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北京生命科学研究院方赵庆课题组发布新的基因预测方法
生物通报道：当缺乏密切相关的参考基因组时，大多数的基因预测方法检测的是来自转录组组件的编码序列。这些方法的应用有限，因为高的转录本片段和广泛的组装错误，可能会导致多余的或错误的编码序列预测。11月17日在国际学术期刊《Genome Biology》发表的一项研究中，来自中科院北京生命科学研究院的研究人员，提出了一种方法——inGAP-CDG，可以利用基于密码子的de Bruijn图表，构建来自未组装转录组的完整长度的和非冗余的编码序列，从而简化了组装过程。这项研究的通讯作者是中科院北京生命科学研究院的赵庆方研究员。延伸阅读：山大泰山学者李国君教授再发转录组组装新法。对于有参考基因组的物种来说，
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当下最流行的表观遗传研究检测技术是什么？看看这里……
生物通报道：11月17日Cell杂志SnapShot专栏介绍了表观遗传研究的检测方法，这四种方法包括：亚硫酸氢钠测序法（bisulfite sequencing）、染色质免疫沉淀测序技术（chromatin immunoprecipiation sequencing）、开放染色质测定（determination of open chromatin），以及3D染色质捕获分析（3D chromatin capture）。3D染色质捕获分析虽然十年前我们就获得了人类基因组序列的线性图谱，但是对于其空间组织的破译，还才刚刚起步。最近的研究表明，远程基因组元件，如增强子和启动子，能通过染色质相互作用被带
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2016年度海洋科学技术奖拟获奖项目公示
2016年度海洋科学技术奖拟获奖项目公示 2016年海洋科学技术奖奖励办公室组织召开了2016年度海洋科学技术奖评审委员会评审会议，经过专家认真评审，海洋科学技术研究类共有19项成果拟获奖，其中一等奖5项、二等奖14项；海洋科技转化类共有17项成果拟获奖，其中特等奖1项、一等奖4项、二等奖12项、海洋科技图书共有12项成果拟获优。现将拟获奖项目予以公示。 自本公告发布之日起1个月内，任何单位和个人若对所公布的获奖项目有异议，可通过书面形式向国家海洋局学会办公室提交意见，国家海洋局学会办公室将于收到书面意见之日起1个月内责成有关单位处理完毕。异议期结束后，国家海洋局将正式发文
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Nature发表再生医学重要突破 合成水凝胶将类器官带入临床
生物通报道：类器官可以用来模拟疾病、测试药物甚至替换患者的受损组织，在再生医学领域有广泛的应用前景。不过，类器官一直很难以标准化的可控方法进行培养。EPFL研究团队十一月十七日在Nature杂志上发表文章，展示了一种完全可控的类器官培养基质。他们正在为这种合成“水凝胶”申请专利。类器官的培养始于干细胞。培养干细胞的凝胶含有促进干细胞自我更新和分化的生物分子，可以模拟干细胞的天然环境，为其提供富含蛋白和糖的细胞外基质。干细胞粘附在细胞外基质上，自行组织成微型器官，比如视网膜、肾或肠。微型器官能真实反映一些关键的生物学机制，可用于疾病研究或药物测试。目前人们所用的凝胶来自于小鼠，这种凝胶存在不少问
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上海交大教授Sci Rep：定量蛋白质组学技术揭示新分子机理
生物通报道：上海交通大学农业与生物学院的研究人员发表了题为“Cellulase from Trichoderma harzianuminteracts with roots and triggers induced systemic resistance to foliar disease in maize”的文章，通过定量蛋白质组学等多种实验方法，揭示了哈茨木霉菌纤维素酶与玉米根系互作系统诱导玉米抗叶斑病的分子机理。 这一研究成果公布在11月10日的Scientific Reports杂志上，文章的通讯作者为上海交通大学农业与生物学院陈捷教授，陈教授主要从事蛋白质组学与分子病理学、环境微生物
