• GigaScience | 刘毓文课题组开发AI新模型精准预测猪产肉性状

  　　2025年8月28日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）刘毓文课题组在《千兆科学（GigaScience）》上发表题为“DeepAnnotation: A novel interpretable deep learning–based genomic selection model that integrates comprehensive functional annotations”的研究论文。该研究开发了一款名为DeepAnnotation的人工智能模型，能结合调控元件、基因等多层级生物信息，精准预测种猪的产肉性状表型。

  来源：中国农科院基因组所

  时间：2025-09-06

• 高歌团队提出细胞内外信息的解耦表示方法

  多细胞生物体可以被视作由相互连接的细胞组成的复杂空间网络。每个细胞的位置与其内在特性同样重要，它们共同决定了组织的功能发挥及疾病状态下的功能障碍。空间组学技术能够以单细胞精度全面描绘细胞在组织中的原位排列，因此成为解析组织中细胞协作与功能的重要工具。空间组学不仅提供了细胞内的基因表达信息，还能揭示细胞所处的空间环境。然而，如何解析细胞内外信息的关联，仍是理解空间组学的核心难题。现有计算模型通常将细胞内部信息与空间环境信息混合建模，这不仅会引入模糊性，也阻碍了对细胞内外关联机制的深入研究。此外，随着空间组学技术的发展，数据规模持续扩大，现有方法在处理大规模细胞通量时存在瓶颈。针对

  来源：北京大学新闻网

  时间：2025-09-06

• 魏妥团队合作开发新型“肽基脂质”平台实现mRNA精准器官靶向递送和先导编辑

  传统的脂质纳米颗粒（Lipid Nanoparticle,LNP）在全身给药后，绝大部分会富集在肝脏。这种固有的“肝脏趋向性”严重限制了LNP在肝外疾病治疗中的应用。尽管研究人员已尝试多种策略（例如靶向配体修饰、高通量脂质库筛选等），但仍面临一项重大挑战：如何理性、可预测地设计能够特异性靶向特定器官的递送载体，而非依赖耗时且盲目的经验性筛选。2025年9月1日，中国科学院动物研究所魏妥研究组联合北京大学未来技术学院程强课题组，在《Nature Materials》杂志上在线发表了题为“Tissue-specific mRNA delivery and prime editing with p

  来源：中国科学院动物研究所

  时间：2025-09-06

• Immunity | 许代超团队发现氧化型左旋核酸作为ZBP1的新型配体驱动...

  阿尔茨海默病（AD）是一种尚未被攻克的神经退行性疾病，以Aβ斑块和tau神经纤维缠结为主要病理特征。随着我国老龄化加剧，AD患病率持续上升，给社会和家庭带来沉重经济负担。目前AD治疗药物研发进展缓慢。近年研究发现，小胶质细胞介导的神经炎症在AD发生发展中起重要作用。小胶质细胞在AD中被Aβ过度持续激活，引发慢性炎症，加剧tau病理、星形胶质细胞活化及神经元损伤死亡。I型干扰素、TLR信号通路、NLRP3炎症小体等信号通路被发现参与驱动这一过程，但它们之间的功能联系尚不明确。左旋核酸Z-DNA是一种非经典DNA结构，可通过先

  来源：中国科学院生物与化学交叉研究中心

  时间：2025-09-06

• 杜茁研究组探讨“简单”模式生物在科研思维塑造中的独特价值

      看似“简单”的非哺乳类模式生物(如酵母、线虫、果蝇、斑马鱼等)在生物医学发展中发挥了举足轻重的作用。然而，当前从事此类研究的学者在人员招聘、课题申请、学术交流、论文投稿与科研评价等方面，屡屡面临挑战。随着更“贴近”人类的动物模型或体外系统的涌现和广泛使用，研究热点和科研经费日益倾向“应用转化”与“临床意义”，“简单“模式生物逐渐被边缘化，甚至显得“不合时宜”。类似的质疑声频频出现：“你们实验室只做线虫？”、“你为什么不在小鼠模型中验证果蝇的发现？”、“在类器官、多组学和人工智能时代，简单模式生物还有优势吗？”    “简

  来源：中国科学院遗传与发育生物学研究所

  时间：2025-09-06

• 储成才研究团队揭示水稻OsNRT1.1B双通路调控机制，助力氮高效育种

      氮是作物生长必需的大量元素，提升作物氮利用效率，是平衡人口增长、耕地资源匮乏与绿色低碳循环农业发展的关键。因此，阐明作物氮利用效率的分子机制，对农业可持续发展至关重要。    近日，中国科学院遗传与发育生物学研究所/华南农业大学储成才教授团队，与首都师范大学李乐攻教授团队合作，在Advanced Science发表题为OsNRT1.1B-OsCNGC14/16-Ca²⁺-OsNLP3 Pathway: Phosphorylation-Mediated Maintenance of Nitrogen Homeostasis

