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PacBio单分子测序技术揭示玉米转录组复杂性
玉米是一种重要的用于阐明转录网络的遗传模型，而mRNA转录本完整结构的不确定性却限制了这一系统中的研究进展。本文中，纽约冷泉港实验室的DoreenWare博士和她的同事们采用PacBio单分子实时测序技术，从6个不同的玉米组织中得到了111,151个转录本，捕捉到了玉米RefGen_v3基因组中注释的~70%的基因。其中大部分转录本（62,547个，57%）是全新的，有的是一些已知基因的组织特异性的转录异构体，有3%是来自全新基因位点的转录本。鉴定到的转录本已经改善了已有的基因模型。平均在所有的六个组织中，90%的剪接点得到了对应组织中的短读长数据的支持。另外，作者发现了很多全新的长链非编码R
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中科院自主研发低温封闭多级PCR技术
（记者黄辛）中科院院士、中科院上海生科院生化与细胞研究所研究员洪国藩成功研发出了低温封闭多级PCR（Lcn-PCR）技术，克服了普通PCR技术的自身缺陷，同时具有超高的灵敏度和准确性，并能排除环境的交叉污染，具有完全的自主知识产权。专家称，这一技术不仅大幅度提高了在宫颈癌等临床样本检测上的准确率，还可以广泛应用到农业、畜牧业、渔业、食品及海关检测检疫等领域中。聚合酶链反应（PCR）是上世纪80年代中期发展起来的一项体外核酸扩增技术，它可以将目标基因片段于数小时内扩增数百万至数亿倍，成为当今生命科学研究领域最为重要且广泛使用的技术手段之一。但这一技术的自身缺陷也制约了其在医学临床诊断上的应用，它
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Nature Medicine发布早产研究重大突破：谁能想到它能预防早产
生物通报道：早年毕业于新加坡国立大学的陈康博士对早产有自己的看法，早产影响了许多家庭，是婴儿死亡和导致长大后出现疾病的主要原因。近期陈康博士研究组提出了一种关于早产的新观点：他们发现母体中的一种免疫细胞在炎症触发的早产过程中扮演了关键的角色。这一研究成果公布在12月19日的Nature Medicine杂志上，领导这一研究的韦恩州立大学助理教授陈康博士近年来在Science, Nature Medicine, Nature Immunology等顶级刊物上发表论文多篇，并著有《利用免疫球蛋白D的功能治疗过敏新方法》、《治疗早产的新方法》等国际专利。B淋巴细胞（B lymphocytes）来源于
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PacBio SMRT测序技术分析大豆 －根瘤共生系统共生关系形成过程中的全基因组甲基化组
作者采用长读长、能够直接检测碱基修饰的PacBio SMRT测序技术分别对自由生活状态、共生状态的根瘤菌基因组分别进行重测序和全基因组甲基化谱分析。作者对根瘤菌进行了完整组装，并且一共发现5个甲基化motif，包含43,061个甲基化位点。在这些甲基化位点中，2921个基因（占该菌基因组中所有基因的35.5%）中的3276个甲基化状态发生了变化，超过10%的甲基化变化发生在占总基因组大小7.4%的共生岛（symbiosis island）区域。作者还发现了共生特异性的甲基化motif——CCTTGAG motif，在1700个可能的甲基化位点中，有1361个A在共生过程中发生特异性甲基化。 表
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二、三代测序技术混合拼接，打造高质量苹果参考基因组序列
驯养苹果（Malus X domestica Borkh）是一种非常受欢迎的具有极高营养价值和多样化风味的温带水果。在2012年，全球苹果的产量至少占了全球丰收的水果总量的十分之一，具有很高的经济效益。一个高质量的苹果基因组对于新品种的选育非常关键，来自西北农林科技大学和云南农业大学的科研团队采用illumina测序技术和以长读长著称的PacBio单分子测序技术进行de novo测序和拼接，打造了新版苹果参考基因组序列并完成了基因注释。文章中的关键信息：苹果基因组预估大小：701Mb，heterozygous apple genome技术路线及组装结果：组装结果比较：illumina only