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SMART技术助力艾伦细胞类型数据库（Allen Cell Types Database）
11月初，Takara Bio USA, Inc., (TBUSA; 原 Clontech Laboratories, Inc.)宣布SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing被艾伦脑科学研究所（Allen Institute for Brain Science）选定用于艾伦细胞类型数据库（Allen Cell Types Database）中的脑细胞单细胞表达图谱项目，SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing将用于超过100,000个小鼠和人类的大脑皮层单细胞转录组图谱分
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Nature子刊发布新技术：即插即用，30分钟检测艾滋病毒
——这种U盘一样的的新型血液检测设备未来将可以用于偏远地区的艾滋病检测 生物通报道：目前世界上全球平均每天有6000人感染艾滋病，艾滋病患者以每天增加7千人的数字在成长，其中包括1800位新生儿。尽管早期诊断与治疗，可以降低并发症的产生，但是并非所有国家都有这样的技术与设备。这种情况在发展中国家更为严重。目前的艾滋病病毒HIV检测需要数周时间，而来自伦敦帝国学院的一组研究人员研发出了一种简单的诊断设备，在半个小时内就能得到准确的结果。研究人员在991个血液样本中检验了这一诊断方法，准确率高达95%。这一研究成果公布在11月4日的Nature Scientific Reports杂志上。“监测病
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Nature子刊发表微生物疗法重要突破
生物通报道：微生物疗法是指用基因工程菌来对抗疾病。这一领域近年来发展得很快，人们已经在动物模型和人体内看到了成功的希望。不过，这些基因工程菌可能去到目标位点以外的地方。Caltech研究团队开发的方法解决了这个问题。他们的基因工程菌会在特定温度下激活治疗程序，人们只需要通过超声工具温和加热靶位点的组织。举例来说，医生可以给癌症患者服用这种基因工程菌，然后用超声波加热肿瘤位点，促使细菌对肿瘤展开攻击。这项研究于十一月十四日发表在Nature Chemical Biology杂志上。要制造这种温控细菌，研究人员首先得找到根据温度变化改变活性的遗传开关。他们最终确定了两个候选开关，一个来自沙门氏菌，
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Science：新技术使肿瘤受困于“蜘蛛网”
生物通报道：经过十多年的研究，比利时Switch实验室（VIB/KU Leuven）揭示了一种新的特制分子（designer molecule），可通过淀粉样蛋白形成的机制，抑制一个充分验证的癌变基因。这项工作表明，淀粉样蛋白结构，可以被用来合理地开发一种新的生物分子，对抗各种各样的疾病。本研究发表在国际权威期刊《Science》，下一步研究人员打算将这一突破性的技术——Pept-in，转化为让患者直接受益。在煮熟的鸡蛋、啤酒泡沫和蜘蛛丝中的蛋白质，都有一个类似的结构部件：淀粉样蛋白。这些结构也活跃在人类中，在诸如黑色素生产和细胞激素储存这样的过程中发挥作用。然而，淀粉样蛋白也与白内障、老年痴
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李学臣博士Nature子刊发表抗菌药物新突破
生物通报道：香港大学化学系，美国中佛罗里达大学等处的研究人员发布了他们针对一种新发现的独特抗生素：Teixobactin 的最新合成研究发现。 Teixobactin 被称为“游戏规则颠覆者”新型抗生素，它的化学合成对于新一代抗生素的发展具有重要意义。这一研究成果公布在Nature Communications杂志上，文章的通讯作者为香港大学化学系副教授李学臣，中佛罗里达大学的袁宇（Yu Yuan，音译），以及香港理工大学陈升（Sheng Chen，音译）。其中李学臣课题组涉及的研究领域包括有机合成、化学生物学、药物研发、蛋白化学合成以及糖化学等。自上个世纪20年代弗莱明发现了第一种抗生素青霉
