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VaMiAnalyzer:基于Python的开源工具实现3D体外血管生成拟态自动化定量分析
在肿瘤生物学研究领域,血管生成拟态(Vasculogenic Mimicry, VM)作为一种特殊的血管形成方式日益受到关注。与传统血管生成(Angiogenesis)不同,VM是肿瘤细胞自身模拟血管结构形成管道系统的过程,与肿瘤侵袭、转移及抗血管生成治疗耐药性密切相关。然而,VM研究的瓶颈在于缺乏专门的分析工具——目前研究人员不得不依赖耗时且主观的人工计数,或者借用为内皮细胞血管生成实验设计的软件,这些工具对肿瘤细胞形成的非典型VM结构识别准确性欠佳。针对这一技术空白,波士顿大学研究团队在《BMC Bioinformatics》上发表了题为“VaMiAnalyzer: an open sou
来源:BMC Bioinformatics
时间:2025-10-26
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PLAG1::RUNX1融合模拟经典t(8;21)罕见病例:光学基因组图谱在急性髓系白血病中的诊断价值
在血液肿瘤诊疗领域,基因融合的准确识别犹如解开疾病谜题的关键钥匙,直接决定着治疗策略的选择和预后判断。急性髓系白血病(AML)中经典的t(8;21)(q22;q22)易位形成的RUNX1::RUNX1T1融合基因,通常预示着较好的化疗反应和相对良好的临床结局。然而,当RUNX1基因与非常规伙伴基因发生融合时,其临床意义可能发生戏剧性转变。传统细胞遗传学技术虽然在染色体异常检测中发挥重要作用,但对于隐蔽性重排或复杂基因组变异的识别能力有限,这导致部分罕见融合病例被误判为经典类型,从而影响风险分层和治疗决策的准确性。《Molecular Cytogenetics》最新报道的这例罕见病例,揭示了一个
来源:Molecular Cytogenetics
时间:2025-10-26
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对Synodontis decorus和Synodontis petricola(硬骨鱼纲:Mochokidae科)的完整线粒体基因组进行了特征分析,并对Mochokidae科进行了系统发育研究
摘要Synodontis具有很高的食用和观赏价值,是鲶鱼科(Mochokidae)中物种最丰富的属,但基于其线粒体基因组数据的比较研究仍然不足。因此,我们对Synodontis decorus和Synodontis petricola的完整线粒体基因组进行了测序和分析,并将其与其他莫科卡鲶鱼属(Mochokidae)或Synodontis属的物种进行了比较;测得它们的线粒体基因组长度分别为16,574 bp和16,529 bp。系统发育分析进一步证实了Synodontis属在鲶鱼科中的位置,并表明该属属于多系群(polyphyletic)。这些结果有助于更深入地了解鲶鱼科及Synodontis
来源:Molecular Genetics and Genomics
时间:2025-10-26
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褪黑素通过Wnt/β-连环蛋白途径调节山羊毛囊中黑色素的合成
摘要为了研究褪黑素如何影响山羊黑色素细胞的黑色素生成机制,并为动物毛色形成的遗传原理提供理论基础,研究人员从4日龄的焦河黑山羊肩部后方约5厘米处采集了背部皮肤组织。通过免疫组化和免疫荧光技术定位黑色素细胞,然后利用酶消化法从毛囊组织中分离出这些细胞,并用不同浓度的褪黑素进行处理。分别使用CCK8、EdU、流式细胞术和黑色素含量测定法评估了细胞的存活率、增殖情况、凋亡过程以及黑色素合成情况。随后对黑色素细胞进行了转录组测序、差异基因筛选和功能富集分析。相关基因和蛋白质的表达通过实时定量PCR和Western blotting技术进行了验证。研究发现黑色素细胞位于毛囊乳头上方和外根鞘中,并且能够成
来源:Molecular Genetics and Genomics
时间:2025-10-26
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极早产婴儿中晚发碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌败血症的研究:一项中国多中心研究
摘要 背景: 碳青霉烯类耐药的肠杆菌科(CRE)感染在发展中国家正成为一场危机。我们的研究旨在探讨极早产儿(VPIs)中CRE败血症的流行病学特征和抗生素治疗策略。 方法: 这项横断面研究包括了所有在妊娠24–31周出生或出生体重低于1500克的婴儿,这些婴儿在2022年中国新生儿网络数据库中记录为发生了由肠杆菌科引起的晚发性败血症。晚发性败血症被定义为出生后72小时内发生的败血症。 结果: 在11,447名入住新生儿重症监护室的极早