  来源：中国科学院遗传与发育生物学研究所

  时间：2025-09-06

• 张劲松团队发现大豆“油分刹车”基因GmERFA，揭示种子油脂积累调控新机制

      大豆富含油脂和蛋白质，是重要的粮食作物和经济作物。大豆油占全球油产量的一半以上，是食用油和工业油料的重要来源，具有不可忽视的经济价值。然而，大豆油脂的生物合成受到诸多因子的精细调控，尽管已有研究报道了一些在油脂积累过程中发挥作用的基因，但该领域的研究仍存在很大空白。    2025年9月4日，中国科学院遗传与发育生物学研究所张劲松团队在国际期刊Plant Biotechnology Journal上在线发表了题为Transcription factor GmERFA interacts with GmNFYA and a

  来源：中国科学院遗传与发育生物学研究所

  时间：2025-09-06

• 田烨研究组与希伯来大学Ehud Cohen团队合作应邀在Trends in Cell Biology撰写观点文章“TGF-β信号通路：跨组织调控蛋白质稳态的新视角”

      维持蛋白质稳态（proteostasis）依赖细胞内多种机制协同作用。然而，随着衰老、基因突变或环境应激的累积，错误折叠的蛋白质可能逃避免疫监控并发生聚集，从而诱发神经退行性疾病等蛋白质聚集病。长期以来，蛋白稳态维持被视为细胞自主的过程，但近年研究发现，不同组织间的信号传递在全身蛋白质稳态调控中发挥重要作用。    2025年8月29日，中国科学院遗传与发育生物学研究所田烨研究组与希伯来大学Ehud Cohen团队合作在Trends in Cell Biology杂志在线发表研究文章TGF-β signaling as

  来源：中国科学院遗传与发育生物学研究所

  时间：2025-09-06

• 王艳丽研究组揭示了一种高切割活性的II-D型Cas9的结构与机制

  　　CRISPR-Cas系统是广泛存在于细菌和古菌体内的一种RNA引导的适应性免疫系统。Cas9是II型CRISPR-Cas系统的标志性蛋白，具有HNH和RuvC两个核酸酶结构域，通过与crRNA和tracrRNA或单链sgRNA结合，识别含有PAM序列且与crRNA互补的双链DNA序列，实现靶向切割。化脓链球菌中的Cas9（SpCas9）因其高切割效率和优秀的基因编辑表现而成为目前应用最广泛的Cas9，但其较大的分子量限制了其通过腺相关病毒（AAV）载体进行递送。因此，从自然界挖掘或者通过蛋白质工程获得更小分子量且保持高切割活性的Cas9，成为基因编辑领域的

  来源：中国科学院生物物理研究所

  时间：2025-09-06

• Cell文章：王开乐组合作开发wellDR-seq技术解析乳腺癌起源和演化

  北京时间9月4日，国际学术期刊Cell在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）王开乐研究组和MD安德森癌症中心Nicholas Navin团队合作的最新研究成果：“Coalescing single cell genomes and transcriptomes to decode breast cancer progression”。该研究通过开发高通量单细胞基因组和转录组联合测序方法wellDR-seq，实现了对12例乳腺癌中超过3万个单细胞进行双组学解析。这一突破性研究不仅直接鉴定并表征了ER阳性乳腺癌的肿瘤起始祖先亚

  来源：中国科学院生物化学与细胞生物学研究所

  时间：2025-09-06

• 电子束激活金刚烷C–H键实现低温快速合成纳米钻石

  金刚烷(Ad)与钻石具有相同的Td对称性碳骨架结构，但传统方法难以实现其向钻石的转化。这项突破性研究采用透射电镜中的电子束辐照技术（80-200 keV），在真空低温环境（100-296 K）下仅需数十秒即可触发金刚烷亚微米晶体的碳氢键(C–H)活化。实时透射电镜观测揭示了反应过程：金刚烷寡聚体首先形成，随后自发组装成立方晶系的完美纳米钻石(NDs)，同时释放氢气。显著的动力学同位素效应证实C–H键断裂是反应速控步骤。值得注意的是，该方法具有高度选择性——其他测试烃类均未能形成纳米钻石。这项技术颠覆了传统高温高压合成钻石的范式，为纳米钻石的可控制备开辟了新途径。反应过程中氢气的释放为理解碳氢键

