| 当所有样品结合到亲和柱时，从第一个柱洗脱出样品，该洗脱液经过紫外检测器，在此专用的预先编程的监测命令将蛋白质分离收集在毛细环路中。最大的峰保持在毛细环路中同时准备脱盐柱，其余的环路腾空并洗涤。非选择的峰转移到每个样品的各自的容器中，而最大的峰加到脱盐柱中。
在第二步中将盐和其它少量污染物与样品分离。在加到离子交换柱进行第三步纯化之前，将脱盐柱的峰在毛细环路中分级。第四步纯化将重复该过程，从离子交换柱出来的最大的峰加到凝胶过滤柱中。对于每一流程，最后一步纯化的所有峰由组分收集器收集在微滴板中。在样品之间毛细环路将被洗涤，对每一亲和柱重复该过程。监管功能的预编程能进行各种不同峰形的处理，最明显的峰可根据高度或面积选择。
标记去除
His-或GST-标记的使用大大简化了蛋白质的生产过程，但在某些情况下，在进一步应用纯化的蛋白质之前，必须除去标记。柱上除去标记是从目的蛋白自动除去标记的最简单和最适宜的方法。ÄKTAxpress具有内置的添加标记酶切试剂的程序，用户可以轻易在程序里选择该功能让系统自动地进行。该程序还可用于非标记的蛋白酶如溶血酶或用于GST-标记的（例如PreScission蛋白酶）或His-标记的蛋白酶（例如TEV）。标记去除步骤可以加到所支持的流程中的任一个流程。这一步骤发生在将所有样品装入其各自的亲和柱并洗涤之后。
标记除去过程需要配合PreScission的使用，在亲和步骤开始时储存蛋白酶（见图4）。然后将蛋白酶从PreScission自动地加到所有的亲和柱中。流动停止，并按程序向导设置的时间发生酶反应。如果需要，灵活的程序向导可以对酶切和平衡使用不同的缓冲液。 |
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图4.在纯化开始前将蛋白酶溶液加到PreScission中。 |
在酶切完成后，将断裂的蛋白质从第一个亲和柱洗出，紫外检测器将检测在些峰并将它们收集到中间毛细环路中。未断裂的蛋白质、标记物、以及标记的蛋白酶（如果已使用）从亲和柱中洗脱，并收集在非选择峰的容器中。然后储存在该环路中的峰将被加入到下一步的色谱步骤中，并最终收集在微滴板中（见图5）。
图5.显示三步纯化（包括标记除去）的色谱
当第一个样品纯化后，第二个样品将进行纯化，直到单元内所有蛋白质被自动纯化为止。
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