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利用ATAC-seq技术来解释你身上的那堆脂肪
每到夏天，大家就开始为身上的那点脂肪而苦恼，不减20斤不换头像的人也越来越多。无可否认，全球肥胖人口在急剧增加。据统计，自1975年以来，肥胖男性的比例已经翻了三倍（从3.2%至10.8%），而肥胖女性增加了一倍多（从6.4%至14.9%）。不知不觉地，人类已经成为肥胖的灵长类动物。健康人类的体脂率一般在14%至31%之间，而其他灵长类动物的体脂率只有9%。杜克大学的研究人员近日开展了一项新研究，发现这一切要归因于白色和褐色脂肪细胞的形成。白色脂肪细胞的主要功能是负责储存过剩的能量，而褐色脂肪细胞的功能是燃烧脂肪产生热量，让哺乳动物在寒冷的条件下保持温暖。人类产生白色脂肪细胞的频率远远高于褐色
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Science子刊：中大学者报道一种全新原理的m6A检测技术
N6甲基腺嘌呤修饰，即m6A修饰，是真核生物mRNA上最丰富的修饰类型。近些年大量研究表明，m6A参与了mRNA的核心调控通路，如剪接、翻译、降解等，在肿瘤发生、神经发育、免疫应答、干细胞维持等多种生物学过程中扮演重要角色。由于m6A修饰的化学性质与正常腺嘌呤A非常相似，因此很难使用化学的方法将其鉴定出来。2012年在Nature和Cell分别发表了通过m6A特异性抗体富集对m6A修饰进行全转录组测序的方法（MeRIP-seq或m6A-seq），然而MeRIP-seq存在分辨率不足（100 nt左右）、结果重复性低、样品需求量大、操作繁琐等原理上难以克服的弱点，给m6A研究这一近年来的热点领域
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《科学美国人》评出2019年十大突破性技术
日前，著名科普杂志《科学美国人》公布了2019年十大突破性技术榜单。榜上有名的既有“高深莫测”的新型核反应堆和DNA存储，也有“平易近人”的新型肥料和食品包装。科技日报记者梳理后发现，这十大技术可分为清洁环境、革新能源、促进健康、便捷生活与颠覆创新五个大类。 清洁环境类技术 可生物降解塑料和智能肥料技术能够使环境更清洁。 塑料垃圾不仅能在环境中存在数百年，还会释放有毒化合物。之前以玉米、甘蔗或废油脂为原料生产的可生物降解塑料，性能难以与普通塑料相比。现在，英国伦敦帝国理工学院、芬兰梅特根生物技术公司等正在研究使用低成本离子溶剂和生物酶处理纤维素或木质素，生产新型可
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实现分子诊断技术和临床应用与转化的良好互动
随着人类对疾病认识的不断深入及基因检测的技术进步，全球分子诊断市场快速增长，分子诊断新技术及其在临床上的最新应用得到飞速发展。临床诊疗已经进入精准医疗时代，分子诊断在临床实践中的作用日益明显。2019中国国际实验室规划、建设与管理大会（labtech China Congress）同期论坛“2019生命组学技术与转化前沿论坛——分子诊断技术与临床应用新趋势”应运而生，将于2019年11月6-7日在上海浦东嘉里大酒店隆重召开。labtech China Congress由亚洲重要的实验室行业盛会analytica China（慕尼黑上海分析生化展）倾力打造。2019年大会将围绕实验室设计、实验室
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哈佛学者Nature子刊发布单细胞基因组学重大突破：ATAC-seq从100到50000！
生物通报道：哈佛大学的科学家与Bio-Rad实验室的研究人员合作，开发了一种快速单细胞测序的新平台。这种新工具将微流体技术和新型软件结合在一起，扩展了单细胞ATAC-seq技术。这一研究发现公布在Nature Biotechnology，标志着单细胞基因组学研究的重大突破。什么是单细胞测序？我们都来自单个细胞，然后很快变成数万亿个细胞组合体。第一个细胞中的基因组被复制到其他细胞中，那我们如何最终变出这么多不同的细胞类型呢？多年来，科学家们一直试图弄清楚基因在不同细胞中的发育过程中是如何开启和关闭的，从而可以有各种细胞，发挥特定的功能。单细胞测序改变了这一研究领域，使科学家们能够研究单个细胞中的
