植物组织通常会含有一些会影响DNA提取的物质。例如，多酚就是一种很强的氧化因子并能够不可逆地同DNA结合，生成褐色凝胶状物[1]；高水平的多糖也可以使DNA形成粘性沉淀而难以处理。这些化合物在高浓度时，还会抑制限制性内切酶和DNA聚合酶，使得提取的DNA无法用于包括AFLP、RAPD分析、PCR和基因克隆等研究中。其他一些化合物如在橡树中的鞣酸等使得成功分离高浓度的DNA变得困难重重。目前已经建立了很多从含有多酚和多糖的植物中成功提取DNA的方法。

　　GenomiPhi™ DNA扩增试剂盒为从植物组织中制备高质量DNA提供了一条途径（图1）。基因组DNA用高效的Phi29 DNA聚合酶[8.9]多引物线性扩增，该等温链替换酶具有3’–5’外切酶校对活性，能够确保有代表性的扩增。差错率仅为10^-7，比普通Taq DNA聚合酶低100倍。

　　 GenomiPhi DNA扩增试剂盒可以利用极少量的DNA从叶片或和种子中过夜制备微克级DNA。通常扩增所用的模板DNA仅需一次简单的裂解反应就可获得。由于高水平的多糖或多酚能够抑制Phi29 DNA聚合酶，富含这些化合物的植物组织可能需要进一步的样品纯化。

实验方法
　　 叶片DNA的制备
　　 对很多植物来说，用简单的碱裂解法就可以制备得到足够量的用于扩增的叶片DNA。对于那些富含多糖的叶片，例如草莓，扩增前需要用CTAB[8]（图2）或相似的方法来抽提DNA。这些化合物的过量残留会抑制GenomiPhi DNA扩增反应。

　　叶片的碱性裂解
　　1. 在液氮中用研杵研磨1厘米的叶片组织。
　　2. 将之转移至1.5或 0.7 毫升的微离心管中。
　　3. 加入150 μl 0.25 M NaOH，70 °C孵浴
15 min。注：加0.1 % Tween 20（v/v）至NaOH中有助于改善DNA抽提效果。
　　 4. 加入150 μl 的中和溶液（80 mM Tris-HCl pH8.0,1 mM EDTA），高速离心5 分钟。
　　 5. 吸取上清，并取适量用于扩增反应。

　　种子DNA的制备
　　和叶片相比，大多数种子更适用于碱裂解法，然而对于富含多糖和多酚的种子，仍需要使用CTAB来抽提（图１）。这些方法对小麦和大豆种子非常有效。

　　种子的碱性裂解
1. 在摇床上用2％漂白液清洗种子10分钟后，再用
水清洗3次，每次5分钟。
2. 用灭菌的刀片将种子剖成两半，并放入2毫 升管
中。
3. 根据种子大小（大豆种子400 μl，小麦种子
100 μl）加入适量的裂解溶液（100 mM Tris- HCl, pH 9.5, 1 M KCl, 10 mM EDTA）。
4. 95 °C孵浴10分钟。
5. 吸取上清，并取适量用于扩增反应。

　　种子的CTAB抽提法
1. 在摇床上用2％漂白液清洗种子10分钟后，再用
水清洗3次，每次5分钟。

2. 在液氮中用无菌研杵研磨种子。用500- 800μl的CTAB抽提缓冲液（2% CTAB, 100 mM Tris-HCl,1.4 M NaCl, 20 mM EDTA）转移至40ml锥底管中。轻轻混匀后55 °C孵浴20分钟。
3. 1500g 离心5分钟。
4. 转移上清至一个干净管中，加入等体积的氯仿：异戊醇（24:1），轻轻混合2分钟。
5. 15 000 g离心20秒。
6. 将上层液相转移至已预先加入1/10体积7.5M的乙酸铵和2倍体积的冰冷乙醇的管中。
7. 轻轻混匀后-20 °C放置1小时。
8. 15 000 g离心1分钟，弃上清。
9. 用70％的乙醇清洗沉淀两次，每次清洗混匀
后15 000 g离心30秒。
10. 晾干沉淀后重悬于50 μl的1x TE缓冲液中
11. 吸取适量用于扩增反应。

　　CTAB抽提叶片DNA
　　改良的CTAB[3,11]法已成功用于提取玉米，小麦和草莓叶片DNA，若用于其他植物，该方法可能需要适当修改。
1. 称量叶片组织的重量并在液氮中将之研磨成
细粉。
2. 每克叶片组织加入1 ml的CTAB抽提缓冲液（2 % CTAB, 50 mM Tris·HCl pH 8.0, 20 mM EDTA, 1.4 M NaCl, 1μM β巯基乙醇）。均匀 混合后转移至管中，溶液的总体积不应 超过管容积的一半。
3. 65°C孵浴30分钟，每隔5-10分钟混匀一次。
4. 加入等体积的氯仿-异戊醇，轻轻混匀。
5. 室温，13 000 g离心10分钟。
6. 转移上清液至一个新管中，记录其体积。
7. 加入1/10管体积的10％的CTAB溶液（10%
CTAB, 0.7M NaCl），轻轻混匀。
8. 加入等体积的氯仿-异戊醇，轻轻混匀。
9. 室温，13 000 g离心10分钟。
10. 转移上清液至一个新管中，记录其体积（用切掉尖端的枪头吸取高粘度的上清）。
11. 加入等体积的1% CTAB溶液（1 % CTAB, 50 mM
Tris·HCl, pH 8.0），轻轻混匀。
12. 观察沉淀形成（溶液变得稍许浑浊），若未
观察到沉淀，室温放置过夜。
13. 室温，13 000 g离心3分钟。
14. 弃上清并将沉淀重溶于100 μl 1 M的 NaCl溶液中。
15. 室温，13 000 g离心3分钟。
16. 转移上清液至一个新管中，加入等体积（100μl）的冰冷的异戊醇。
17. 室温，13 000 g离心3分钟。
18. 用3倍体积的70％的冷乙醇清洗沉淀3次。
19. 溶于适量体积的ddH2O中，并取适量用于扩增
反应。
　　在FTA卡上固定叶片样品
1. 取出预先灌注了植物样品的FTA基质的小盘片。
2. 用200 μl FTA纯化试剂清洗小盘片5分钟。
3. 弃去洗液，重洗2次。
4. 用200 μl of TE（10mM Tris-HCL, 0.1 mM EDTA）清
洗小盘片5分钟。
5. 弃去洗液晾干盘片。
6. 将盘片用于扩增反应。
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