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2017年度国家科学技术奖推荐工作开始
国家科学技术奖励工作办公室关于2017年度国家科学技术奖推荐工作的通知国科奖字〔2016〕41号各有关推荐单位（专家）：根据《国家科学技术奖励条例》及其实施细则和《关于受理香港、澳门特别行政区推荐国家科学技术奖的规定》的要求，现将2017年度国家科学技术奖推荐工作相关事项通知如下：一、推荐办法和要求2017年度国家科学技术奖励推荐工作采取单位推荐和专家推荐两种方式。（一）单位推荐1．国家最高科学技术奖原则上每个推荐单位限推荐1人，请注重推荐仍在一线工作的杰出科学技术专家。推荐前需向我办申请推荐号和密码，申请截至日期为2016年12月15日。2．国家自然科学奖、技术发明奖和科学技术进步奖各推荐单
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与Clontech高级技术专家Dr. Farmer面对面
单细胞RNA-Seq是目前生物学研究领域的热点之一。Clontech的SMARTer Ultra Low系列试剂，基于Clontech核心专利SMART（Switching Mechanism at 5’end of RNA Template）技术，可以低至10pg总RNA或单细胞起始制备高质量的新一代测序文库，推出以来深受认可。除此之外，SMART技术还可以为表观遗传学研究，如smRNA-seq，ChIP-seq，meth DNA-seq；免疫组学研究，如人T细胞受体多样性分析；靶向RNA测序等领域提供解决方案。11月14上午，Takara Bio USA Inc.高级技术专家、R&
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权威学者Nature子刊公布数据分析新方法
生物通报道：生物数据大爆炸带来了无限可能，我们能从浩瀚的数据库中寻找到帮助临床医师们做出更正确判断，进行个体化医疗的许多信息，但是从设想走到现实还有很长的路要做。11月7日的Nature Genetics杂志公布了一项最新数据分析工具成果，来自哥伦比亚大学和普林斯顿大学的研究人员利用一种新的机器学习算法扫描大量的遗传数据集，从中推断个人祖先的遗传组成，识别疾病相关的遗传突变。这种新技术就是 TeraStructure ，在针对一万人的模拟数据集中， TeraStructure 评估人群结构的精确性要比目前的运算方法更高，速度要快一倍。单独使用 TeraStructure能分析上百万的个体人群，
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中科院，上海科技大学Nature子刊发表新技术
生物通报道：国内的一组研究人员发表了题为“Nanoscale probing of electron-regulated structural transitions in silk proteins by near-field IR imaging and nano-spectroscopy”的文章，突破光学衍射极限，研发出了新技术可在纳米尺度下研究电子诱导蚕丝蛋白结构转变机理，揭示蚕丝蛋白中关键构象的转变规律，这对于深入探索蛋白质分子在电子或极端条件作用下的结构转变机制具有重要意义。这一研究成果公布在Nature Communications杂志上，文章的通讯作者分别是中国科学院传感技术国
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Science突破性研究：吸烟如何致癌
生物通报道：Science杂志发表的一项大规模癌症基因组研究揭示了与吸烟有关的突变标签。研究人员首次证实，吸烟会使直接和间接接触烟草烟雾的组织发生体细胞突变，由此提高多种癌症的风险。过去有研究显示，吸烟会提高17种癌症的患病风险。不过人们一直不清楚吸烟引起癌症的具体机制。研究人员分析了吸烟相关癌症的5243个基因组序列，通过比较吸烟者与非吸烟者来鉴定突变标签和甲基化改变。他们在17种吸烟相关癌症中发现了二十多个突变标签。其中，标签4代表DNA直接接触烟草烟雾受到的损伤。烟草致癌物特别是苯并(a)芘会诱导DNA损伤和复制错误，标签4很可能就是这一过程的直接后果。标签5存在于所有细胞中，像时钟那样
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Nature子刊：DNA碱基编辑新方法
