RNAi 所需的方方面面
        有效的RNA干扰实验由两个基本步骤组成:1)找到有效的siRNA靶序列和2)在细胞中表达这些靶序列。在下面三篇文章中,我们详细叙述了完全满足这些步骤的三个载体系统。这些系统提供了简单快速的方法。psiCHECKTM载体(p2-6)提供了找到有效的siRNA靶序列的简单快速的方法。siSTRIKETM系统(p7-10)可用于快速简单地连接及表达寡聚核苷酸。siLentGeneTM-2载体系统(p11-14)提供了用于检测靶序列的快速盒式方法和将靶序列与载体系统连接的方法。
揭开RNAi上的神秘光环

应用生物发光报告基因优化RNAi
Promega公司:Jolanta Vidugiriene, Ph. D., Thomas Yeager, Ph. D., Brian Almond, Ph. D., Denise Garvin, M. S., Bod Bulleit, Ph. D., and Doug Storts, Ph. D.

  原文在Promega Notes 87, 2-6
  

        psiCHECKTM载体提供了用于优化RNA干扰(RNAi)的快速的定量方法。该载体可以通过检测融合报告基因的活性来显示靶基因的表达变化。在psiCHECKTM载体中海肾荧光素酶作为报告基因。插入的靶基因可以克隆到海肾荧光素酶翻译终止密码子下游的多克隆位点。针对靶基因的RNAi效应的启动导致包括海肾荧光素酶RNA序列在内的融合mRNA的剪切及后续的降解。RNA的降解导致海肾荧光素酶的活性下降。可以检测海肾荧光素酶活性的下降,同时可以用作检测RNAi对靶基因作用的一个方便指标。因此,psiCHECKTM载体可以用于RNAi活性的定量检测并且可以轻松地用于高通量研究领域。

不是所有的siRNA在抑制哺乳动物靶基因时都同样有效,因此找到最有效抑制靶基因表达的siRNA的序列非常重要。

前言
    主要的RNAi的功能性介导物是双链、21-23个核苷酸长度的短干扰RNAs (siRNAs)。siRNAs与RNA诱导的沉默复合体(RISC)相互作用,在这里,siRNAs作为识别及剪切互补靶mRNA的模板。合成的siRNAs,或以短发夹RNAs (shRNAs)表达的siRNAs可以被导入细胞并用于RNAi的诱导。并非产生的指向靶基因的siRNA在抑制哺乳动物靶基因时都同样有效,因此,找到最有效抑制靶基因表达的siRNA序列非常重要。新的有效siRNA的设计原则已经被提出(1-3)。目前的筛选技术以半定量,费时的方法为基础,不能简单地用于快速、多个siRNA/shRNA序列的同时筛选。但是,随着RNAi领域的不断进展,并采用了更多的高通量手段,用于确定siRNA效应的快速定量的筛选方法正在被人们所需要。

 

psiCHECKTM载体的介绍
    psiCHECKTM载体可以用于理想的定量选择siRNA靶位点,而且可以用于高通量应用。psiCHECKTM-1 (C8011)和psiCHECKTM-2 (C8021)载体都含有合成的海肾荧光素酶(hRluc)报告基因,用以监测RNAi活性。为了有利于靶基因与合成的海肾荧光素酶报告基因的融合,在海肾荧光素酶翻译终止密码子的3'端加上了数个内切酶位点(例如:多克隆区域)。这些内切酶位点可以用于感兴趣的基因与海肾荧光素酶报告基因的融合。由于海肾荧光素酶翻译终止密码子的存在,将不会产生非融合蛋白。所以,当插入靶基因时无需保持功能性开放阅读框。另外,还可以用这种设计进行毒性基因或片段的分析。

    我们推荐用psiCHECKTM-1载体监测RNAi在活细胞中的活性。海肾荧光素酶活性的变化可以用EnduRenTM活细胞底物(Cat. E6481)进行测定。这种方法可以连续监测细胞内的生物发光。可以连续2天监测海肾荧光素酶的表达而不会干扰细胞的正常生理状态。

    psiCHECKTM-2载体包含第二个报告基因-合成的萤火虫荧光素酶基因(hluc+), 是为终点裂解检测而设计的。海肾荧光素酶及萤火虫荧光素酶活性可以利用Dual-Luciferase® 报告检测系统(E1910) 或Dual-GloTM荧光素酶检测系统(E2920)进行测定。包含了萤火虫荧光素酶报告基因的psiCHECKTM-2载体使得海肾荧光素酶的表达变化与萤火虫荧光素酶的表达变化标准化,使得该系统的可信度及重现性都得到了提高。