来源:The Pediatric Infectious Disease Journal
时间:2025-10-26
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接受抗病毒治疗的先天性巨细胞病毒感染的婴儿出现严重中性粒细胞减少症
摘要 目的: 描述在欧洲接受更昔洛韦(GCV)和/或伐昔洛韦(VGCV)治疗的先天性巨细胞病毒(cCMV)感染婴儿中,严重中性粒细胞减少症(SN)的真实情况,并确定与SN发生相关的风险因素。 方法: 本研究是一项来自欧洲cCMVnet注册库的多中心回顾性队列研究,纳入了自2011年以来接受GCV和/或VGCV治疗的确诊cCMV感染婴儿。研究详细记录了治疗情况,包括治疗开始时的年龄、给药途径及持续时间。分析了SN的发生率及其相关风险因素,SN定义为中性粒细胞计数低于500个/
来源:The Pediatric Infectious Disease Journal
时间:2025-10-26
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病例系列:达巴万星在儿科革兰氏阳性感染中的超说明书使用
摘要 背景: 人们对使用达巴万星治疗由革兰氏阳性微生物引起的感染越来越感兴趣。由于其半衰期长、药代动力学呈线性以及耐受性良好,该药物已被应用于多种临床场景,包括超说明书适应症。然而,针对儿童的研究仍然有限。本研究的目的是评估达巴万星在西班牙儿童实际使用中的有效性和安全性。 方法: 本研究为回顾性研究,旨在描述2024年6月30日之前入住西班牙三家教学医院的18岁以下儿童使用达巴万星的情况。 结果: 共有15名患者纳入研究,其中66%为
来源:The Pediatric Infectious Disease Journal
时间:2025-10-26
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鞣化作用、抗干燥性与钙代谢的互作机制研究:以德国小蠊为模型揭示昆虫表皮成熟新策略
在昆虫适应陆地环境的过程中,表皮结构发挥着至关重要的作用。昆虫表皮是由几丁质、表皮蛋白和碳氢化合物组成的多层结构,不仅提供物理保护,还在防止水分蒸发、抵御病原体等方面具有关键功能。然而,每当昆虫经历蜕皮后,新暴露的表皮需要快速成熟硬化才能恢复完整功能,这个阶段被称为"鞣化期"。在此期间,昆虫极易受到环境胁迫和天敌攻击。近年来,科学家提出一个新颖假说:昆虫可能通过一种名为Laccase 2(Lac-2)的酶介导的鞣化机制,减少了对钙源的依赖,从而实现了更快速的表皮成熟,这可能是昆虫成功适应陆地环境的关键因素之一。尽管大多数昆虫物种已经放弃了矿物质强化策略而转向Lac-2驱动的鞣化过程,但一些昆虫
来源:Insect Biochemistry and Molecular Biology
时间:2025-10-26
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基于牛津纳米孔长读长ITS代谢条形码的真菌物种分类基准研究
亮点我们使用来自双核亚界54种真菌的真实ONT长读长代谢条形码模拟群落,全面评估了物种水平分类方法的性能。通过比较八种涵盖比对算法、k-mer搜索及新兴机器学习方法的分类器,重点分析了各方法在物种水平的灵敏度、精确度和多样性评估能力。in silico模拟群落用于真菌ITS分类基准测试我们通过in silico方式构建了三个模拟群落(均匀分布群落、非均匀分布群落、含低丰度病原体的群落),以评估不同分类方法对ONT长读长ITS序列的物种鉴定和群落特征分析能力。这些群落基于"通用"ITS引物扩增获得的长读长序列,覆盖ITS1、ITS2及18S SSU和28S LSU基因部分区域。讨论本研究对八种分
来源:Fungal Genetics and Biology
时间:2025-10-26
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通过木霉属和青霉属原生质体融合开发高产纤维素酶杂交菌株的研究
亮点真菌分离株的分离与表征。–使用五种不同培养基(羧甲基纤维素琼脂(CMCA)、马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)、麦芽提取物琼脂(MEA)、查氏葡萄糖琼脂(CDA)和沙氏葡萄糖琼脂(SDA))从腐烂木材中分离真菌分离株。为预防细菌污染,每100毫升培养基添加青霉素(40,000单位)和链霉素(0.1克)。平板在30°C黑暗条件下培养,连续观察四周。每个独特菌落...真菌纤维素分解菌株产纤维素酶能力评估。–从腐烂木材中获得45株真菌分离株。分离株在不同培养基上的分布为:PDA 13株、MEA 11株、CMCA 9株、CDA 5株、SDA 7株。这些培养基上纤维素分解真菌分离株的百分比分别为61.54%
来源:Epilepsy & Behavior Reports
时间:2025-10-26
