使用落于表2范围内的cDNA可以得到最佳的微阵列杂交结果。

　　ChipShot^TM 标记及标记物的纯化系统适合于合成足够量的cDNA并保证适用于表达分析的参入率。每次标记的cDNA足够用于2-3张22 x 60mm微阵列的杂交 (表3)。

的操作手册，以适用于每种特殊类型的模板。
　　另外，ChipShot^TM 标记系统操作手册也适用于解释掺入Cy^®3-和Cy^®5- 标记的核苷酸时的不同。 Cy^®5的掺入效率低于 Cy®3的掺入效率，所以在Cy®5标记反应中，需要更多的非标记的核苷酸以促进cDNA 的合成。
　　ChipShot^TM标记物的纯化系统可以高效地去除未标记的核苷酸并高效地回收标记的cDNA以保证在杂交过程中得到低背景和高信号。本系统同时加入了RNA酶处理，随着 cDNA的合成而去除RNA，以准确定量cDNA的产量。
　　确定标记cDNA的质量及数量对得到可重复的和可解释的杂交数据非常重要。cDNA标记及纯化后，应测定未稀释的cDNA的光吸收值{260nm, 550nm，650nm}，测定之前稀释cDNA，会因为cDNA的浓度太低而处在某些分光光度计测定的线形范围以外而使测定不准确。这些光吸收读数可以用来计算cDNA的产量(ng)，参入染料的皮摩尔 及参入率（FOI）。FOI 的定义为每1000核苷酸的cDNA中掺入Cy^®标记的核苷酸数。

杂 交

　　UltraGAPS^TM载片由非常平滑的伽玛氨基丙基硅烷 (Ganna Amino Propyl Silane) 包被。GAPS的表面通过离子反应连接点状的DNA。使用加热或紫外处理可以将DNA共价结合于载片的表面。较小的DNA分子或寡聚核苷酸最好使用紫外交联来固定。这些方法同样适用于大于 300bp 的DNA分子。当烘烤时，应注意保持烤炉的清洁。易挥发的有机物可以不可逆地污染微阵列的表面，导致高背景。

　　存放时间，生物材料及其它所使用的试剂的纯度，以及存放条件都可以造成微阵列的高背景荧光。消除自发荧光背景以准确测定转录丰度的水平非常重要。预杂交后，使用Proton!^TM通用的预浸泡处理可以有效地消除自发荧光背景（3），这样就可以得到较宽动态范围的数据。

　　UltraGAPS^TM载片的表面与DNA具有高反应性。制作高质量的微阵列的关键需要利用这一高反应性优点，为了在接下来的操作中减少核酸对非印记表面的吸附。Proton!^TM 的预杂交及杂交液含有足够的封闭蛋白及核酸而得到高特异性杂交信号及极低的背景。

　　因为UltraGAPS^TM载片为长寡聚核苷酸及cDNA而设计，杂交液高度精确, 使得在42℃ 过夜杂交后得到理想的结果。另外，Proton!^TM通用杂交液含有促进DNA双螺旋形成的增强因子，以保证更完美的结果。Corning^®杂交盒 (Corning^®, 产品目录号: 2551) 使操作者根据自己的方便情况选择水浴，杂交炉，或者温箱。