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Nature Methods：De Novo基因组序列组装的新方法
生物通报道 对于de novo人类基因组序列组装而言，短读长简直意味着不可能的任务。不过，加州大学旧金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人员近日开发出一种新的组装方法，它将short-read测序与10X的linked-read测序相结合。这项成果于近日发表在《Nature Methods》上。如今，测序人类基因组已并非难事，但如果要获得高质量的基因组序列组装，人们必须克服三大挑战：1) 几乎100%相同的重复序列，它们存在于大多数高等真核基因组中；2) 二倍体的DNA；3) 缺乏能够产生准确的长读取的低成本测序平台。去年，西奈山伊坎医学院的Matthew
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科学家开发新的细胞分选方法
生物通报道：在医学和基础研究中，微流控设备在迅速分析细胞方面，显示出巨大的潜力。研究人员已经设计了可根据细胞的大小、可变形性和电气性能等特点来区分它们的系统。相关阅读：国内首套完整的基于微流控技术的单细胞分离和鉴定系统在清华大学投入使用。最近，麻省理工学院（MIT）的一组研究人员开发出一种新方法，根据声学属性来分选细胞，——也就是说，它们是如何受声波影响的，这取决于细胞的密度和可压缩性。相关研究结果发表在5月16日的《Nature Communications》杂志。论文的第一作者是麻省理工学院前博士后、现任瑞典隆德大学教授的Per Augustsson。这些声学特性依赖于细胞的内含物和结构，
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解码2015全国十大考古发现：创新技术和理念
新华社记者姜潇、袁慧晶“２０１５年度全国十大考古新发现”１６日在京公布。在入选项目中，既有新晋“网红”海昏侯、致远舰，也有云南江川甘棠箐旧石器遗址等相对“沉默”的“老牌”遗址……但每一个获评项目都代表着中国考古事业在某个领域取得的阶段性突破和进步。资深考古学家表示，十大评选让公众更加关注考古，成就了不少“金色名片”；但评选本身不能仅仅成为热闹一阵子的颁奖礼，如何挖掘和保护每个参评项目背后所蕴含的文化内涵与时代价值更值得深思，需要社会各界更多细水长流地关注和耕耘。“年轻网红”“老牌”遗址成关键词１６日下午，中国考古学会、中国文物报社联合公布了“２０１５年度全国十大考古新发现”，榜单包括：云南江川
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美国国家微生物组计划启动：真正的新技术在哪里？
——美国白宫宣布启动“国家微生物组计划”，研究地球上的多种微生物菌群生物通报道：2007年底美国NIH投入1.15亿美元启动了“人类微生物组计划”；2012-2014年间，联邦政府对微生物组学的研究资助大增，2014财年的联邦投资是2012财年的3倍，在3年间的总投资超过9.22亿美元；时间又来到了2016年5月13日，美国白宫宣布启动“国家微生物组计划”，计划在财政年度2016-2017间准备投入1.21亿，其中包括来自美国NIH的2000万资助，美国国家科学基金会 (NSF)1600万资助，NASA的1250万资助，美国能源部的1000万资助，以及美国农业部的2390万美元的资助。这一项目
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Nature医学：根除侵袭性乳腺癌的新方法
生物通报道：常规化疗一般无法根治侵袭性乳腺癌，因为这些肿瘤可能发生早期远端转移。三阴乳腺癌（TNBC）是一种特别具有侵袭性的肿瘤亚型，没有针对性的治疗。最近有研究发现，癌基因MYC在TNBC中是升高的，从而为开发新的靶向治疗策略、选择性杀死MYC过度表达TNBC细胞，提高了充满前景的机会。在国防部乳腺癌Era of Hope学者奖的资助支持下，加州大学旧金山分校的Andrei Goga博士采取了一种多层面的方法，在MYC驱动的TNBCs中确定新的治疗靶标。在第一部分的研究中，Goga博士的研究小组使用了荧光激活细胞分选(FACS)试验，将散播性的肿瘤细胞(DTCs)从患者来源的乳腺癌异种移植模
