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基于贝叶斯混合模型的MeRIP-seq数据免疫沉淀效率统计建模实现表观转录组精准检测与定量
在生命科学领域,RNA修饰尤其是N6-甲基腺苷(m6A)作为真核生物mRNA中最丰富的内部修饰,被发现参与调控RNA剪接、稳定性、翻译等关键生物学过程。随着高通量测序技术的发展,基于抗体的MeRIP-seq(甲基化RNA免疫沉淀测序)成为m6A研究的主流技术。然而这项技术存在一个长期被忽视的瓶颈问题——抗体在免疫沉淀过程中会非特异性捕获未修饰RNA片段,导致检测结果存在系统性偏差。这种偏差不仅影响修饰位点的准确鉴定,更可能掩盖低丰度修饰信号,造成假阴性结果。目前领域内缺乏专门评估免疫沉淀效率的计算工具,严重制约了表观转录组研究的可靠性。针对这一技术难题,南京中医药大学药学院的Haozhe Wa
来源:Computational Biology and Chemistry
时间:2025-08-27
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贻贝仿生粘附大分子修饰氧化锌纳米颗粒复合聚乙二醇水凝胶促进感染伤口愈合
Highlight受贻贝足蛋白富含儿茶酚的粘附结构域启发,本研究开发了具有ECM仿生特性的聚乙二醇(PEG)水凝胶,通过聚多巴胺(PDA)功能化氧化锌纳米颗粒(ZnONPs)实现感染伤口治疗。Synthesis and Characterization of PDA@ZnONPs-PEG Composite Hydrogels氧化锌纳米颗粒(ZnONPs)经纳米颗粒追踪分析(NTA)显示粒径分布在30-100nm(图1A)。多巴胺通过自聚合在ZnONPs表面形成PDA涂层,这种修饰不仅增强了纳米颗粒与4-arm-PEG-NHS水凝胶网络的共价结合(通过酰胺化反应),还赋予材料优异的湿态粘附性能
来源:Colloids and Surfaces B: Biointerfaces
时间:2025-08-27
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氧化还原响应型自靶向无载体纳米治疗剂通过ROS风暴增强肿瘤氧化应激的协同治疗策略
亮点本研究开发的氧化还原响应型自靶向无载体纳米治疗剂CTM,通过巧妙整合化疗药物甲氨蝶呤(MTX)的靶向能力与光动力疗法(PDT)的氧化损伤效应,为肿瘤协同治疗提供了新范式。结论本研究表明,CTM纳米治疗剂通过以下机制实现高效抗肿瘤效果:1)MTX的叶酸受体靶向性(FR-specific targeting)显著提升肿瘤组织蓄积;2)肿瘤微环境酸性(pH-responsive)和高浓度谷胱甘肽(GSH-triggered)触发二硫键断裂,实现药物精准释放;3)光敏剂Ce6在激光激活下产生活性氧(ROS),联合TOS诱导的氧化风暴(ROS storm)协同放大氧化应激;4)无载体设计(carri
来源:Colloids and Surfaces B: Biointerfaces
时间:2025-08-27
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刺激响应型空心Cu2O@C/N复合膏体在正畸治疗中防治白垩斑的协同抗菌-再矿化机制研究
Highlight本研究创新性地开发了具有抗菌和再矿化双重功能的Cu/GS复合膏体,用于解决正畸治疗中高发的釉质白垩斑(WSLs)问题。通过一步水热法合成的空心双壳结构Cu2O@N/C纳米酶(H-Cu2O@N/C),其氮掺杂碳壳显著增强了材料稳定性,同时降低氧化亚铜纳米晶体的系统毒性。Synthesis of Hollow Cu2O@C/N (H-Cu2O@C/N)H-Cu2O@C/N的合成基于改良的水热法:将90 mg Cu(NO3)2·3H2O溶于40 mL二甲基甲酰胺(DMF),超声处理20分钟后磁力搅拌60分钟,随后在160°C反应18小时、200°C反应38小时。离心收集的产物经乙醇
