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  • Plos Biology∣汤富酬课题组与合作者开发出单细胞转录组三代单分子测序新方法

    2009年首个单细胞转录组测序技术问世,开启了单细胞组学时代(scRNA-seq)(Tang et al., 2009)。过去十余年间单细胞测序技术的不断发展极大地加速了生物医学领域的相关研究,帮助科研人员克服了稀有生物样本以及生物样本内生异质性等重大挑战,一系列模式生物及人类自身的单细胞转录组图谱也由此诞生。然而目前的单细胞测序技术几乎全都是基于二代测序平台,测序读长短,一般在150bp左右,即使采用双端测序技术,测得的有效读长也不超过500bp。而人类转录组中转录本的长度普遍在1000bp以上,有些转录本长度甚至超过100kb(Piovesan et al., 2016; Frankish

    来源:北京大学生命科学学院

    时间:2021-01-01

  • 利用参考样本对单细胞RNA测序技术进行多中心研究

    12月21日《Nature Biotechnology》发表了一篇文章,比较了不同技术和不同实验室产生的不同单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集。Loma Linda大学的研究人员提出了在选择算法时需要指导的问题,从而能够对不同平台获得的不同数据类型进行精确的生物学解释。研究人员使用两个特征良好的细胞参考样本(乳腺癌细胞和B细胞),分别或混合采集,比较不同scRNA序列平台和多个中心的预处理、标准化和批效应校正方法。虽然预处理和标准化有助于基因检测和细胞分类的可变性,但批量效应校正是迄今为止正确分类细胞的最重要因素。此外,scRNA-seq数据集的特性(例如,样本和细胞异质性以及所使用

    来源:

    时间:2020-12-24

  • 高彩霞Nature子刊发文:碱基编辑工具全基因组水平特异性检测的实验流程与分析方法

    基于CRISPR系统开发出的一系列基因组编辑系统,如碱基编辑系统和引导编辑系统等丰富了基础研究、基因治疗、动植物育种改良的遗传学工具箱。然而,其脱靶效应对推广和应用造成了限制。如何准确、灵敏、无偏地在体内评价基因组编辑工具对生物基因组的影响,是基因组编辑领域的重要科学问题。通过捕获基因组双链断裂(double strand breaks,DSB),可快速全面地评估基因组编辑系统的脱靶效应,但无法准确评估生物个体内真实的脱靶情况,也难以评估不产生DSB的编辑工具如碱基编辑系统的脱靶效应。因此,开发准确、灵敏、无偏的全面评估的基因组编辑工具特异性评价新方法十分重要。中国科学院遗传与发育生物学研究所

    来源:

    时间:2020-12-23

  • 2020第四届BIFT中国生物制药创新与前沿技术峰会在上海浦东成功举办

    2020年12月8日-10日,第四届中国生物制药创新与前沿技术峰会(以下简称“高峰会议”)在上海浦东成功举办。本届峰会汇聚了中国知名生物药厂、细胞/基因治疗公司、CDMO、CRO及生物制药设备、试剂、耗材供应商等150多家单位的700多位嘉宾出席。本届高峰会议由美国华人生物医药科技协会CBA, SAPA-GP美中药协发起及主办、上海GEC昊晖会务作为联合主办及承办单位,上海美迪西生物医药股份有限公司,广州市艾贝泰生物科技有限公司,南京金斯瑞生物科技有限公司作为协办单位。今年会议与以往不同,是将拥有5届历史的“生物制药创新高峰论坛”和3届历史的“基因与细胞治疗技术论坛” 整合,抗体药与细胞药物研

    来源:组委会

    时间:2020-12-22

  • Science发布2020十大科学突破:COVID-19疫苗

    12月17日Science杂志公布了2020年度十大科学突破。今年的Science十大科学突破之首是针对COVID-19的有效疫苗。除此之外,今年的十大科学突破中生物类还包括具有非凡认知能力的鸟类,人工智能成功预测蛋白结构,首批由CRISPR治愈的疾病,HIV“精英“控制者背后的秘密等。对于许多人来说,2020年是生命暂停的一年,因为新型冠状病毒迅速在地球上传播,迫使人们进入室内,远离亲人。但是对于COVID-19前线的生物医学研究人员而言,正在以惊人的速度进行疫苗研发的竞赛。现在,距离SARS-CoV-2爆发不到一年,而研究人员已经实现了他们的目标。为了纪念这一壮举,《Science》杂志将

