文 献 参 考

TripleMaster PCR系统用于强力扩增富含GC的DNA模板

简  介

  聚合酶链式反应(PCR)是科研工作者用于大量扩增DNA的一种精准、有效的工具。尽管通过调节反应混合物的量和温度循环数等条件,几乎所有的DNA都可以作为模板来扩增, 但GC含量高的DNA序列扩增却一直是个问题,其中一个原因就是富含GC的DNA序列碱基对之间的化学键非常稳定,每一个G-C碱基对之间含有三个氢键,这样就比含有两个氢键的A-T碱基对要稳定得多。另外一个问题是PCR反应中富含G-C的DNA序列模板退火之时在两条链之间形成了二级结构。富含GC的序列的这些特点常常引起无效的引物模板复性以及DNA聚合酶不完全的延伸,其结果便是在普通的PCR反应中,没有在引物间的正确区域产生想要的DNA片段,或在模板的其它区域扩增出了片段。
  TripleMaster PCR系统独特的混合酶体系,将三种不同的蛋白成份,(Taq DNA聚合酶、3’-5’ 校对酶和聚合酶增强因子)和改进的反应缓冲液系统相结合,克服了这些缺点,为科研工作者提供了理想的扩增富含GC序列的DNA模板的解决方案。

材  料

Eppendorf TripleMaster PCR System
Invitrogen ThermalAceTM DNA Polymerase Kit

Roche GC-RICH PCR System Roche Expand 20 kbPlus PCR System
Roche Expand 20 kbPlus PCR System
Genomic DNA isolated using the Eppendorf Perfect gDNA Blood Mini Kit
Eppendorf Mastercycler Personal Thermal Cycler
EasyCast Horizontal Minigel System (Owl Separation Systems)
SeaKem LE agarose (Bio-Whittaker Molecular Applications)
1x TBE (Eppendorf)
Ethidium Bromide (Sigma)
Alpha Imager CCD Camera
  Documentation System (Alpha Innotech Corporation)

方  法

  将TripleMaster PCR系统与其它公司为富含GC的PCR设计的反应体系相比较,选择三种不同的富含GC成份的DNA序列进行扩增,模板序列,PCR扩增产物的长度和扩增顺序的GC含量分别见表1。基因组DNA是将全血保存于EDTA中并用Eppendorf Perfect gDNA Blood Mini 试剂盒提取。单链引物从Sigma-Genosys公司获得。三倍反应体系和其它反应的操作以及试剂的终浓度均按产品说明书推荐的进行 (见表2)。根据目的片段大小的情况,载脂蛋白E和视网膜瘤基因 PCR反应中使用了1.6×的Eppendorf Tuning Buffer浓度 (含有4.0 mM Mg2+)。但Tuning Buffer是一种专为长程PCR反应而设计的低盐缓冲液,扩增短的目的片段的时候则需要较高浓度的高盐缓冲液,对此

TripleMaster PCR系统的用户指南建议目的片段低于500 kb时的扩增反应就应该使用更高的盐浓度的缓冲液。在测试罗氏公司的GC-RICH Resolution Solution时,根据其用户手册,浓度在0-2 M之间以0.5 M的浓度递增。所有的扩增反应均在Eppendorf Mastercycler Personal PCR仪上完成。(见表 3)

  样品分析:采用标准琼脂糖凝胶电泳,1×TBE缓冲液,从50 ml 反应混合物中取5 ml上样于2.0%的琼脂糖凝胶中,6V/cm 电压下电泳。用0.5 mg/ml 的溴化乙锭溶液染色,CCD相机拍照。

  实验1,用TripleMaster PCR系统来测试扩增载脂蛋白(apolipoprotein E)和视网膜瘤基因(Rb)所要求的反应混合物组成以及温度,循环数等条件,并与同领域内的其它公司的PCR系统相比较。

  实验2,用TripleMaster PCR系统扩增高产量产物(MC1R基因),使用标准的温度、循环数等参数 [95 °C 5分钟。随后(95°C 30 秒,, 56 °C 30 秒, 72 °C 1 分钟)×35个循环]。为了消除非特异性扩增,在Mastercycler Personal 仪器上
采用降落式PCR。设立平行对照实验组与其它公司的PCR系统相对比。

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