来源:Colloids and Surfaces B: Biointerfaces
时间:2025-08-27
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聚噁唑啉修饰金纳米笼:近红外触发双重抗菌与成骨增强策略
Highlight亮点本研究开发的聚噁唑啉包覆金纳米笼(AuNCs@PEtOx)展现出惊艳的双重功能:在808 nm近红外光照射下,不仅能像微型"光热导弹"般精准消灭耐药菌(包括MRSA),还能化身"骨骼建筑师"促进成骨细胞分化。这种智能材料通过表面等离子共振效应产生42°C温和热量,既瓦解细菌生物膜,又激活关键成骨信号通路。Characterization of AuNCs and AuNCs@PEtOx材料表征透射电镜(TEM)显示银纳米立方体(AgNCs)成功转化为多孔金纳米笼(图1a),紫外光谱450 nm特征峰证实结构完整性。经PEtOx修饰后,动态光散射(DLS)显示粒径从65.3
来源:Colloids and Surfaces B: Biointerfaces
时间:2025-08-27
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基于聚阳离子杯芳烃胶束纳米载体的新型碘载体平台实现细菌触发式按需碘释放
在抗击病原体的战场上,碘(I2)堪称"全能战士"——它能有效杀灭细菌、病毒、真菌和原虫,且不易诱发耐药性。然而这位战士却有个致命弱点:挥发性强、毒性高,就像一把双刃剑,在消灭敌人的同时也会误伤友军。传统碘载体如聚维酮碘(PVP-I)虽然能暂时"驯服"碘分子,但仍面临稳定性差、需高浓度使用等问题,特别是在塑料容器中储存时,就像把猛兽关在纸笼里一样危险。意大利国家研究委员会生物分子化学研究所的团队决定给碘分子打造一个更安全的"纳米囚笼"。他们设计了一种独特的聚阳离子杯芳烃衍生物(CholCalix),这种分子就像微型章鱼:上部是带正电荷的季铵基团"触手",下部是疏水的杯芳烃"身体"。在水中,这些"
来源:Colloids and Surfaces B: Biointerfaces
时间:2025-08-27
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ABLIM1通过DCC介导的PI3K/AKT信号通路激活促进骨肉瘤增殖、迁移与侵袭的机制研究
HighlightABLIM1在骨肉瘤中高表达并与不良临床预后相关为解析ABLIM1的肿瘤特异性表达谱,我们通过生物信息学工具进行了泛癌分析(图1A)。研究发现ABLIM1在胆管癌(CHOL)和肝细胞癌(LIHC)中显著上调,而在膀胱癌(BLCA)、乳腺癌(BRCA)等11种肿瘤中下调。鉴于ABLIM1在骨肉瘤中的作用尚未明确...Discussion骨肉瘤是青少年最常见的原发性恶性骨肿瘤,具有高度侵袭性特征。尽管研究广泛,其发病机制仍不清楚,寻找通用分子靶点的努力收效甚微。泛素化作为关键翻译后修饰过程,通过E1-E2-E3酶级联反应调控蛋白稳定性...Conclusions我们的研究阐明了A
来源:The Cell Surface
时间:2025-08-27
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USP13-CMAS轴通过K48连接的多聚泛素化调控毛囊黑色素生成:泛素组学揭示的新机制
Highlight泛素组学分析鉴定出USP13-CMAS轴作为毛囊黑色素生成的关键调控因子,通过K48连接的多聚泛素化发挥作用Section snippets细胞培养与转染兔永生化黑色素细胞(MCs)由本课题组前期分离建立,使用MelM-2培养基在37°C、5% CO2条件下培养。皮肤成纤维细胞(RAB-9)采用含10%胎牛血清的MEM培养基培养。USP13促进黑色素细胞中的黑色素合成通过NaOH法测定显示,USP13过表达显著提升黑色素含量(P<0.01),并促进MCs增殖、抑制凋亡(CCK-8和流式细胞术验证)。相反,USP13敲低则抑制MCs功能,证实其双重调控作用。讨论泛素-蛋白酶体系