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基于芘的高性能电子传输层工程实现高效蓝色磷光OLED
1亮点我们开发了一种新型非掺杂电子传输材料DPPDP,专门用于高性能蓝色磷光有机发光二极管(PhOLEDs)。与传统掺杂电子传输层(ETLs)相比,DPPDP基器件展现出更优异的电致发光性能。2引言自磷光有机发光二极管(PhOLEDs)问世以来,其通过自旋禁阻跃迁同时捕获单重态和三重态激子实现100%内量子效率(IQE)的潜力备受关注。在磷光发光材料中,铱基红绿发光体已成功应用于智能手机、平板电脑和电视等商业设备。3DPPDP的合成如方案1所示,3,3'-(3,8-二苯基芘-1,6-二基)二吡啶(DPPDP)的合成遵循已报道方法。将1,6-二溴芘与吡啶-3-硼酸在甲苯/四氢呋喃混合溶剂中,通过
来源:Dyes and Pigments
时间:2025-10-26
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美洲红鹳(Phoenicopterus ruber)的空间和时间群体基因组学
摘要 了解遗传多样性和连通性随时间的变化模式对于规划灭绝种群的恢复至关重要。然而,由于种群通常在数量大幅减少后才会被评估,这些信息并不总是能够及时获得。Phoenicopterus ruber(美洲火烈鸟)为研究局部灭绝事件如何影响恢复中的种群的遗传多样性和遗传结构提供了理想的机会。Phoenicopterus ruber在整个19世纪都受到狩猎和栖息地丧失的严重威胁,导致佛罗里达种群在20世纪初彻底灭绝。尽管该物种具有较高的迁徙能力,并且加勒比地区存在附近的种群,但佛罗里达种群至今仍未实现显著恢复。在这项研究中,我们在其分布范围内
来源:Ornithological Applications
时间:2025-10-26
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气候主导地理因素对加拿大白皮松和柔松种群动态及景观格局的影响
在加拿大落基山脉的高海拔地区,两种具有重要生态意义的五针松——白皮松(Pinus albicaulis, WBP)和柔松(Pinus flexilis, LP)正面临生存危机。这两种树木不仅是高山生态系统的重要组成部分,为克拉克星鸦(Clark's nutcracker)等野生动物提供食物来源,还能稳定土壤、调节水文。然而,自20世纪初白松疱锈病(white pine blister rust, WPBR)病原菌Cronartium ribicola传入北美以来,这两种松树便开始了持续衰退的历程。这种气传真菌疾病会感染针叶并逐渐蔓延至主干,导致枝条枯死、结实量减少,最终功能性地杀死树木。更雪上
来源:Canadian Journal of Forest Research
时间:2025-10-26
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寄生虫感染与温度对太阳鱼有氧游泳性能的交互影响研究
随着全球气候变暖的持续加剧,水生生态系统正经历着前所未有的变化。水温的上升直接影响着生活在水中的变温动物,特别是鱼类的生理机能和行为表现。这些变化不仅关系到鱼类自身的生存和繁衍,更对整个水生食物网和人类渔业活动产生深远影响。与此同时,环境变化也在悄然改变着宿主与寄生虫之间微妙的平衡关系。在自然界中,寄生虫感染是普遍存在的现象,但当气候变化与寄生虫感染这两种压力因素相遇时,它们会对鱼类的运动能力产生怎样的联合效应?这一问题至今尚未得到充分解答。鱼类的高效游动能力对其捕食、逃避天敌、繁殖迁徙等关键生命活动至关重要。而寄生虫感染可能通过两种主要途径影响游泳性能:一是体表寄生虫形成的囊肿会增加鱼体在水
来源:Canadian Journal of Zoology
时间:2025-10-26
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成年和幼年海七鳃鳗(Petromyzon marinus)对声学刺激的行为反应阈值
维多利亚·林恩·史密斯·希斯(Victoria Lynn Smit Heath)|梅根·米克尔(Megan Mickle)|丹尼斯·M·希格斯(Dennis M. Higgs)生物科学系,温莎大学(University of Windsor),98595号,日落大道401号(Sunset Avenue 401),温莎(Windsor),安大略省(Ontario)N9B 3P4,加拿大海七鳃鳗(Petromyzon marinus Linnaeus, 1758)是劳伦蒂安五大湖(Laurentian Great Lakes)中的入侵鱼类,它们以许多具有商业价值的鱼类为寄生宿主。声音常被用作抵御入
来源:Canadian Journal of Zoology
时间:2025-10-26
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生物能源社会文化指标的系统性综述:基于文献调研的指标体系构建与关键指标筛选