    来源:生物通

    时间:2020-12-18

  • Science子刊:新型病毒检测技术使用智能手机摄像头来诊断各种感染

    科学家们开发了一种新颖的基于智能手机的诊断病毒感染技术,该技术用深度学习算法来辨识用金属纳米颗粒标记样品中的病毒,从而能在无需熟练实验室员工和昂贵设备的情况下便可快速检测病毒。该系统在134个患者样品中以98.97%的敏感性正确地确认了临床相关浓度的寨卡病毒,乙型肝炎病毒(HBV)或丙型肝炎病毒(HCV)。手机用户在全球范围内都在增长,其中包括撒哈拉以南的非洲人群,后者背负着感染疫情的负担沉重。由于这些广泛可用的技术还具有强大的新型计算能力和内置感测器,因此科学家们将手机当作一种有前途的、可帮助管控全球传染病的工具。为了利用智能手机的检测病毒潜力,Mohamed Draz和同事开发了一种将样品

    来源:EurekAlert中文

    时间:2020-12-17

  • PacBio技术用于人类进化中的拷贝数变异研究

    在关于人类的进化的研究中,大量的结论和不少学者都支持非洲起源假说。而多数的研究都侧重于单碱基变异的适应性。这些变异要么是有益的突变,要么是出现在尼安德特人(Neanderthals)或是丹尼索瓦人(Denisovans)灭绝之后。但另一种众所周知,通过缺失或重复产生的基因组变异形式——拷贝数变异(CNVs),直接影响了基因组中更多数量的碱基对。尽管有证据表明,这种变异受到了更强的选择压力,但人们对它适应性的作用了解甚少。今天向各位分享的这篇文章,就是着眼于人类进化中,拷贝数变异(copy number variants,CNVs)在适应性中的重要意义。由于拷贝数变异通常具有较大的范围,作者运用

    来源:

    时间:2020-12-09

  • 安诺优达参与的国内首个无创产前筛查胎儿基因组疾病技术标准正式发布

    无创产前筛查(Non-Invasive Prenatal Screening,NIPS)是目前惠及人群最多的基于高通量测序技术的临床应用之一,已得到众多医生与孕妇的认可。除了21/18/13三种染色体数目异常外,该技术也具备筛查“染色体微缺失微重复综合征”(pathogenic Copy Number Variation,pCNV)的潜力。随着NIPS使用的越来越广泛,临床医生也面临越来越多的问题:不同平台NIPS的检测目标疾病结果如何保持一致?不同平台NIPS的报告范围如何统一?遗传咨询和数据分析流程是否规范?全流程质量控制要点有何指引?目前国内外均未针对NIPS筛查基因组病发布相关的技术规

    来源:安诺优达

    时间:2020-12-03

  • 结合文献,讨论细胞膜蛋白与细胞质蛋白的分离与分析方法

    在基础医学和生命科学研究中,我们经常需要对细胞中位于不同区块的蛋白质进行分离。膜蛋白包括可溶的膜蛋白和整合膜蛋白,在胞间连接、信号传导、物质交换与运输等过程中都起到重要作用。除此以外,膜蛋白从其无功能、位于细胞质的前体形式,向细胞膜表面转运的过程,也是研究其功能过程中的重要着眼点。因此,区分膜蛋白(包括细胞表面蛋白和其他生物膜上的结合/游离膜蛋白)和细胞质蛋白,对于相关研究来说是十分重要的。这里我们结合一篇文献,来对这一技术要点进行解释和分析。文章名称是:A non-pump function of sodium iodide symporter in thyroid cancer via c

    来源:北京亿鸣复兴生物

    时间:2020-12-01

  • Fluidigm质谱流式技术助力100+国家临床试验

    作为不断创新的生物科技领跑者,Fluidigm公司(纳斯达克:FLDM)长期致力于通过全方位的健康洞察力来改善人们的生活。美国南加州时间2020年11月3日,Fluidigm 公司宣布,其独有的质谱流式技术及其系列产品,包括CyTOF®、组织成像质谱流式技术(IMC™)和Maxpar® Direct™一站式免疫分型系统等,已被应用于113项国家临床试验,其中19项已完成,94项正在进行中。这些临床试验中,于2020年启动的有25项,其中有3项应用Hyperion组织成像质谱流式系统。这些临床试验均被列入临床试验数据库( clinicaltrials.go