来源:The Cell Surface
时间:2025-08-27
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RNF11通过调控KU80泛素化与细胞周期增强肿瘤细胞化疗敏感性的机制研究
HighlightRNF11通过调控KU80泛素化与细胞周期增强化疗敏感性的创新发现Background环指蛋白11(RNF11)作为E3泛素连接酶家族成员,在恶性肿瘤发生发展中起关键作用,但其核心机制尚未阐明。本研究首次揭示RNF11在DNA损伤应答(DDR)中的关键功能。Methods采用CRISPR-Cas9基因敲除技术构建RNF11缺失的HCT116细胞系,通过细胞活力检测评估化疗药物敏感性变化。利用免疫共沉淀和泛素化分析揭示RNF11与KU80的相互作用机制,并通过HCT116异种移植模型验证体内化疗增敏效果。Results研究发现:1.RNF11通过直接结合调控KU80蛋白稳定性,
来源:The Cell Surface
时间:2025-08-27
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基于表格生成建模的热解生物炭多属性数据合成框架及其在环境工程中的应用
Highlight本研究开发了基于表格生成建模的生物炭多属性合成框架,通过TGAN、CTGAN、TVAE和Synthpop模型突破传统机器学习在稀疏数据下的预测瓶颈。数据集来源原始生物炭数据集包含73篇文献中的503条记录,涵盖原料类型、4项热解条件参数(温度、保留时间、升温速率、N2流速)和24项生物炭属性参数(如C%、N%、H%等元素组成)。数据分析与填补皮尔逊相关系数(PCC)分析显示热解温度与H%、O%呈显著负相关(p<0.05),与比表面积(SSA)和灰分%正相关,印证了高温促进脱羧反应而提升孔隙率的机制。结论Synthpop模型在连续变量(KSComplement=0.98)和分类
来源:Bioresource Technology
时间:2025-08-27
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绵羊瘤胃液体外发酵甜高粱秸秆的化学成分、微生物群落及发酵特性研究
Highlight本研究首次系统揭示绵羊瘤胃液添加量(0-30 mL/100 g)与发酵时间(0-45天)对甜高粱(SS)秸秆的协同作用:随着瘤胃液浓度和发酵时间增加,干物质(DM)、水溶性碳水化合物(WSC)、纤维素(CL)含量显著降低(P<0.01),而粗蛋白(CP)、乳酸(LA)、乙酸(AA)含量显著升高,微生物群落中Firmicutes门和Lactobacillus属丰度显著提升。Chemical composition发酵45天后,添加30 mL瘤胃液使SS秸秆的DM、WSC和纤维素含量分别降低23.5%、68.2%和19.7%(P<0.01),CP含量提升42.3%。瘤
来源:Bioresource Technology
时间:2025-08-27
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天然3-甲酰基色酮修饰获得协同增效且高效价的新德里金属-β-内酰胺酶-1(NDM-1)共价抑制剂
Highlight本研究揭示了瘤胃液预处理浓度(0-30 mL/100 g)和厌氧发酵时间(0-45天)对甜高粱(SS)秸秆营养成分、发酵特性及微生物群落的调控规律。随着发酵时间延长和瘤胃液添加量增加,干物质(DM)、水溶性碳水化合物(WSC)、中性洗涤纤维(NDF)、酸性洗涤纤维(ADF)、酸性洗涤木质素(ADL)和纤维素(CL)含量显著降低(P<0.01),而粗蛋白(CP)、乳酸(LA)和乙酸(AA)含量呈上升趋势。Chemical composition发酵45天后,添加30 mL瘤胃液使SS秸秆的DM、WSC和纤维素含量分别降低23.7%、68.2%和19.5%,CP含量提升2.