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《科学》2016年度十大科学突破：衰老细胞清除术
每年年底，Science杂志都会评选出十大科学突破。本周（12月22日）Science杂志公布了该刊评选出的2016年度十大科学进展，今年的Science十大科学突破之首是科学家首次直接探测到引力波，而读者网上投票选出的是体外胚胎发育首次超越一周存活13天。年度科技突破：《科学》杂志刊出读者的五大选项 除此之外，今年的十大科学突破中生物类的包括：清除衰老衰老，巨猿的“读心术”，人工设计蛋白质，真正的人造卵母细胞，以及纳米测序突破性成果。 清除衰老细胞保持年轻早在秦始皇时期，一心追求长生不老的秦始皇就派出了徐福去蓬莱求仙问药，之后中国的历朝历代都不缺希望能延长寿命的达官贵人。但是衰老是生命的一个
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《科学》2016年度十大科学突破：人造卵母细胞
生物通报道：每年年底，Science杂志都会评选出十大科学突破。本周（12月22日）Science杂志公布了该刊评选出的2016年度十大科学进展，今年的Science十大科学突破之首是科学家首次直接探测到引力波，而读者网上投票选出的是体外胚胎发育首次超越一周存活13天。年度科技突破：《科学》杂志刊出读者的五大选项 除此之外，今年的十大科学突破中生物类的包括：清除衰老细胞，巨猿的“读心术”，人工设计蛋白质，真正的人造卵母细胞，以及纳米测序突破性成果。人造卵母细胞今年日本研究人员利用实验鼠的诱导多功能干细胞，首次全程在体外培育出正常卵子，并且通过人工授精获得健康后代。这令“试管婴儿”有了新的含义：
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Science 2016年度十大科学突破公布
生物通报道：每年年底，Science杂志都会评选出十大科学突破。本周（12月22日）Science杂志公布了该刊评选出的2016年度十大科学进展，今年的Science十大科学突破之首是科学家首次直接探测到引力波，而读者网上投票选出的是体外胚胎发育首次超越一周存活13天。年度科技突破：《科学》杂志刊出读者的五大选项 除此之外，今年的十大科学突破中生物类的包括：清除衰老，巨猿的“读心术”，人工设计蛋白质，真正的人造卵母细胞，以及纳米测序突破性成果。 清除衰老细胞保持年轻昂贵的整容手术不能阻止你变老，膳食补充剂，注射睾丸激素，或者其它任何暗示你说可以永远保持21岁的精华面霜也不能让我们停止变老。但是
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PacBio SMRT测序技术揭示第七次霍乱大流行致病菌的来源
霍乱是一种由霍乱弧菌引起的可怕疾病。在人类历史上，自1817年以来，全球曾发生过七次可怕的霍乱大流行。而离我们*近的第七次霍乱大流行起始于1961至今，发源地是印度尼西亚，由此逐渐散布到了全世界。到目前为止，第七次霍乱大流行已经感染的人数大概在每年300-500万人左右。2010年海地地震后，霍乱也出现了一次大的爆发，导致近70万人感染，超过8500人死亡。 图1，霍乱弧菌（来自bacteriainphotos.com）对于这样一个极具历史意义的细菌性传染性疾病，现代科学技术能够研究的致病菌只有第六次（1899-1923）和第七次（1961至今）霍乱大流行。通过血清学分析，第六次由经
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PacBio测序技术帮助萤火虫研究团队获得完整高质量线粒体基因组
SMRT Grant项目是美国PacBio公司每年一次为那些研究有趣的基因组研究人员提供资助的项目。大家可能还记得今年的冠军—中国科学家卓仁英老师带领的团队进行的具有重金属超富集能力的东南景天的测序项目。当时的亚军项目萤火虫基因组，也是非常有意思的研究，虽然没有获得SMRT Grant，但是通过Experiment.com 他们也同样成功募集了实验经费，并且目前已经取得不错的进展。该项目主要的提出者是美国MIT的Dr. Jing-Ke Weng组建的团队。这个团队由美国的数个顶尖大学的优秀研究团队构成，目的是为了测序并分析萤火虫基因组。团队由擅长萤火虫进化与行为，生物发光的生化与进化，系统发生
