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中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标识别机制
中国科大刘海燕教授、陈泉教授课题组与复旦大学王文宁教授合作,采用蛋白质结构预测、序列设计等计算手段与蛋白质互补分析和深度突变扫描、X射线晶体学、NMR等实验结合的方法,揭示了固有无序的4.1G蛋白C端结构域识别其固有无序靶标的结构机制。相关研究成果以“Combined prediction and design reveal the target recognition mechanism of an intrinsically disordered protein interaction domain”为题,于2023年9月18日发表在《美国科学院院刊》(PNAS)上。固有无序蛋白(Intr
来源:中国科学技术大学 | 生命科学与医学部
时间:2023-09-27
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GPU加速的高性能盲对接方法
来源:ACS美国化学会 英文原题:DSDP: A Blind Docking Strategy Accelerated by GPUs 通讯作者: 高毅勤,北京大学 作者:YuPeng Huang, Hong Zhang, Siyuan Jiang, Dajiong Yue, Xiaohan Lin, Jun Zhang, Qinyi Gao* 背景介绍 分子对接是药物开发过程中发现候选分子的关键步骤,由确定位点、药物构象采样、打分、排序等步骤组成。在虚拟筛选任务中,一般通过靶蛋白和某些配体的共晶结构来确定结合位点的
来源:北京大学生物医学前沿创新中心
时间:2023-09-26
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巴西研究人员开发了一种净化被草甘膦污染的水的方法
圣保罗州立大学(UNESP)的研究人员开发了一种从水中去除草甘膦的策略,草甘膦是世界上最常用的除草剂之一。受循环经济概念的启发,这项技术是基于甘蔗渣,一种由制糖和乙醇工厂产生的废料。分离的和化学功能化的甘蔗渣纤维可用作吸附剂材料。Maria Vitória guimares Leal告诉Agência FAPESP,“草甘膦附着在其表面,通过过滤、脱液或离心去除水污染物。”她是发表在《纯粹与应用化学》杂志上的一篇关于这项研究的文章的第一作者。吸附是分散在液体或气体介质中的分子附着在固体不溶性表面(通常是多孔的)的过程。草甘膦由于其成本低和提高作物产量的潜力大,被广泛用于控制杂草、入侵物种和农业
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中国学者Cell发布植物信号转导领域的重大突破
重力作为地球上时时刻刻、无处不在的物理环境因子,对植物的生长发育发挥着极其重要的调控作用。植物的根向下生长(正向重力性),有利于植物的固着及对土壤中水分与营养物质的吸收;而植物的茎向上生长(负向重力性),有利于其获得更好的光照条件以及生长空间等。植物的向重力性可分为重力感受、信号传递以及不对称生长三个过程。重力感受可进一步划分为两个阶段,首先是对重力这一矢量物理信息的感知,其次是将接收到的物理信号转变为生理生化信号。 1880年,Charles Darwin在《The Power of Movement in Plants》一书中阐明了种子植物根部感受重力方向的区域是根尖,而后三位
来源:生命科学联合中心
时间:2023-09-25
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新方法揭示了日常用品中人造化学物质与青春期推迟之间的联系
在海牙举行的第61届欧洲儿科内分泌学会年会上发表的一项研究表明,儿童在日常用品(如防水衣服、雨伞和食品包装)中接触到较高水平的合成化学物质,更有可能在青春期发育较晚。这些发现可能有助于在国家和国际层面上更好地规范这些化学品的工业生产和使用。全氟烷基和多氟烷基物质(PFAS),也被称为“永久化学品”,使表面抵抗污渍、水和油脂,是在环境和我们体内非常持久的人造化学品。这些化学物质被认为是内分泌干扰物,这意味着它们会干扰身体的激素,可能对青春期和儿童发育产生有害影响。PFAS先前与生育能力下降、甲状腺疾病和肥胖有关。在这项研究中,作为卑尔根生长研究2的一部分,挪威的英格尔维尔德·哈尔斯·福森博士及其