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斯坦福学者《Cell》上发表空间转录组学新技术
一项新的空间转录组学技术近日在《Cell》杂志上发表。斯坦福大学的研究人员开发出一种名为APEX-seq的RNA测序方法，能够生成亚细胞RNA定位图谱，分辨率达纳米级别。他们目前已经生成了九个不同区域的RNA定位图谱。文章第一作者、斯坦福大学医学院的博士后Furqan Fazal说：“在空间转录组学领域，许多单细胞技术能够告诉你RNA在不同细胞中的定位，但不能告诉你它们在细胞内的定位。我们在尝试不同的东西，希望了解（它们）在细胞内的定位。”研究人员表示，这种方法适用于各种亚细胞区域，能够捕获各类RNA的完整序列细节，从而比较RNA变异（variants & isoforms）。Faza
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裴端卿研究组发布一种全新高效体细胞重编程技术：7因子重编程配方
中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员裴端卿领衔的科研团队报道了一种利用7因子代替传统的4因子(OKSM)，组成新型高效重编程的方法，此方法就好比移动通讯信号由“4G”升级为“5G”，为再生医学和诱导多能干细胞的机制研究提供高质量细胞来源及崭新的细胞模型。这一研究成果6月18日在线发表在Cell Reports杂志上。文章共同通讯作者为裴端卿、刘晶。第一作者为王波、吴琳琳和李东伟。自2006年，山中伸弥报道四个转录因子Oct4/Sox2/Klf4/c-Myc可将体细胞重编程为多能干细胞以来，此项技术因创造性地避开免疫排斥和伦理争议问题而备受关注，开创了细胞生物学的新篇章。近年来研究表明诱导多
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张锋《Cell》最新技术开启新时代：DNA显微镜
生物通报道：显微镜再次被颠覆了。以前，科学家们利用传统意义上的光，X射线和电子显微技术来观察组织和细胞。今天，科学家们可以在整个大脑中追踪线状的神经纤维，甚至可以看到心脏还在砰砰跳动的活体小鼠胚胎。但是这些显微镜无法看到：在基因组水平的细胞中发生了什么？为此，一组研究人员发明了一种非传统的成像方法，他们将其称为“DNA显微镜（DNA microscopy，生物通注）”，研究人员利用这种技术确定了分子在样品中的相对位置，而不用于依赖光或任何类型的光学器件。这项新发明公布在6月20日的Cell杂志上，由霍华德休斯医学研究所（HHMI）的张锋研究员，Aviv Regev研究员领导完成。文章一作，霍华
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蛋白功能研究的重大飞跃！Nature Genetics公布全新技术
生物通报道：完成第一个人类基因组测序是一项艰巨的工作——耗时13年，全球数百名研究人员耗费了数十亿美元得以完成。但随着技术的进步，这种测序技术已经成为了一种常规实验操作。然而我们对于基因组序列背后的真正含义，也就是每条DNA链中“letters”的顺序如何指导身体的蛋白质成为什么，完成什么样的工作，仍不清楚。现在，来自哈佛医学院的一组研究人员提出了一种新方法，证明可以通过评估实验室制造的基因突变对蛋白质功能的影响，确定基因的三维结构。这一研究发现公布在6月17日 Nature Genetics杂志上，这代表了将序列数据与细胞功能联系起来的重要一步，也是了解基因组作用的重要一步。该工具可从htt
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JMC：基于化学基元的药物发现新方法
中山大学药学院徐峻课题组（药物分子设计研究中心）在Journal of Medicinal Chemistry期刊上发表题为“Identifying Novel Anti-Osteoporosis Leads with a Chemotype-Assembly Approach” 的研究论文，提出了基于化学基元的药物发现新方法，首次将基于片段的方法应用在基于表型的抗骨质疏松药物发现中，并取得了成功。基于片段的方法在靶向药物筛选过程中已经成为常规方法，但是在表型药物筛选过程中尚未普及。因此，基于表型的药物筛选通常采用大规模随机筛选策略，成本高、命中率低。这项研究首次将片段及其组装规律应用于基于表
