妈妈如何无微不至的照顾后代呢？有的昆虫是将自己的卵产在寄主植物上,卵一孵化就有食物。有的昆虫将卵产在土壤或隐蔽的环境中,以利于后代度过不良环境。蝗虫作为群聚型昆虫,它们的母亲能为后代做些什么呢？2024年5月21日,中国科学院动物研究所康乐院士团队以"Parental experiences orchestrate locust egg hatching synchrony by regulating nuclea

  来源：中国科学院动物研究所

  时间：2024-05-23

• 关键带科学的新方法有助于保护地球生命保障系统

  专家警示未来应对气候变化对粮食安全影响的计划必须要结合本地知识，以维护地球关键带。 关键带是地球表面从饮用水含水层的根部一直延伸到植物和树木顶端的薄层。它通过调节水、温室气体、养分和能量的流动，支持并维持着动物、微生物和植物的生命。 食物、饮用水和洁净空气的获取取决于关键带的良好运作，但是几十年的人类活动已使世界各地的关键带状况恶化。 在今天发表于美国地球物理联盟《Earth’s Future》期刊上的一篇新论文中，来自英国和中国的学者们讲述了他们与在人类活动显著改造过的土地上劳作的农民合作的经验表明如何可以更好地管理和保护关键带。 他们的观点被

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-23

• 根系微生物协助水稻耐酸抗铝研究取得进展

  近期，中国科学院南京土壤研究所梁玉婷研究员课题组联合加州大学伯克利分校、中国科学院遗传与发育生物学研究所等国内外研究单位在合成菌群（SynComs）协助水稻耐酸抗铝的机理研究方面取得了重要进展。相关研究成果以"Root microbiota confers rice resistance to aluminum toxicity and phosphorus deficiency in acidic soils"为题，已在线发表在《自然食品》（Nature food）上。 酸性土壤占全球潜在耕地的40%至50%，而生长在酸性土壤中的作物容易受到铝毒胁迫，这被认为是仅次于干旱

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-23

• 南京土壤所应邀在Trends in Analytical Chemistry发表土壤生态系统...

  近年来，微/纳塑料污染已成为世界范围内备受关注的问题。科学家们在这个领域进行了大量的研究，但对于识别和量化环境样品中的微/纳塑料仍然面临挑战，尤其是在土壤环境样品中对微/纳塑料进行检测和分析。由于微塑料的类型、大小和化学性质丰富多样，缺乏统一的分析方法来描述土壤中微/纳塑料的特征，但是，识别、量化和表征环境中微/纳塑料的分析技术正在不断发展。 为总结土壤环境中微/纳塑料检测分析、多介质迁移以及毒性效应的新技术与新方法，南京土壤所王芳研究员应邀在分析化学领域权威期刊Trends in Analytical Chemistry发表了题为Micro- and nanoplasti

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-23

• 南京土壤研究所在合成微生物菌群降解有机污染物方面取得进展

  微生物修复是一种基于自然、可持续的绿色修复策略。氮的供应对于维持生物修复过程至关重要。我们知道，在受碳氢化合物污染的土壤中，通常情况下土壤中碳的可利用性增加，然而氮的可利用性却下降，从而限制了微生物对污染物的降解。自生固氮菌具有生物固氮作用，可将大气中的氮转化为氨，是生物可用氮的主要来源，在维持元素生物地球化学循环和全球生态系统生产力方面发挥着关键作用，尤其是在氮限制的环境中。碳氢化合物降解细菌和固氮菌经常共享同一微生境并作为群落共存，这些群落可能是修复有机污染自然环境的最佳生物资源。然而，在缺氮的污染环境中，固氮菌与降解细菌之间的相互作用及其机制仍然未知。 针对该科学问题

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-23

• 南京土壤研究所在稳定镉同位素示踪水稻叶片和根系吸收大气沉降镉方...

  人类活动向大气中排放了大量镉等重金属营养盐。在大的区域尺度上，大气沉降已然成为农田生态系统重金属Cd输入的重要来源。其沉降至农田生态系统后，既可以增加土壤总镉和有效态镉含量，促进作物根系吸收，也可沉降至作物叶面被叶片直接吸收并在体内富集和转运至农作物可食部分。然而，有关这两种途径的相对贡献份额并没有量化，相应的关键的富集途径尚未明晰。Cd稳定同位素为追踪环境中镉的生物地球化学循环提供了新的技术手段，但由于Cd同位素在生物地球化学循环过程中发生明显的质量分馏，严重制约了直接利用Cd同位素的混合模型估算植物组织中Cd的来源。 针对该科学问题，南京土壤研究所研究员周静团队通过模拟

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-23

• 南京土壤所在细菌-病毒相互作用调控土壤有机碳方面取得进展

  氧化还原诱导的铁（Fe）转化是厌氧水稻土中至关重要的生物地球化学过程。铁保护对水稻土有机碳积累具有重要作用。同时，铁保护也可以通过调控铁还原相关微生物群落促进土壤有机碳的分解。在生物炭添加条件下，铁氧化物如何影响水稻土有机碳固存尚未明晰。此外，生物炭添加会刺激土壤中微生物的生长繁殖，病毒可通过直接裂解细菌或者调控养分供应间接影响细菌群落。然而，生物炭添加条件下细菌-病毒相互作用如何调控水稻土有机碳动态并不明确，细菌-病毒相关作用与铁保护在土壤有机碳固存方面的相对贡献有待进一步揭示。 针对以上科学问题，南京土壤研究所张佳宝院士团队通过盆栽实验，在团聚体水平研究了添加不同比例生

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-23

• 南京土壤所在预测纳米材料的土壤微生物生态效应方面取得进展

  纳米材料是指三维空间尺度至少有一维处于纳米量级的材料。与传统材料相比，纳米材料具有巨大的比表面积、高反应活性、结构特殊、光电性能优越，因此被广泛应用于化学催化、能源、医疗健康、农业以及环境保护等领域。研究表明，每年有多达30万吨纳米材料释放到环境中，其中土壤是纳米材料释放主要的汇。土壤微生物组在调节和维持多种土壤功能方面发挥着至关重要的作用，微生物多样性和功能被广泛认为是维持土壤健康的关键因素。大量研究调查了纳米材料对土壤微生物的生态毒理效应，但仍未达成共识甚至相互矛盾。此外，目前尚缺乏系统预测纳米材料微生物生态效应的模型和方法。 针对以上科学问题，南京土壤研究所骆永明研究

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-23

• 南京土壤所在我国典型陆地生态系统固氮微生物功能方面取得进展

  氮（N）是生物体必需的元素，是合成关键细胞分子（如蛋白质和核酸）所必需的。由固氮微生物驱动的生物固氮（BNF）将大气中的氮转化为生物可利用的形式，是陆地生态系统初级生产力的基础过程，在全球氮循环中起着关键作用。共生固氮和非共生固氮是生物固氮的两大类，其中非共生固氮微生物至少贡献全球总生物固氮量的三分之一。非共生固氮微生物在不同时空尺度上分布更为广泛。然而，不同陆地生态系统中非共生固氮微生物群落结构和固氮功能及其影响因素尚不清楚。 基于以上科学问题，南京土壤所骆永明团队滕应课题组分析了全国5种典型陆地生态系统土壤固氮微生物群落结构和功能，探讨了不同生态位宽度的固氮微生物类群对

  来源：中国科学院南京土壤研究所

  时间：2024-05-23

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