  来源：SCIENCE

  时间：2025-09-05

• 共生干预通过调节微生物-肠-脑轴逆转青春期雄性小鼠饮酒诱导的认知缺陷

  动物模型与酒精暴露研究采用C57BL/6J青春期雄性小鼠（出生后30天），通过改良的"黑暗饮酒"（DID）模型模拟青少年间歇性饮酒行为。每周4天提供20%酒精溶液，前3天限时2小时，第4天延长至4小时。酒精组小鼠平均摄入量达3-5 g/kg/次，血液酒精浓度（BAC）为0.05 g/dL，虽未达标准暴饮阈值，但符合亚暴饮（sub-binge）特征。线性分析显示酒精摄入量与血醇浓度显著正相关（r=0.61）。肠道菌群与代谢物变化酒精暴露4周后，粪便分析显示：1.​​菌群组成​​：丹毒丝菌科（Erysipelotrichaceae）相对丰度显著增加，该菌科与代谢炎症疾病相关；α/β多样性无显著改变

  来源：Gut Microbes

  时间：2025-09-05

• 线粒体功能障碍通过H2S介导的突触蛋白过硫化驱动自闭症社交缺陷的机制研究

  临床研究发现自闭症患者外周组织存在多种线粒体异常，但神经元代谢如何影响自闭症表型尚不明确。这项聚焦前扣带回皮层（ACC）的研究揭示，在Shank3b−/−和Fmr1−/y自闭症小鼠模型中，线粒体功能障碍导致神经元内硫化氢（H2S）水平异常升高。就像给突触蛋白"镀上硫化物外衣"，mGluR5等关键蛋白的过硫化修饰（sulfhydration）会扰乱突触传递，引发社交行为缺陷。研究团队通过基因操作演示了精妙的"硫调控"开关：在正常小鼠ACC过表达胱硫醚β-合成酶（CBS）会复制出自闭症样症状，而敲低该酶则能修复两种模型小鼠的突触和社交功能。更令人振奋的是，限制含硫氨基酸饮食这种简单干预，不仅能改善

  来源：Cell Metabolism

  时间：2025-09-05

• 肿瘤细胞分泌miR-33a通过靶向间质多胺代谢重塑应激颗粒形成促进肿瘤发生

  3.1 多胺在肿瘤微环境中的空间分布肿瘤核心区（TC）因血管分布不足导致营养匮乏，RNA测序显示该区域精氨酸代谢通路显著抑制，而AGMAT（agmatinase）表达下调。质谱成像（MSI）证实TC区亚精胺、精胺等多胺水平低于边缘区（TM），且CAFs中腐胺合成能力显著降低。敲除外泌体分泌关键蛋白Rab27a后，AGMAT的空间分布差异消失，提示肿瘤源性外泌体调控多胺代谢异质性。3.2 miR-33a靶向CAFs中AGMAT抑制多胺合成葡萄糖饥饿条件下，乳腺癌细胞通过外泌体选择性富集miR-33a-5p。该miRNA通过结合AGMAT的3'UTR抑制其表达，导致CAFs腐胺合成减少。CRISP

  来源：Journal of Extracellular Vesicles

  时间：2025-09-05

• 植物细胞外囊泡真实参考标记物的系统鉴定及其系统发育保守性研究

  植物细胞外囊泡真实参考标记物的系统鉴定研究背景植物细胞外囊泡（PEVs）研究领域近年来呈现指数级增长，但缺乏符合国际细胞外囊泡学会（ISEV）MISEV指南的标准化标记物。本研究通过深度蛋白质组学分析，首次系统鉴定了拟南芥（Arabidopsis thaliana）和甘蓝（Brassica oleracea）叶片胞外分泌液（AWF）来源的PEVs标志物，并评估其系统发育保守性。方法与创新研究采用真空渗透法收集AWF，通过超滤（UF）和尺寸排阻色谱（SEC）分离PEVs（图1）。纳米颗粒追踪分析（NTA）显示Arath-EVs和Braol-EVs平均粒径分别为157.82±7.35 nm和159

  来源：Journal of Extracellular Vesicles

  时间：2025-09-05

• 肝动脉灌注化疗联合仑伐替尼与PD-1抑制剂治疗晚期肝癌肺转移的多中心疗效与安全性研究

  引言肝细胞癌（HCC）是全球第六大常见恶性肿瘤，晚期患者常伴随肺转移，预后极差。尽管系统性治疗如酪氨酸激酶抑制剂（TKI）和免疫检查点抑制剂（ICI）有所进展，但针对肺转移的优化策略仍不明确。肝动脉灌注化疗（HAIC）通过高剂量局部化疗控制肝内病灶，而联合靶向和免疫治疗可能协同增强全身抗肿瘤效应。方法这项多中心回顾性研究纳入2019年至2024年间422例初治晚期HCC肺转移患者，分为三联组（HAIC+仑伐替尼+PD-1抑制剂，HLP组，169例）和双联组（仑伐替尼+PD-1抑制剂，LP组，253例）。通过1:1倾向评分匹配（PSM）平衡基线特征后，每组各151例。HAIC采用FOLFOX方案