在全球应对气候变化和推动能源转型的背景下,生物能源(bioenergy)作为一种可再生、技术成熟且分布广泛的能源形式,扮演着越来越重要的角色。然而,长期以来,对生物能源项目的评估多集中于环境和经济影响,其深刻的社会文化维度却常常被忽视。这导致决策过程中难以全面衡量项目对当地社区文化、价值观、社会结构以及治理模式产生的潜在影响,从而可能影响项目的公众接受度和长期可持续性。正如联合国可持续发展目标(SDGs)所强调的,可持续能源发展必须兼顾经济、社会和环境三大支柱,忽视其中任何一环都可能事倍功半。因此,构建一套科学、系统的社会文化指标,用以评估和引导生物能源项目的健康发展,成为了一个亟待解决的关键
来源:Canadian Journal of Forest Research
时间:2025-10-26
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半干旱山区河岸与高地颤杨林分持续潜力的相对性研究——以落基山脉南部为例
在全球气候变化背景下,森林生态系统面临着前所未有的挑战。其中,美国西部的颤杨(Populus tremuloides)林分正经历着广泛的衰退,这一现象引起了生态学家和林业工作者的高度关注。一些预测模型表明,颤杨可能会从许多西部景观中消失,然而,也有研究指出,颤杨的存续很大程度上受局部立地条件的驱动。特别是在半干旱的山区环境中,急性干旱事件发生频率的增加,被认为是导致该地区颤杨林上层林木死亡和更新密度降低的重要因素。那么,在日益严峻的干旱胁迫下,哪些因素能够支持颤杨的持续生存与更新?为了回答这个问题,Benjamin A. Spei、Charles Goebel、Daniel M. Kashia
来源:Canadian Journal of Forest Research
时间:2025-10-26
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修剪方式、杀菌剂和施肥对矮丛蓝莓土壤肥力的影响研究
在北美地区的商业蓝莓种植中,矮丛蓝莓(Vaccinium angustifolium Aiton 和 Vaccinium myrtilloides Michx.)作为杜鹃花科多年生植物,其果实产量高度依赖科学的田间管理。传统的栽培周期为两年制,第一年为修剪年,通过机械或热力方式清除地表茎秆以促进新枝萌发;第二年为采收年。尽管修剪、杀菌剂施用和施肥等措施被证实能显著提升蓝莓的茎高、花芽数量及果实产量,但这些管理措施对土壤关键肥力参数——如土壤有机质(SOM)含量、pH值、氮(N)和磷(P)矿化潜力、硝化速率以及磷饱和指数(PSI)——的长期影响却鲜有系统研究。尤其在可持续农业理念日益深入的背景下
来源:Canadian Journal of Soil Science
时间:2025-10-26
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沙门氏菌铁转运突变体的转录组分析揭示血清型特异性适应机制
铁元素作为几乎所有病原菌生长所必需的矿物质,在细菌致病机制中扮演着关键角色。作为重要食源性病原菌的肠沙门氏菌,其不同血清型在铁利用机制上存在差异,但具体的分子适应策略尚不明确。特别是在铁限制条件下,沙门氏菌如何通过调控基因表达来维持生存和毒力,这一科学问题亟待深入探索。本研究由加拿大食品检验署渥太华实验室的Bright Boamah等研究人员完成,论文发表于《Canadian Journal of Microbiology》。研究团队针对鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌两种重要血清型,通过构建铁转运基因缺失突变体,系统分析了铁缺乏条件下的转录组变化,揭示了血清型特异性的适应机制。研究主要采用了基因
来源:Canadian Journal of Microbiology
时间:2025-10-26
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综述:亚马逊地区多周期育林系统评述
亚马逊林业管理的历史演变在广袤的亚马逊热带雨林,科学育林实践已持续半个多世纪。早期研究集中于单周期(monocyclic)即同龄林经营体系,如热带伞伐(tropical shelterwood)、皆伐(clearcutting)和带状皆伐(strip clearcutting)。然而,这些方式因劳动力密集、成本高昂且效果不佳而被逐渐摒弃。与之同步发展的多周期(polycyclic)即异龄林经营体系,则凭借其生态适应性得以延续应用。多周期体系的现实挑战当前多周期体系仍面临严峻物种组成问题:林分中速生非商业树种(non-commercial species)占优势,而慢生商业树种(commerci
来源:Canadian Journal of Forest Research
时间:2025-10-26