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年度科技突破：《科学》杂志刊出读者的五大选项
2016年科学发现、发展和趋势中，哪个最令你印象深刻？不久前，《科学》杂志收回11000张读者对这一问题的投票，刊登出读者所选的5项“年度科技突破”。《科学》杂志还将于12月22日宣布“2016年度十大科技突破”，届时读者可以将自己的答案与权威发布进行对比，来一场智慧较量。老细胞清除术让小鼠焕发新活力美国梅奥诊所研究人员简·万·德尔森团队通过小鼠实验发现，衰老细胞会促进动脉粥样硬化形成，为心脏病或中风等心血管疾病埋下隐患。携带受损DNA的衰老细胞会在体内长期“逗留”，一旦继续分裂就会引发癌变，因此保持“沉默”才是好消息。但它们有时会打破“沉默”，向周围释放酶和其他分子，影响其他正常细胞。德尔森
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盘点2016年令人印象最深刻的五大技术（一）
生物通报道：去年“把前浪拍死在沙滩上的那些新技术”引发了不少关注，今年依然有不少新技术吸引我们的眼球，The Scientist杂志总结了几个令人印象深刻的新技术。追踪翻译的脚步今年连续出现了四个独立研究组分别获得了蛋白质翻译过程的精确细节。其中三个研究组的成果主要是来自于一种称为 SunTag 的新技术。利用这种技术，研究人员通过荧光标记了包含一种特殊表位的蛋白，并且他们还将 SunTag 与其它技术结合，标记蛋白相应的mRNAs。“四个实验室都在进行这方面的研究，可见这一技术确实有其存在的道理，”来自科罗拉多州立大学的Tim Stasevich说。SunTag实质上是一套分子挂钩，能够将多
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中科院学者受邀发表综述：总结miRNAs的研究进展与实验方法
生物通报道：中科院生化细胞所课题组长鲍岚研究员课题组近年来致力于初级感觉神经元轴突中非编码RNA 的功能和调控机制研究，近期她与王斌博士受邀发表题为“Axonal miRNAs: Localization, Function and Regulatory Mechanisms During Axon Development”的综述，该论文对如何获取轴突中定位的microRNAs（miRNAs）的实验方法以及miRNA在神经元轴突发育中的功能和调控机制进行了系统性地总结和展望。这一综述发表在国际期刊Journal of Molecular Cell Biology上，神经元是一类高度特化的细胞，
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Science：化学-遗传学检测新方法解开一种关键酶的奥秘
生物通报道：德州大学西南医学中心的研究人员开发出了一种创新的化学-遗传学检测方法监测了一种十分重要的酶家族的不同成员酶活性，确定了这三种蛋白靶向和改变的蛋白。并且在乳腺癌细胞中证实改变一些基因开启和关闭的方式，有可能改变了细胞的生物学。这一研究成果公布在Science杂志上，领导这一研究的是德州大学西南医学中心W. Lee Kraus博士。上世纪80年代萨塞克斯大学的Sydney Shall教授首次确定了一种称作聚腺苷酸二磷酸核糖转移酶-1（poly(ADP-ribose)polymerase-1,PARP-1）的酶是DNA损伤的感受器。此后的研究证实PARP-1是存在于真核细胞中催化聚ADP
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Cell重大突破：研究人员用干细胞基因使衰老小鼠“返老还童”
生物通报道：干细胞可以产生其他类型的身体细胞，但它们还有一个惊人的能力——保持年轻。现在，研究人员已经利用这种能力来延长小鼠的寿命，并修复了它们的一些组织，相关研究结果发表在12月15日的《Cell》杂志。虽然这种方法在人类身上不起作用，但这可能带来某种方法，在我们变老的时候，使我们的身体保持活力。延伸阅读：一个基因可能是“青春之泉”；线虫研究揭开青春不老之泉；迈向“青春之泉“药物的第一小步。斯坦福大学医学院的基因组科学家Howard Chang没有参与这项研究，但是他说：“这是一项精彩的研究成果。这项研究强调了一个观念，即衰老不仅仅是一个被动过程，我们可以通过干预改变这个结果。”像我们的头发
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Biosensors and Bioelectronics：DPP-IV检测新方法