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转基因安全监管：评价、技术、标识三管齐下
“我国对转基因成分检测的精度可达到0.1％，也就是说如果1000颗玉米中混杂了一颗转基因玉米都能被检验出来。”近日，在与科技日报记者谈到转基因安全时，中国农业大学食品学院副院长黄昆仑打了这个比方。转基因安全一直牵动着国人敏感的神经。通过将人工分离和修饰过的基因导入生物体基因组中，转基因技术带来更优的生物体遗传性状，也带来对其安全性的连绵争议。“目前，我国转基因重大专项中有25％的经费用于研究生物安全，这个比例在所有的重大研发计划中是最高的。”在中国工程院院士万建民看来，我国已经建立了转基因国家安全监管体系、安全服务体系和平台，培养了一批掌握技术的人才队伍，有能力确保转基因产品产业化的安全。我国
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华人学者Nature发表基因表达研究重大突破
生物通报道 来自乔治亚州立大学、加州大学伯克利分校和美国西北大学的研究人员，提供了基因表达关键早期事件前所未有的分子视图。这项研究发布在《自然》（Nature）杂志上。劳伦斯伯克利国家实验室、加州大学伯克利分校的科学家Eva Nogales，与任职于劳伦斯伯克利国家实验室及美国西北大学的何源（Yuan He，音译）博士是这篇论文的共同通讯作者。今年3月，利用低温电子显微镜(cryo-EM)， Eva Nogales和她的研究小组取得了一个重大的突破，增进了我们对细胞机器找到正确的DNA进行复制这一机制的认识，以前所未有的细节揭示了一种超强转录因子TFIID的作用。这项研究发表在Na
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质谱流式细胞技术之新手入门手册（一）
生物通报道：研究人员将流式细胞技术与质谱分析技术结合在一起，发展出了质谱流式细胞技术（mass cytometry），这种融合技术能在单细胞水平上同时分析超过40种细胞参数，极大的增加了流式细胞分析评估复杂细胞系统和过程的能力。5月5日Cell杂志发表“Mass Cytometry: Single Cells, Many Features”综述，介绍了质谱流式细胞技术目前的现状，相关的仪器，主要涉及的应用范围，以及数据分析方法，和未来的发展前景。基本原理：质谱流式细胞技术的核心当然就是两种实验平台的融合了：流式细胞技术与质谱技术。目前质谱流式细胞技术采用的仪器是CyTOF（Cytometry
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光遗传学新突破：控制人类心脏细胞
生物通报道：最近，来自美国乔治华盛顿大学（GWU）的一组研究人员，开发了一种更快的方法，使用光遗传学来预测潜在新药是否将会引起心律失常。光遗传学是一种使用光来控制细胞的技术，用于神经学已有十年的时间，目前最普遍的也是将这项技术应用于神经科学的研究，用光照来调整神经元上通道的开关、激活特定细胞群等等。例如，前不久，德国马克斯普朗克生物控制论研究所的科学家，与Ernst Strüngmann研究所和英国纽卡斯尔大学的研究人员一起，使用光遗传学方法，首次从功能上证明了猴子视觉系统中一个迄今知之甚少的神经连接（光遗传学揭示大脑回路新见解）。在这个月，霍华德•休斯医学研究所的科学家们利用光遗
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Science发布突破性蛋白质技术
生物通报道 蛋白质是自然界的机器。它们供给氧气为我们的肌肉提供动力，催化一些帮助我们从食物中提取能量的反应，抵御细菌和病毒的感染。数十年来，科学家们一直在寻找方法设计可以满足某些医学、研究和工业特定用途的新蛋白质。现在，北卡罗来纳大学医学院的研究人员开发出了一种方法，通过将已存在蛋白质的片段拼接在一起来生成新蛋白质。这一叫做SEWING的技术，其灵感来自于同样将已知蛋白组成部分组合到一起生成新结构和功能的自然进化机制。这种方法可以生成具有许多独特特征的一组不同的蛋白质结构，蛋白质结构是蛋白执行特定生物功能的必要条件。发表在《科学》（Science）杂志上的研究结果，可使得研究人员能
