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表1显示了用不同的退火DNA寡聚核苷酸为模板合成siRNA或发夹siRNA的产率，一般而言，每毫升反应体系中，siRNA产量>500μg，发夹siRNA的产量为1mg。对任何一种特异的模板，使用者可通过增加孵育时间（从30分钟到2小时）或提高转录反应温度（用42℃替代37℃）
来提高siRNA产率。这可以增加富含GC或含有二级结构的模板的转录效率。
模板设计及考虑因素
采用体外转录产生小RNA所使用的模板DNA是退火的寡聚核苷酸双链。T7 RNA聚合酶启动子序列被整合到该模板的正义链和反义链，用以启动转录反应。为保证T7 RNA聚合酶的有效转录起始，靶序列必须包含序列5'-GN17C-3'。
每个siRNA要求有两条分离的、退火的寡聚核苷酸做为模板，因而总共需要4个寡聚核苷酸。一个模板转录正义RNA链，另一个模板转录反义RNA链，图3显示了这些核苷酸的序列要求。这两条互补的DNA寡聚核苷酸模板分别转录后，正义和反义RNA链可退火形成siRNA。
用含有两段互补的寡聚核苷酸序列的DNA为模板，可产生一个发夹siRNA。一些研究表明，短发夹siRNA（shRNAs）包含19个完全配对核苷酸，中间有不同的间隔区域，并且其末端是2个核苷酸的3'突出端，可以象siRNA一样，有效地诱导RNA干扰(8,12-17) 。合成shRNA需要两条长的寡聚核苷酸，退火后变成RNA链合成的模板。这种RNA可自身退火形成发夹结构。图3显示的环的长度及序列来源于参考文献13。
每种shRNA需要一条退火的DNA寡聚核苷酸为模板，因此总共需要2条寡聚核苷酸。这些寡聚核苷酸的序列要求参见图3。
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