染色质免疫沉淀分析（ChIP）是基于体内分析发展起来的方法，它能真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的最好方法。
原理：在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
操作步骤：
A.固定
 质量好的甲醛(sigma)
固定时间
B.细胞裂解
需要裂解充分
C.超声裂解（或Mnase）
裂解或酶解时间
注意温度
D.免疫沉淀
抗体选择（ChIP grade；
santa cruz，abcam，CST）
孵育的时间
离心问题
E.实验设计
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应用：
结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性，
表观遗传学研究。甲基化，去乙酰基化。
转录因子特异性结合研究。
组蛋白共价修饰与基因表达。
可以用来检测体内反式因子与DNA的动态作用。
ChIP- on-chip
ChIP-sequence
RNA-ChIP
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