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中国学者Science发文:通过创建全基因组分析新方法发现93万年前人类经历的严重群体瓶颈
图 现代人走出非洲以及远古时期经历的严重群体瓶颈 在国家自然科学基金项目(批准号:32270674、91131010)等资助下,中国科学院上海营养与健康研究所李海鹏研究组与华东师范大学潘逸萱研究组合作创建计算生物学新理论方法并在人类进化领域取得研究进展。研究成果以“新的全基因组分析方法发现人类在早、中更新世过渡期经历严重的群体瓶颈(Genomic inference of a severe human bottleneck during the Early to Mi
来源:国家自然科学基金委员会
时间:2023-09-22
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新的回收方法对抗塑料垃圾
废物流中几乎80%的塑料最终被填埋或堆积在环境中。橡树岭国家实验室的科学家们已经开发出一种技术,可以将传统上不可回收的塑料废物混合物转化为有用的化学物质,为对抗全球塑料废物提供了一种新的策略。这项技术是由ORNL的Tomonori Saito和前博士后研究员Md Arifuzzaman发明的,它使用了一种非常高效的有机催化剂,可以选择性地分解各种塑料,包括各种消费塑料的混合物。现在就职于Re-Du的Arifuzzaman是创新十字路口的现任研究员。与传统的以石油为基础的生产相比,从塑料废物中生产化学品需要更少的能源,释放更少的温室气体。科学家们说,这种途径为实现净零社会迈出了关键的一步。该研究
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人口研究所郭超研究团队发表5G技术发展的老龄健康效益评估创新性成果,以实证研究助力智慧老龄社会与健康中国建设
封面截图2023年8月20日,Global Transitions上发表了北京大学人口研究所郭超研究员课题组题为“The effect of 5G policy development on self-rated health among Chinese older adults: A quasi-experimental study”的研究成果,以实证研究助力智慧老龄社会与健康中国建设。该期刊是一本关注于人类和地球健康发展的交叉科学的新创重点期刊,其最新发布的2022年CiteScore为17.8,在Scopus数据库中的发展(Development)领域298种期刊中排名第
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Science Advances:一种检测致命传染病早期发病的方法
罗格斯大学的研究人员已经开发出一种检测致命传染病早期发病的方法,这种方法非常灵敏,有朝一日可能会彻底改变流行病的医学方法。《科学进展》杂志描述了这项测试,它是一个包含在计算机芯片中的电子传感器。它采用纳米球——由更微小的遗传物质颗粒组成的微小球形团块,每个纳米球的直径比人类头发的宽度小1000倍——并将该技术与先进的电子技术相结合。罗格斯大学工程学院电气与计算机工程系教授、该研究的作者之一Mehdi Javanmard说:“在COVID大流行期间,一种不存在但可能阻止病毒传播的东西是一种低成本的诊断方法,它可以标记出被称为‘安静感染者’的人,即那些不知道自己被感染的患者,因为他们没有表现出症状
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上海交大朱麟勇团队与合作者在Nature Methods上报道活细胞RNA荧光成像技术的突破性进展
RNA作为遗传物质的传递者,参与细胞生命的整个过程,与多种重大疾病的发生和发展密切相关。RNA示踪是RNA研究的前提,在RNA研究领域,开发能够在活细胞层面使用的RNA成像技术一直是所有研究人员共同追求的目标。其中,荧光成像技术由于其非物理接触、实时原位的技术优势,成为当前RNA研究最重要的手段。尽管针对蛋白的荧光成像技术已经相当成熟,并于2008年获得诺贝尔化学奖,但是这些技术却无法直接复刻用于RNA成像。究其原因,RNA本身结构较小,不稳定,而且表达丰度低,对成像所需时间、信噪比以及探针大小都提出了极为苛刻的要求。因此,目前能够在活细胞层面对RNA
来源:上海交大 新闻学术网
时间:2023-09-21