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科学家发现一种逆转肿瘤再生细胞耐药性的新技术
中国医学科学院&北京协和医学院基础医学研究所黄波团队日前发现，包裹化疗药物的肿瘤细胞来源的微颗粒（一种100-1000纳米的囊泡）能够有效的逆转肿瘤再生细胞的耐药性，为目前克服临床肿瘤耐药性提供了潜在手段，并为肿瘤生物治疗开辟了新途径，相关研究结果以题为“Reversing drug resistance of soft tumor-repopulating cells by tumor cell-derived chemotherapeutic microparticles”于5月10日在Cell Research杂志在线刊出，该院校两名博士后马婧薇和张一为本文的第一和并列第一作者。
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PNAS：乳腺癌研究获突破性进展
生物通报道：乳腺癌是女性中最常见、也最严重的恶性肿瘤之一。这种恶性肿瘤通常发生在乳腺上皮组织，会严重影响女性的身心健康乃至危及生命。三阴乳腺癌是乳腺癌中最凶险也最难治疗的一种，大约占乳腺癌的16%。美国国家科学院院刊PNAS杂志五月九日发表了一项突破性的研究成果。Scripps研究所（TSRI）的科学家们成功开发了一种靶标致癌RNA的药物，首次成功在动物模型中抑制了三阴乳腺癌的生长。“这种药物只杀死表达致癌RNA的癌细胞，对健康细胞没有影响。这项研究是精准医疗的又一个突破，”TSRI教授Matthew Disney说。用特异性药物作用于致病分子是精准医疗的一个主要目标。不过，开发这样的药物需要
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质谱流式细胞技术推荐论文
生物通报道：研究人员将流式细胞技术与质谱分析技术结合在一起，发展出了质谱流式细胞技术（mass cytometry），这种融合技术能在单细胞水平上同时分析超过40种细胞参数，极大的增加了流式细胞分析评估复杂细胞系统和过程的能力。5月5日Cell杂志发表“Mass Cytometry: Single Cells, Many Features”综述，介绍了质谱流式细胞技术目前的现状，相关的仪器，主要涉及的应用范围，以及数据分析方法，和未来的发展前景。推荐论文：Single-cell mass cytometry of differential immune and drug responses a
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伯豪生物、伯豪医学入选国家发改委首批技术应用示范中心
2016年4月28日，上海市发展和改革委员会转发了国家发展和改革委员会《关于第一批基因检测技术应用示范中心建设方案的复函》（发改办高技〔2016〕534号），正式批复建设国家基因检测技术应用示范中心。上海伯豪生物技术有限公司（以下简称“伯豪生物”）、上海伯豪医学检验所有限公司（以下简称“伯豪医学”）、上海慧算生物技术有限公司负责建设出资运行的“高发肿瘤及遗传性疾病基因检测示范中心”成为上海市首批国家基因检测技术应用示范中心。“高发肿瘤及遗传性疾病基因检测示范中心”由伯豪生物为牵头单位，伯豪医学和慧算生物共同出资建设，参与合作单位还包括复旦大学附属肿瘤医院、上海交通大学附属上海市儿童医院、上海交
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同济大学发布单细胞测序新技术
生物通报道：单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在五月五日的Genome Biology杂志上发布了自己开发的新测序方法——scMT-seq。这种方法能够同时分析单个细胞的转录组和甲基化组。研究人员用这种方法对感觉神经元进行研究，揭示了细胞间的转录组和甲基化组异质性。不过，这些差异大多不是启动子甲基化造成的。举例来说，启动子带CpG岛的基因，表达水平与基因体甲基化正相关。
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著名学者庄小威Cell发布重大突破