10月，国际知名学术期刊《自然-方法（Nature Methods）》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康科学研究所常兴研究组题为“Targeted AID -mediated mutagenesis (TAM) enablesefficient genomic diversification in mammalian cells”的最新研究成果，报道了利用靶向性胞嘧啶脱氨酶在体内实现高效率和高通量的DNA碱基编辑的新方法。单核苷酸的多样性是遗传多样性的主要来源，是分子进化的动力和很多疾病的直接诱因。然而由于哺乳动物基因组的高度稳定性，在哺乳动物细胞内很难高效和高通量
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Nature突破传统观点：移植神经元的融合
——体内成像揭示了移植胚胎脑细胞如何生长，连接和成熟，补充成年小鼠受损视觉通路生物通报道：移植胚胎神经细胞可以连接到发育好了的成年小鼠视觉皮层上，并且随时间发展，促进它们对视觉线索的敏感度。这一研究成果公布在10月26日的Nature杂志上。这项研究打破了之前认为大脑无法自我修复的观点，证明了移植胚胎神经元能重建受损的成年小鼠大脑中的回路，并恢复其功能。来自法国国家健康研究所和医学研究院 (INSERM)的神经学家Afsaneh Gaillard（未参与该项研究）对此评价道，“这是第一次在单细胞水平上，我们可以观察并分析体内移植神经元的成熟与融合。”神经退行性疾病，如阿尔茨海默病或帕金森氏病，
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各大著名实验室合作 Nature子刊发布蛋白质组学重要技术飞跃
——德国美因兹大学的科学家开发出一种提高蛋白测量技术性能和标准的新方法生物通报道：现代质谱系统帮助科学家们确定了细胞或者组织样品的具体组分，但是这里存在一个问题——不同分析软件包从相同的原始数据往往会产生不同的结果。为了解决这个问题，来自德国美因兹大学的一组研究人员通过与这一领域各大著名实验室合作，比较和修改各种分析软件包，令不同的软件产生一致的结果。这对于世界各地的实验室来说无疑是一道福音，这样研究人员就能进行标准化分析比对定量蛋白质组学检测结果，而这也正是检测某些疾病，如癌症早期阶段的关键所在。这一研究成果公布在10月26日的Nature Biotechnology杂志上，领导这一研究的是
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单细胞技术让这些研究成为现实
生物通报道 如今，细胞群体的平均值数据已不再能够满足研究的需求。研究人员开始转向单细胞来探索基本的生物学。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel博士介绍了让单细胞实验成为现实的技术。2015年底，巴西卫生部门和世界卫生组织报告，新生儿中小头症的发病率急剧增加。没过多久，人们就确定了罪魁祸首：寨卡病毒（Zika）。为何这种病毒在成人中的表现是如何温和，但在新生儿中却造成灾难性的神经畸形。单细胞生物学将告诉我们答案。走进寨卡病毒加州大学旧金山分校的Arnold Kriegstein获得了奥巴马政府的BRAIN计划资助，希望能分类人脑中的不同细胞。在发育的大脑中研究
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中国科学家在寨卡病毒药物靶点研究中获新突破
中新社天津10月26日电 (记者 张道正)记者26日从天津大学获悉,由该校教授杨海涛和南京大学教授籍晓云领导的科研团队在揭示寨卡病毒关键药物靶点方面取得重要突破,揭示了该病毒蛋白酶“自抑制”之谜。相关研究成果已在线发表在自然(《Nature》)出版集团发行的学术刊物《细胞研究》上。目前,寨卡病毒疫情从南美洲和拉丁美洲蔓延至东南亚,新加坡、马来西亚和泰国等国已出现多起寨卡病毒感染病例,已经成为全球公共安全的严重威胁,然而目前尚无有效的治疗手段。近日,由天津大学杨海涛教授和南京大学籍晓云教授领导的科研团队在揭示寨卡病毒关键药物靶点方面取得了重要突破。该团队解析了寨卡病毒NS2B-NS3pro蛋白酶
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