    来源:Fluidigm

    时间:2020-11-24

  • 会议邀约 | 基因组学前沿技术应用研讨会诚邀您相聚

    随着基因组测序技术的迅猛发展,基因组学在基础生命科学以及医学领域均得到了广泛应用。近年来,基因组学领域相关研究成果更可谓是大放异彩,为进一步推动基因组学新技术的应用,加强基因组学领域专家的技术交流,中国科学院遗传与发育生物学研究所、安诺优达生命科学研究院特筹办《基因组学前沿技术应用研讨会》,邀请基因组学研究领域的专家学者进行主题报告及前沿技术分享。一、 会议基本信息会议名称:基因组学前沿技术应用研讨会会议形式:线下会议 & 线上直播会议时间:2020年12月5日会议地点:中国科学院遗传与发育生物学研究所主办单位:中国科学院遗传与发育生物学研究所、安诺优达生命科学研究院会议承办

    来源:安诺优达

    时间:2020-11-24

  • 严格运输工具消毒!进口冷链食品物流疫情防控技术指南出台

    新华社北京11月16日电(记者魏玉坤)近日,多地通报在进口冷链食品外包装或环境样本中检出新冠病毒核酸阳性。记者16日获悉,交通运输部日前印发《公路、水路进口冷链食品物流新冠病毒防控和消毒技术指南》,明确了进口冷链食品装卸运输过程防控要求和消毒要求、从业人员安全防护要求及应急处置要求。指南要求,从事进口冷链食品装卸运输等环节的公路、水路冷链物流企业、港口码头、货运场站等经营单位要严格按照要求做好新冠病毒防控和消毒工作,坚决防止新冠病毒通过冷链物流渠道传播。一是要加强从业人员防护,切实保障冷链物流一线工作人员自身安全。严格做好港口作业人员以及司机、装卸工、船员、引航员等冷链物流一线工作人员的安全防

    来源:新华网

    时间:2020-11-18

  • Cell:新技术“现场直播”病毒感染全过程

    荷兰胡布勒支研究所和乌德勒支大学的研究人员近日开发出一种先进技术来实时监控病毒感染。这种称为VIRIM(病毒感染实时成像)的新技术有助于了解病毒如何感染人体,最终有望促成靶向疗法的开发。该成果于11月13日发表在《Cell》杂志上。RNA病毒是常见的病原体,给社会带来了沉重的负担。在感染宿主细胞后,RNA病毒劫持了宿主细胞的许多功能,将其转变为生产病毒的工厂。常见的RNA病毒包括冠状病毒、丙肝病毒、寨卡病毒和肠道病毒等。现有的技术只能提供病毒感染细胞的快照。换句话说,研究人员可在某个时间点看到被感染的细胞,而不能从头到尾监控病毒感染的过程。最新开发的显微镜技术改变了这一点,能够在实验室中以很高

    来源:生物通

    时间:2020-11-17

  • Circulation:北大程和平团队成功开发心脏肌质网钙信号成像新技术

    北京大学程和平团队在心脏领域顶级期刊Circulation在线发表了题为“Imaging Sarcoplasmic Reticulum Ca2+ Signaling in Intact Cardiac Myocytes”的通讯论文。该论文提供了一种新颖通用的实验策略,实现了在生理条件下对心肌细胞肌质网(SR)钙信号高精度实时观测。SR是由生物膜形成的具有纳米管和纳米囊结构、三维联通并弥漫于整个胞浆的单一细胞器。SR贮存高浓度钙离子,是细胞内最重要的钙库(Ca2+ store),其钙浓度时空动态有着丰富多彩的生物学信号功能。正常SR钙释放驱动心脏的每一次搏动,SR钙库超载可导致钙释放通道RyR的

    来源:北京大学

    时间:2020-11-17

  • 美国麻省总医院成功开发突破性脑胶质瘤血液检测法

    脑胶质瘤指所有来源于神经上皮的肿瘤。相比其他常见恶性肿瘤,脑胶质瘤不被大众熟知,却是最常见的原发性中枢神经系统肿瘤。根据国家卫健委的数据显示,我国脑胶质瘤年发病率为5/10万-8/10万,治疗难度大,致残和致死率高,5年病死率仅次于胰腺癌和肺癌。因此,早筛、早诊、早手术对于脑胶质瘤的治疗至关重要。 近日,美国麻省总医院的研究团队开发了一种增强版的液体活检技术,可以准确地检测血液样本中可能引发常见成人脑胶质瘤的基因突变,有望显著改善胶质瘤的诊断和监测。该研究已发表在《临床癌症研究》杂志上。 通过对比罹患相同脑胶质瘤的患者血液样本和肿瘤活检组织,美国麻省总医院的神经外科的研究员