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《自然•生物技术》刊发复旦大学、中国计量院和国家卫生健康委临床检验中心联合研制的全球首套多组学标准物质“中华家系1号”最新成果
生物医学研究已经步入大数据和大科学时代。一方面,多组学数据分析已成为生命科学前沿领域最重要的研究工具之一,多维度数据挖掘与整合分析,可以帮助科学家实现从基因组到表型组、贯穿微观和宏观尺度的系统分析,极大提高了人类解读复杂生命系统的能力,对更加深刻、精准地破解肿瘤、遗传病等各类疾病的发病原因与微观机制,寻找更有效的干预手段奠定了重要基础。另一方面,要破解人类健康、生命起源等重大科学问题,需要进行全球合作,开展分布式的国际大科学计划。然而,没有高质量的数据生成、高可靠的数据分析与整合以及全球科学界一致认可的统一标准,多组学数据分析研究就失去了稳固的“地基”,全球范围的生命科学国际大科学计划也将无从
来源:复旦大学生命科学学院
时间:2023-09-21
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检测长冠状病毒的新方法:眼睛中的血管会随着持续的冠状病毒症状而改变
标准化的眼科检查可能会在未来揭示人们是否长期患有冠状病毒/后冠状病毒。慕尼黑工业大学(TUM)的一个研究小组能够证明这种疾病与眼部血管的某些变化之间存在明确的联系。10%至35%的感染者在感染新冠病毒后很长时间内仍会出现呼吸系统问题或疲劳等症状。到目前为止,还没有已知的可用于可靠诊断新冠肺炎的身体特征或所谓的生物标志物。新冠病毒的特征之一是血管的变化。这会影响内皮,特别是血管内壁。由于这些变化,身体的器官不能得到足够的血液供应。对小血管的研究很少迄今为止,研究的血管主要是大血管。“然而,人体内90%的内皮细胞都在细小的血管中。在长时间的感染中,这些血管发生了什么几乎不为人所知,”该研究的负责人
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关键带科学的新方法有助于保护地球生命保障系统
专家警示未来应对气候变化对粮食安全影响的计划必须要结合本地知识,以维护地球关键带。 关键带是地球表面从饮用水含水层的根部一直延伸到植物和树木顶端的薄层。它通过调节水、温室气体、养分和能量的流动,支持并维持着动物、微生物和植物的生命。 食物、饮用水和洁净空气的获取取决于关键带的良好运作,但是几十年的人类活动已使世界各地的关键带状况恶化。 在今天发表于美国地球物理联盟《Earth’s Future》期刊上的一篇新论文中,来自英国和中国的学者们讲述了他们与在人类活动显著改造过的土地上劳作的农民合作的经验表明如何可以更好地管理和保护关键带。 他们的观点被总结在一张新的图表里,旨在比以往任何时候都更直
来源:中国科学院南京土壤研究所
时间:2023-09-19
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Cell新突破:CRISPR+免疫细胞=让细胞寿命更长,更有效地对抗癌症
近年来,科学家们利用基因修饰技术将免疫细胞重新编程为可以攻击癌症的疗法。但这种免疫疗法并不是对所有病人或所有癌症类型都有效,而且筛选每一种可能改善这些重编程免疫细胞的基因变化组合是一项艰巨而缓慢的任务。。现在,格莱斯顿研究所和加州大学旧金山分校的科学家们已经开发出一种技术,可以让他们快速地将数千种不同的基因编辑组合“拼凑”在一起,在免疫细胞中进行测试。这种筛选技术被称为 "模块化集合基因敲除筛选"(Modular Pooled Knockin Screening,ModPoKI,生物通注),研究人员利用ModPoKI确定一种新的基因组合,当添加到免疫细胞中时,使细
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黑磷纳米技术杀死99%以上的细菌
研究人员开发了一种基于黑磷(black phosphorus)的纳米技术,可以杀死99%以上的耐药细菌。这种创新材料与产生氧气的杀菌活性氧接触后会降解,可以集成到伤口敷料、植入物和医疗器械中,以治疗和预防细菌感染。抗生素耐药性是一个主要的全球健康威胁,每年造成约70万人死亡,如果不开发新的抗菌疗法,到2050年这一数字可能上升到每年1 000万人死亡。这项由RMIT大学和南澳大利亚大学(UniSA)领导的新研究测试了基于黑磷的纳米技术作为一种高级感染治疗和伤口愈合疗法。发表在《Advanced Therapeutics》杂志上的研究结果显示,它有效地治疗了感染,杀死了99%以上的细菌,而不会损
来源:Advanced Therapeutics