生物通报道 来自哈佛大学的研究人员报告称，她们在活细胞中实时成像了单个mRNA分子翻译。这一重大的突破性成果发布在5月5日的《细胞》（Cell）杂志上。论文的通讯作者是著名的华人女科学家庄小威（Xiaowei Zhuang）。庄小威早年毕业于中国科技大学少年班，34岁时成为了哈佛大学的化学和物理双学科正教授，是哈佛物理系和化学系少有的双科教授。2012年庄教授当选为美国国家科学院院士，刷新了美国科学院最年轻华人院士的纪录。她所研发的超高分辨率技术STORM与诺奖得主Eric Betzig的成果不相伯仲，却和2014年的诺贝尔化学擦肩而过。每年，庄小威都会领导课题组在Science、
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国家卫计委：免疫细胞技术不得用于临床治疗
新京报快讯(记者温薷 李丹丹)按照国家卫生计生委最新表态，对于备受关注的自体免疫细胞治疗技术，按照“临床研究”的相关规定执行。新京报记者从多渠道获悉，这意味着，免疫细胞治疗技术不得用于临床治疗，此前国家卫计委也未批准过这一技术的临床治疗。免疫细胞技术“涉及重大伦理问题”“魏则西事件”令免疫细胞治疗技术的应用成为焦点。5月4日，国家卫生计生委召开了关于规范医疗机构科室管理和医疗技术管理工作的电视电话会议。会议称，未在“限制临床应用的医疗技术(2015版)”名单内的《首批允许临床应用的第三类医疗技术目录》其他在列技术(主要指自体免疫细胞治疗技术等)，按照临床研究的相关规定执行。新京报记者从多渠道获
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Science子刊：新方法筛查致命代谢病
生物通报道 C型尼曼匹克病（Niemann-Pick disease type C，NPC）是一种致命的代谢病，因参与胆固醇代谢的酶缺乏而引起。近日，由华盛顿大学医学院领导的研究团队开发出一种基于质谱的方法，可筛查新生儿中的这种疾病。此成果近日发表在《Science Translational Medicine》上。Daniel Ory领导的团队发现，与正常对照相比，NPC患者的胆汁酸水平增高，于是设计出一种质谱方法，来检测干血斑中的胆汁酸。研究发现，这种检测能高度敏感且特异地区分NPC患者与对照。C型尼曼匹克病是一种常染色体隐性遗传病，表现为过量的胆固醇堆积在肝脏和脾脏，而过量的脂质堆积在脑
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Nature突破人类胚胎研究的极限
生物通报道：剑桥大学的科学家们五月四日在Nature和Nature Cell Biology杂志上同时发表两篇文章，展示了他们研究人类胚胎取得的突破性成果。这两项研究不仅揭示了人类胚胎发育的关键时期，还开辟了一条提高IVF成功率的新途径。我们人类的卵子在受精之后会分裂几次，生成一个小小的干细胞球。大约在受精第三天，这些干细胞开始聚集在胚胎一侧，形成囊胚。科学家们已经通过体外培养广泛研究了人类胚胎的着床前阶段，也就是囊胚还未在子宫着床的时期。然而人类胚胎必须在受精第七天植入子宫，只有这样胚胎才能够存活并进一步发育。胚胎不能在子宫着床是早期妊娠失败的主要原因，但人们对这一阶段发生的细胞和分子改变还
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河北科技大学Nature子刊：替代Cas9的基因组编辑新技术
生物通报道 来自河北科技大学、浙江大学医学院的研究人员报告称，他们证实可以利用格氏嗜盐碱杆菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute来实现DNA引导的基因组编辑。这一重要的研究成果发布在5月2日的《自然生物技术》（Nature Biotechnology）杂志上。领导这一研究的是河北科技大学生物科学与工程学院生命科学系的韩春雨（Chunyu Han）副教授。其主要研究方向为真核基因表达调控，特别是和肿瘤相关的基因。此外，还有表观遗传相关蛋白，RNA的功能研究，例如，长非编码RNA的功能及其他。RNA引导的核酸内切酶Cas9是最常用的基因组编辑工具，
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