    来源:麻省总医院

    时间:2020-11-16

  • 新技术将彻底改变细胞生物力学研究

    科学家们开发出一种光学弹性成像技术,它可以彻底提高专业人员检测细胞和组织生物力学变化的准确性和简便性。科学家采用了一种创新的生物光子学方法,以强调微观过程如何推动生物组织的机械改性。专家小组由埃克塞特大学的Francesca Palombo博士和意大利佩鲁贾大学的Daniele Fioretto教授协调,分析了这项技术在显微组织研究中的巨大潜力。虽然细胞和组织的力学特性对细胞的功能和疾病的发展起着基础性的作用,但研究这些特性的传统方法可能是有限的和侵入性的。科学家最近利用布里渊(Brillouin)显微镜(一种利用光对细胞和组织进行声学测量的成像形式)作为对这些生物力学特性进行非侵入性研究的一

    来源:

    时间:2020-11-11

  • Cell发布突破性癌症免疫疗法:“纳米生物学”免疫疗法

    一直以来,大家都认为先天免疫系统是人体的第一道防线,但它缺乏记忆病原体(如适应性免疫系统)的能力。最近由西奈山伊坎医学院等处完成一项突破性新研究指出,一种开创性“纳米生物学”免疫疗法,可以训练先天免疫系统,帮助其消除肿瘤细胞,而且新方法已在小鼠黑色素瘤模型中得到成功证明。这项新发现公布在Cell杂志上。先天免疫系统和训练有素的免疫力人们一直认为先天免疫系统缺乏记忆。但是这项开创性工作表明,可以通过例如接种抗结核的BCG疫苗给个人接种来“训练”先天免疫系统。研究表明,先天免疫细胞可以通过代谢和表观遗传学重新连接获得原始记忆,从而提高细胞的反应能力。本质上,具有训练的免疫表型的先天免疫细胞的产生受

    来源:生物通

    时间:2020-10-30

  • 化学家的又一个生物学突破:世界上第一个非蛋白甲基转移酶

    酶使生化反应得以进行。在自然界中,主要是蛋白质起酶的作用。然而,其他分子也可以进行酶反应,例如核糖核酸,RNAs,它们有一个统称叫核酶。在这一领域,化学教授Claudia Höbartner的研究小组报告了一项科学突破:开发了一种核酶,可以在靶RNA中的特定位置附加一个非常特殊的小化学变化。更精确地说:该核酶可以将一个甲基转移到目标RNA的一个精确定义的氮原子上。这使它成为世界上第一个已知的甲基转移酶核酶。因此,Höbartner的研究小组给它起了短名,叫MTR1。在《Nature》新出版的杂志上,研究小组详细介绍了这种新型核酶。在靶RNA中,它产生甲基化核苷1-甲基腺苷(

    来源:

    时间:2020-10-30

  • PNAS:定量表征纳米尺度下液-液相分离过程的新技术

    相变作为物质的一种特性(如水、冰和水蒸气三相之间的转换)在物理学界及日常生活中早已广为人知。虽然相变是一个物理现象,但是近年的研究表明相变在生命活动中同样发挥着至关重要的作用。在细胞中,相变是以生物大分子(蛋白质和RNA)液-液相分离(Liquid-liquid phase separation,LLPS)的形式发生的,类似的现象在高分子化学和软物质物理等领域的研究已经有近百年的历史了。细胞中存在“液-液相分离”现象是在2009年被明确提出,并成为近几年来生命科学领域的一个新兴热点。近期的研究表明,液-液相分离可能诱导细胞内形成多种没有脂膜包被的无膜细胞器。这些无膜细胞器通过对细胞组分的选择性

    来源:

    时间:2020-10-30

  • 基因表达谱揭示无药可救的急性肝衰竭的潜在治疗方法

    急性肝衰竭是一种破坏性的、进展迅速的疾病,80%的病例会导致死亡,唯一办法是进行紧急肝移植。在发达国家,其主要原因是大量过量服用对乙酰氨基酚(又称扑热息痛)。《Nature Medicine》一文报道了魏茨曼科学研究所免疫学系教授Eran Elinav和Ido Amit实验室的小鼠研究结果。他们在急性肝衰竭小鼠模型中发现了三种参与疾病进展的新肝细胞亚群,而激活这些细胞的信号竟然来自肠道微生物,并表明选择性地阻断这些信号和耗尽微生物群可以显著改善小鼠的肝功能并延长存活时间。一项对急性肝衰竭患者肝脏组织的分析显示出一种与研究中在小鼠身上发现的分子模式惊人相似的分子模式,这使人们对小鼠的发现显示出可

    来源:

    时间:2020-10-29


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