时间:2023-09-15
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检测脑毛细血管血液循环问题的新方法
对于血流和氧气供应的变化,大脑可能是最敏感的器官。即使是短暂的毛细血管流动中断(或“失速”)也可能表明急性神经系统问题;有证据表明,阿尔茨海默病和帕金森病等慢性疾病与失速事件密切相关。因此,研究失速的影响可能会导致这种疾病的治疗方法的发展。然而,尽管在过去的几十年里,医学成像取得了巨大的进步,但识别毛细血管中的失速仍然是一个艰巨的挑战。光学相干断层扫描(OCT)是目前监测小体积内毛细血管的最佳方法。但是这种方法存在时间分辨率差的问题,这意味着它只能捕获长时间的延迟事件。此外,分析通过OCT收集的数据以确定失速事件需要大量的手工工作。在最近发表在SPIE期刊《神经光子学》上的一项研究中,由美国波
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科学家发明了一种巧妙的方法,将塑料升级为可以储存氢能源的液体
新加坡南洋理工大学(NTU Singapore)的科学家们发明了一种方法,利用发光二极管(led)和一种市售催化剂,在室温下将大多数塑料升级为可用于储能的化学成分。新工艺非常节能,未来可以很容易地由可再生能源提供动力,不像其他热驱动的回收工艺,如热解。这一创新克服了目前回收聚丙烯(PP)、聚乙烯(PE)和聚苯乙烯(PS)等塑料的挑战,这些塑料通常被焚烧或丢弃在垃圾填埋场。在全球范围内,只有9%的塑料被回收利用,塑料污染正以惊人的速度增长[1]。回收这些塑料的最大挑战是它们的惰性碳碳键,这种键非常稳定,因此需要大量的能量才能打破。这种结合也是这些塑料耐许多化学物质并具有相对高熔点的原因。目前,回
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研究人员开发了绘制听觉通路的新方法
研究人员已经开发出一种非侵入性的方法来绘制人类听觉通路,这可能被用作帮助临床医生为重度听力损失患者决定最佳手术策略的工具。发表在《eLife》杂志上的研究结果强调了早期干预的重要性,让患者能够听到和理解语言,这样他们的听觉语言网络才能正常发展,他们的长期结果也会得到改善。当耳蜗内敏感的毛细胞受损或将声音传递给大脑的听神经受损时,就会发生感音神经性听力损失。重度听力损失的人通常听不到任何声音,或者最多只能听到非常响亮的声音。先天性SNHL,即出生时就存在的听力损失,在过去二十年中发病率有所上升,从每1000例活产1.09例增加到1.7例*。语音通过大脑中被称为听觉通路的区域的神经纤维传递,并在被
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我院青年研究员王冠琳与深圳先进技术研究院李汉杰团队等多单位合作构建人类免疫发育图谱
2023年9月12日,复旦大学代谢与整合生物学研究院青年研究员王冠琳作为共同通讯作者与中国科学院深圳先进技术研究院李汉杰课题组、深圳市宝安区妇幼保健院朱元方教授、深圳大学吴雪清教授、上海交通大学Florent Ginhoux教授等课题组在Cell期刊上发表了题为“An immune cell atlas reveals the dynamics of human macrophage specification during prenatal development”的文章,研究团队结合单细胞转录组测序、先进的生物信息学手段、多重免疫荧光染色、体外功能实验等技术构建了横跨18个发育阶段、19种
来源:复旦大学 代谢与整合生物学研究院
时间:2023-09-14
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生物医学前沿创新中心汤富酬课题组开发出基于单分子测序平台的scNanoHi-C技术,可精准检测单细胞高阶染色...
真核生物基因的表达受到基因组中顺式作用元件的复杂调控。哺乳动物基因组中存在大量的顺式作用元件,例如:启动子、增强子、沉默子、绝缘子等等,其数量远远超过蛋白编码基因。目前人类基因组中已知的顺式调控元件就有一百多万个,而蛋白编码基因只有大约两万个。遗传学研究也表明基因调控不仅仅是单个基因之间一对一的简单调控事件,而是以调控网络的形式发挥作用,不同的调控元件以及靶基因之间存在着复杂的相互作用。例如,一个基因的启动子可以整合来自多个增强子或者沉默子的调控作用,一个增强子元件也能够同时影响多个基因的表达1-3。随着三维基因组技术的发展,人们对基因表达调控相关的染色质构象已经有了一定的理解