近日，中科院大连化学物理研究所葛广波、杨凌团队研发了一种全新的二肽基肽酶-IV（DPP-IV, 又称CD26）高特异性荧光探针，并将其用于人血及组织中DPP-IV的活性检测以及活细胞和组织层面的目标酶功能成像研究，相关工作在线发表在生物分析领域著名刊物Biosensors and Bioelectronics上（DOI: 10.1016/j.bios.2016.11.068）。性多肽（如肠促胰岛素、神经肽、胃泌素释放肽、生长激素释放激素等）的水解进而导致其部分或完全失活。DPP-IV可快速水解胰高血糖素样肽-1（GLP-1）进而影响胰高血糖素的合成与分泌，因此其在糖代谢过程中扮演重要角色，被认
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袁隆平团队正研究第三代育种方法发展杂交水稻
新华社长沙12月14日电（记者周勉）袁隆平近日透露，湖南省杂交水稻研究中心正在积极研究第三代育种方法。因为兼容前两代的优势，这意味着或将培育出更高产、优质、抗性更好的杂交水稻。第一代杂交水稻采用的是“三系法”，通过不育系、保持系和恢复系形成杂交一代。这种方法程序复杂，制种环节多、成本高，选到优良组合的几率较低，也难以解决杂交水稻高产与优质间的矛盾。第二代育种法是“两系法”，即利用不育系和恢复系杂交实现配组自由，选育优良品种的几率大大高于三系法。目前我国杂交水稻育种普遍采用第二代方法，已经选育出以亩产突破1000公斤、米质达到国家二级优质米标准的Y两优900为代表的量质齐佳的品种。“但第二代育种
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中国水产科学院沙珍霞课题组：利用转录组测序技术发现和鉴定俄罗斯鲟鱼性腺中性别相关的候选基因
俄罗斯鲟鱼（Acipenser gueldenstaedtii）是一种重要的食物，是味道鲜美的鱼子酱食材的主要来源，因此发现与鉴定其性别分化相关的基因是非常有必要的。然而，俄罗斯鲟鱼复杂的生命和成熟周期对早期准确识别其性别带来了很大的限制。在这项研究中，中国水产科学研究院及海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室沙珍霞课题组，利用转录组测序技术对不同生长阶段的俄罗斯鲟鱼的性腺进行了研究，并通过实时定量RT-PCR进行验证，鉴定了第一个与性别相关的特定基因。取1，2和5年生俄罗斯鲟鱼的性腺，通过转录组测序，共产生了6,000万个原始读数，过滤后共获得38,505个unigenes。其中参与信号转导机
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乌克兰研发出植物病毒感染诊断技术
温室条件下，恒定温度、光照和水分有助于植物病毒载体——昆虫和线虫的繁殖，增加植物栽培密度能够导致病原体加剧传递，增加植物发生疾病的风险。病毒感染可导致细菌和真菌病状进一步发展，及时诊断病毒感染可对农作物起到有效保护。乌克兰科学家最近研发出一种在田间和温室条件下植物病毒感染诊断技术。该技术通过血清学方法（免疫测定）和分子方法（使用聚合酶链反应）对植物，土壤/培养基和种子进行病毒诊断。该技术主要针对农产品诸如谷物、蔬菜、西瓜、油籽、豆类、水果、观赏植物、药用植物和种子存在病毒感染进行分析和诊断。
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赛默飞世尔诚聘技术应用科学家、大客户技术支持等多个职位
赛默飞世尔科技（纽约证交所代码：TMO）是科学服务领域的世界领导者。公司年销售额170亿美元，在50个国家拥有员工约50,000人。我们的使命是帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。我们的产品和服务帮助客户加速生命科学领域的研究、解决在分析领域所遇到的复杂问题与挑战，促进医疗诊断发展、提高实验室生产力。借助于Thermo Scientific、 Applied Biosystems、Invitrogen、 Fisher Scientific 和 Unity™ Lab Services五个首要品牌，我们将创新技术、便捷采购方案和实验室运营管理的整体解决方案相结合，为客户、股东和员工创
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