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华大等机构在ESHG上提出新的无创产前检测方法
在近期举行的欧洲人类遗传学大会（ESHG 2019）上，研究人员提出了两种新的无创产前检测方法，以及一种确定疾病复发风险的新方法。伦敦Guy’s & St. Thomas’ NHS信托基金会遗传学实验室的Julia van Campen报告称，他们已经开发出镰状细胞病的无创产前检测。这是一种常染色体隐性疾病，每年影响30万名新生儿。不过，非侵入性地评估疾病并非易事，因为通常需要父母双方的样本。van Campen等人开发的新方法是基于相对突变剂量，不需要父亲的样本。利用独特的分子标识符，他们对来自母体血浆的游离DNA进行靶向测序，并对突变和野生型等位基因的读数进行定量。在生物信息学分析
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屠呦呦团队放“大招”：“青蒿素抗药性”等研究获新突破
新华社记者骆国骏、周宁、王君璐、盖博铭 屠呦呦团队放“大招”了！针对近年来青蒿素在全球部分地区出现的“抗药性”难题，屠呦呦及其团队经过多年攻坚，在“抗疟机理研究”“抗药性成因”“调整治疗手段”等方面取得新突破，于近期提出应对“青蒿素抗药性”难题的切实可行治疗方案，并在“青蒿素治疗红斑狼疮等适应症”“传统中医药科研论著走出去”等方面取得新进展，获得世界卫生组织和国内外权威专家的高度认可。 深入研究抗疟机理 攻坚“青蒿素抗药性”难题 自屠呦呦发现青蒿素以来，青蒿素衍生物一直作为最有效、无并发症的疟疾联合用药。然而，世卫组织最新发布的《2018年世界疟疾报告》显示，全球
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比CRISPR更高效，精确的新技术！Nature vs.Science两大巨头同时get到新技能
生物通报道：CRISPR技术红得发紫，也备受诟病，其中的两大问题在于脱靶效应和效率低。近期两大顶级杂志，Science和Nature分别公布了Broad研究所张锋研究组和哥伦比亚大学Sam Sternberg研究组（刚从加州大学伯克利分校Jennifer Doudna实验室转入哥伦比亚大学）两项相似的研究成果：利用细菌跳跃基因，将DNA序列精确地插入基因组而不切割DNA。这两项研究克服了CRISPR技术的主要缺点，为基因工程和基因治疗提供了一种强有力的新选择。“跳跃基因”又叫转座子，它们无处不在，每个生命领域都携带这些DNA序列，它们利用转座酶从一个位置“跳”到另一个位置，事实上，有接近一半的
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《自然》发表中国学者关于基因编辑技术RNA脱靶及其优化的研究成果
2019年6月10日，《自然》期刊在线发表了题为《DNA单碱基编辑技术引起RNA脱靶及其通过突变消除RNA活性》的研究论文，该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室、中国科学院灵长类神经生物学重点实验室杨辉研究组、四川大学华西二院/生命科学学院郭帆研究组和中国科学院上海营养与健康研究所隶属的计算生物学研究所（中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所）李亦学研究组合作完成，该研究通过全转录组RNA测序发现DNA编辑工具单碱基编辑技术存在大量的RNA脱靶，首次证明了BE3、BE3-hA3A和ABE7.10等多个单碱基编辑技术
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上海科技大学PNAS发现一种毒副作用较低、癌细胞清除彻底的新方法
生物通报道：白血病是一种造血系统的恶性肿瘤，俗称“血癌”。在这种疾病中，某一类型的白血病细胞在骨髓或其他造血组织出现了肿瘤性增生，可浸润机体内的不同器官和组织，使各个脏器的功能受损，产生相应的症状和体征。上海科技大学免疫化学研究所（SIAIS）特聘教授Richard Lerner课题组发现了一种罕见的人类抗体，可以将白血病细胞转变为抗白血病的免疫细胞。这项研究发表在PNAS杂志上，为人们开辟了一条治疗白血病的全新途径，甚至可以用来对抗其它癌症。意外的收获Lerner实验室致力于生成和筛选大型抗体文库，并在此基础上寻找能够结合特定靶标或激活特定受体的治疗性抗体。他们尝试用抗体激活未成熟骨髓细胞上