来源:Bioorganic Chemistry
时间:2025-08-27
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重组单体紫铆花凝集素β链:胆管癌诊断与预后的新型糖基化生物标志物
Highlight晶体结构揭示nBMA保守的GalNAc结合位点与其他GalNAc相关植物凝集素相似nBMA的晶体结构由α链(1-256残基)和β链(1-242残基)组成(图1)。两条链具有99%的序列同源性,但α链C端含有6个未鉴定残基(241-246),而β链结构完整。多重序列比对显示,nBMA与其他已知GalNAc结合植物凝集素(如大豆凝集素SBA)的保守氨基酸残基高度一致,尤其是关键糖结合位点Asp88、Asn135和Arg138。讨论能区分患者和预测预后的血清标志物对改善胆管癌(CCA)诊疗至关重要。本研究首次报道了紫铆花凝集素β链的重组表达(rBMA)。单体rBMA虽丧失天然四聚体
来源:Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects
时间:2025-08-27
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CREMτ与CREBA转录因子调控Catsper3基因启动子活性的机制及其在男性生育中的意义
亮点染色质景观揭示Catsper3启动子的组织特异性通过分析小鼠睾丸和肝脏的组蛋白修饰(ChIP-seq)发现,Catsper3转录起始位点(TSS)附近存在睾丸特异的H3K4me3富集峰(图1A),且H3K4me3/H3K4me1比值在TSS侧翼2 kb区域显著升高。ATAC-seq数据进一步显示该区域染色质在睾丸中呈开放状态,而在肝脏中呈闭合状态,暗示其转录调控具有生精特异性。双CRE位点介导转录因子激活功能实验证实,+268至+439区域内的两个预测CRE位点是CREBA和CREMτ调控的关键:1.外源表达CREBA/CREMτ可显著增强含CRE位点的启动子活性;2.双CRE位点突变完全
来源:Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms
时间:2025-08-27
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真菌介导的银纳米颗粒生物合成:从Clonostachys byssicola PSEF1的抗菌、抗氧化到肝癌细胞抗癌活性的多维度研究
亮点与讨论亮点• 首次实现从Gloriosa superba分离的C. byssicola PSEF1真菌绿色合成AgNPs• 制备的AgNPs具有6-37 nm球形形貌和面心立方(fcc)晶体结构• 对E. coli和P. aeruginosa的MIC分别达8 μg/mL和64 μg/mL• 通过Annexin V/PI染色证实能诱导HepG2细胞凋亡讨论真菌合成AgNPs具有环境友好、成本低廉的优势。本研究中的PSEF1菌株能分泌大量胞外酶,将银离子高效还原为纳米颗粒。值得注意的是,所得AgNPs对革兰氏阴性菌(如E. coli)的抑制效果优于革兰氏阳性菌,这可能与其穿透细菌外膜的能力相关
来源:Biochemical and Biophysical Research Communications
时间:2025-08-27
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综述:Mn2+纳米反应器:肿瘤靶向MRI诊断与微环境重塑的治疗应用
Material and Structural Design针对肿瘤微环境(TME)的多重屏障,Mn2+纳米反应器采用脂质体、金属有机框架(MOFs)等载体构建智能递送系统。例如,Li等设计的Lip-Ce6-MnO2-TPZ纳米颗粒通过酸响应性MnO2壳层在TME中释放Mn2+,同时分解H2O2缓解缺氧。Molecular mechanism and performance optimizationMn2+的顺磁性使其通过电子交换缩短水分子T1弛豫时间,弛豫率(r1)达8.7 mM-1s-1,显著优于传统钆剂。通过RGD肽等靶向修饰,肿瘤/正常组织信号比提升3.2倍。Mn2+-Mediated