  来源：ImmunoTargets and Therapy

  时间：2025-09-05

• S100A4通过驱动多倍体巨癌细胞出芽促进放疗后肿瘤再生：揭示结直肠癌放疗抵抗新机制

  放疗是结直肠癌治疗的重要手段，但肿瘤再生和抵抗现象严重制约其疗效。近年来，一类被称为多倍体巨癌细胞(Polyploid Giant Cancer Cells, PGCCs)的特殊细胞亚群引起关注。这些细胞在放疗后通过基因组扩增逃逸死亡，随后以类似病毒出芽的方式产生增殖性后代，成为肿瘤复发的"种子"。然而，PGCCs如何突破细胞周期监控完成出芽过程，以及如何逃避免疫监视的机制尚不明确。这项发表在《Cancer Letters》的研究，首次揭示了S100A4蛋白在PGCCs出芽中的关键作用。研究团队采用单细胞转录组测序、CRISPR-Cas9基因编辑、流式细胞术和小鼠模型等关键技术，结合临床患者样

  来源：Cancer Letters

  时间：2025-09-05

• α-生育酚通过LKB1依赖性调控ILC2铁死亡改善过敏性气道炎症的机制研究

  过敏性气道炎症是哮喘等呼吸系统疾病的核心病理特征，其中2型固有淋巴细胞（ILC2s）的异常活化是关键驱动因素。尽管现有治疗手段如糖皮质激素能缓解症状，但长期使用易产生耐药性，且无法从根本上调控免疫失衡。近年来，膳食成分对免疫调节的作用备受关注，但维生素E家族成员α-生育酚（α-Toc）在ILC2介导的气道炎症中的具体机制仍属空白。发表在《Molecular Therapy》的这项研究首次阐明α-Toc通过肝脏激酶B1（LKB1）依赖性途径调控ILC2铁死亡（ferroptosis）的新机制。研究人员采用转录组测序、基因敲除小鼠模型和人类原代ILC2培养体系，发现α-Toc处理可显著下调ILC2

  来源：Molecular Therapy

  时间：2025-09-05

• 激活生长因子（AGF）作为骨关节炎的卓越生物疗法：在调节软骨退变和炎症中的体内比较功效研究

  Abstract本研究通过MIA诱导的大鼠骨关节炎模型，首次系统评估了血小板衍生激活生长因子（AGF）在调节软骨合成-分解代谢平衡中的卓越功效。与富血小板血浆（PRP）和双氯芬酸钠相比，标准化TGF-β浓度的AGF展现出剂量依赖性的治疗优势，为开发疾病修饰型骨关节炎药物提供了新证据。Purpose针对骨关节炎治疗领域缺乏有效疾病修饰药物（DMOAD）的现状，研究旨在探究AGF能否通过逆转OA病理中分解代谢主导的状态来恢复软骨稳态。Methods56只雄性Wistar大鼠随机分为7组：正常对照组、OA模型组、PRP治疗组、双氯芬酸组及三个AGF剂量组（0.1/1/10 ng/mL TGF-β）。

  来源：Biologics: Targets and Therapy

  时间：2025-09-05

• 靶向BAG2的高亲和力化合物在抑制瘢痕疙瘩疾病中的治疗潜力

  摘要瘢痕疙瘩作为一种良性纤维增生性皮肤疾病，其特征性胶原过度沉积和顽固性复发使其临床治疗面临挑战。本研究聚焦于BAG2蛋白在瘢痕疙瘩中的调控机制，通过多维度实验验证其促纤维化作用，并筛选出具有临床转化潜力的靶向化合物。BAG2在瘢痕疙瘩中的表达特征单细胞测序数据分析显示，瘢痕疙瘩成纤维细胞（KFs）中BAG2基因表达显著高于正常皮肤组织（图S2C）。免疫组化与免疫荧光证实BAG2蛋白在瘢痕疙瘩纤维结节周围富集，并与α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）阳性细胞共定位（图1A-C）。Western blot进一步显示瘢痕疙瘩组织中BAG2蛋白水平较正常皮肤升高3倍以上（图1D），提示其可能通过调控细胞

  来源：Biologics: Targets and Therapy

  时间：2025-09-05

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