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Nature子刊：目前利用冷冻电镜方法解析的最小分子量蛋白
近年来，冷冻电镜（cryo-EM）单颗粒分析技术（single particle analysis，SPA）成为结构生物学众多结构解析方法中异军突起的一支。目前的冷冻电镜单颗粒技术已经能较容易地将分子量大于300千道尔顿且生化性质稳定的蛋白质解析至近原子分辨率（约3 埃水平）。但由于小分子量蛋白质（一般为小于200千道尔顿）颗粒在冷冻样品中衬度不足等原因，小分子量蛋白质的高分辨解析工作对目前的技术手段而言仍然是很大的挑战。清华大学生命科学学院王宏伟教授领导的研究组及合作者，在2019年6月3日于《自然·通讯》（Nature Communications）在线发表题为《分子量52千道尔顿的链霉亲
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阻挡高剂量放射辐射新方法
放射治疗是常见的癌症治疗方法，可以破坏癌细胞，是缩小肿瘤的最有效方法之一。大约50%的胃肠道肿瘤患者（肝脏、胰腺、结肠、前列腺等）接受了这种治疗，在过去几十年中提高了癌症患者的生存率。然而，密集的放射治疗不仅会损伤肿瘤细胞，而且还会损伤健康的肠道细胞，导致60%的患者中毒。虽然在放射治疗结束后观察到，毒性损伤有所恢复，但10%的治疗患者出现胃肠道综合征，这是一种以肠道细胞死亡为特征的疾病，导致整个肠道的损坏和患者死亡。损伤健康肠细胞是放射治疗的主要缺点，导致癌症有效治疗中断和失败，还有可能导致肿瘤快速复发。现在，西班牙国家癌症研究中心（CNIO）生长因子、营养素和癌症研究小组的科学家在Scie
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Cancer Cell：用治疗神经退行性疾病的方法对抗癌症
生物通报道：P53被称作为是“基因组的卫士”。它可以通过让受损细胞停止生长来阻止它们增殖直至损伤得到修复，如果损伤无法逆转，p53则会促进细胞死亡。然而存在于96%高分级浆液卵巢癌患者中的p53突变，可导致它形成团块或“聚集体”，损害了蛋白质的正常功能。因此，损伤细胞能够失控性增殖，从而导致癌症。加州大学洛杉矶分校的科学家们开发出了一种有前景的新方法来治疗妇科恶性肿瘤。这种方法将焦点放在了p53蛋白上，在罹患最致命形式的生殖系统癌症——高分级浆液性卵巢癌(serous ovarian cancer)的妇女中p53常常突变。许多罹患此病的妇女确诊时癌症已发展至极晚期，因此难以治疗。这一发现公布在
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Nature：一种简单的血液检测方法，检测七种不同的癌症
生物通报道：约翰霍普金斯医学院Kimmel癌症中心的研究人员开发出了一种简单的血液检测新方法，通过分析癌细胞脱落的DNA碎片中独特的模式，可以检测出7种不同类型癌症的存在。这一研究成果公布在5月29日的Nature杂志上。研究证明，这种被称为DELFI的方法通过评估早期拦截的DNA片段，可以准确地检测来自208名美国，丹麦和荷兰地区，患有不同阶段乳腺癌，结肠直肠癌，肺癌，卵巢癌，胰腺癌，胃癌或胆管癌患者体内57％至99％以上的血液样本中的癌症DNA的存在。这种方法在215名健康人的血液样本测试中检测表现，仅在4例病例中错误识别癌症。DELFI采用了一种人工智能来识别癌症患者血液中DNA片段的异
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单细胞测序技术揭示干细胞为什么与众不同
昆士兰大学Diamantia研究所的科学家利用基因测序技术揭示了干细胞和其他血管细胞的区别。领导皮肤癌和干细胞研究的Kiarash Khosrotehrani教授说，这些发现提供了干细胞如何表达基因的证据，而这些基因可以使干细胞在血管内被识别出来。“到目前为止，就我们所知，我们还不能准确地说出干细胞如何与其它细胞不同，”Khosrotehrani教授说。“我们假设干细胞表达的基因可以将它们与血管内的其他细胞区分开。”昆士兰大学高级讲师Jatin Patel博士进行这项研究，观察了最大动脉（主动脉）中的每个细胞，并通过测序确定了每个细胞表达的基因。“这使得我们可以在检查每一个细胞时无需考虑误差或
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