来源:Biochemical and Biophysical Research Communications
时间:2025-08-27
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Twist1通过调控高糖诱导的血管平滑肌细胞表型转换促进糖尿病血管损伤后新生内膜增生
糖尿病引发的血管并发症是导致患者预后不良的重要因素,其中血管损伤后的新生内膜增生(NIH)尤为棘手。尽管血管成形术和支架植入能有效治疗缺血性疾病,但糖尿病患者术后再狭窄率显著升高。这种现象背后的核心机制在于高血糖环境下血管平滑肌细胞(VSMCs)发生的表型转换——从收缩型转变为合成型,表现为收缩蛋白表达下降,增殖、迁移和细胞外基质分泌能力增强。然而,高糖(HG)如何精确调控这一过程,长期以来缺乏明确解释。华中科技大学同济医学院附属协和医院老年病科的Yaoling Wang、Kang Yang等研究人员在《Atherosclerosis》发表的研究,揭示了转录因子Twist1在这一过程中的核心作
来源:Atherosclerosis
时间:2025-08-27
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综述:探索铁死亡在食管癌中的作用:机制与治疗意义
铁死亡:从基础机制到癌症治疗新靶点铁死亡是一种铁依赖性脂质过氧化驱动的程序性细胞死亡方式,其核心特征包括谷胱甘肽(GSH)耗竭、GPX4活性抑制以及活性氧(ROS)累积。这种独特的死亡模式与凋亡、坏死等传统途径截然不同,为肿瘤治疗提供了全新视角。铁死亡的分子调控网络铁代谢失衡是铁死亡的关键触发因素。转铁蛋白受体(TFRC)介导的铁摄取、铁蛋白自噬以及铁转运蛋白(SLC40A1)共同调控细胞内游离铁池(LIP)水平。当铁超载时,通过芬顿反应催化脂质过氧化物(LOOH)转化为毒性自由基,导致细胞膜破裂。抗氧化系统是抵抗铁死亡的重要屏障。GPX4依赖的谷胱甘肽通路通过还原脂质过氧化物维持细胞稳态,而
来源:Cell Death Discovery
时间:2025-08-27
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基于时空重建的云覆盖条件下水稻生长期卫星时序数据预测研究
在热带农业监测领域,持续云层覆盖如同一个顽固的"数据杀手",尤其对依赖光学卫星的植被监测造成巨大困扰。印度尼西亚作为全球重要稻米产区,其潮湿热带气候使得超过40%的NDVI(归一化差异植被指数)观测数据因云层干扰而失效,在雨季高峰期甚至达到惊人的88%。这一难题严重制约了基于Sentinel-2等卫星数据的作物生长监测精度,而传统方法如Savitzky-Golay滤波和三次样条平滑在面对长时间数据缺失时表现乏力。更棘手的是,印尼的水稻种植具有多周期、非对称的特点,使得依赖固定季节模式的频率域方法同样难以奏效。针对这些挑战,B. Suseno团队在《Smart Agricultural Tech
来源:Smart Agricultural Technology
时间:2025-08-27
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柔性聚合物倏逝波腔体在生物医学流体分析与计量中的应用研究
亮点本研究创新性地开发了兼具功能可扩展性和环境适应性的柔性倏逝波腔体,其核心突破在于:1.采用高弹性透明聚合物材料,通过近红外光激发具有深穿透特性的表面倏逝波2.曲面核心结构产生强度显著提升的倏逝场,灵敏度达到传统器件的3倍3.双芯结构赋予形变自补偿功能,弯曲状态下仍保持±0.2%的检测精度设计原理柔性POW倏逝波腔体基于全内反射(TIR)原理,当光在核心(高RI)与流体(低RI)界面发生TIR时产生倏逝波。其功率衰减系数β与流体RI直接相关,通过监测输出光强Pout变化即可反演RI值。数学建模显示,曲率半径5mm的弧形核心可使倏逝场强度提升215%。化学品采用聚二甲基硅氧烷(PDMS)和苯基
来源:Sensors and Actuators B: Chemical
时间:2025-08-27