• 基于深度学习的N6-甲基腺嘌呤位点精准识别：Deep-N6mA模型在表观遗传调控研究中的突破

  编辑推荐：DNA N6-甲基腺嘌呤（6mA）是表观遗传调控的关键标记，但其精准检测面临技术瓶颈。Salman Khan团队开发了Deep-N6mA模型，整合k-mer、DCC、TAC等6种特征提取方法，通过PCA降维和深度神经网络分类，在F. vesca和R. chinensis数据集上分别实现97.70%和95.75%的准确率，较现有方法提升4%以上，为6mA功能研究和疾病机制解析提供了高效工具。

  来源：BMC Medical Genomics 2.1

  时间：2025-03-30

• 揭秘十字花科五物种 14 - 3 - 3 基因家族：进化历程与功能奥秘

  为解决十字花科物种 14 - 3 - 3 基因家族系统特征及进化关系未明确的问题，研究人员开展了对拟南芥（Arabidopsis thaliana）、琴叶拟南芥（A. lyrata）等五物种 14 - 3 - 3 基因家族的全基因组鉴定等研究。结果发现该家族成员数量与基因组大小并非直接相关等。这为研究其功能机制奠定基础。

  来源：BMC Genomics 3.5

  时间：2025-03-30

• 约克夏猪繁殖与生产性状的共享遗传位点整合基因组分析揭示多效性基因网络

  编辑推荐：本研究针对约克夏猪繁殖性状遗传力低、与生产性状存在负遗传相关性的育种难题，通过GWAS鉴定出264,660个繁殖性状和12,460个生产性状关联位点，发现73个独立信号（如SCLT1/CAPN9）和1,062个共享位点。结合TWAS和COLOC分析揭示CENPE等关键基因的调控机制，GFBLUP模型使MLW预测准确率提升44%。为平衡猪育种中繁殖-生产性状的协同改良提供分子依据。

  来源：BMC Genomics 3.5

  时间：2025-03-30

• FOXC1远端调控元件位移作为人类疾病潜在机制的新证据

  本期推荐：FOXC1基因远端调控元件的功能解析为发育性眼病提供新机制

  来源：Human Genomics 3.8

  时间：2025-03-30

• 探秘线粒体季节节律：解锁健康与疾病的新密码

  为探究线粒体 DNA（mtDNA）丰度的影响因素及与疾病的关联，研究人员利用英国生物银行数据，开展关于季节对线粒体功能和遗传学影响的研究。结果发现 mtDNA 丰度存在季节性变化，且与多种疾病和死亡率相关。该研究有助于解释以往研究差异，改进风险预测。

  来源：Human Genomics 3.8

  时间：2025-03-30

• 辣椒抗疫病分子机制新探：转录组分析揭示关键基因与防御网络

  为探究辣椒抗疫病的分子机制，辽宁农业科学院等机构的研究人员以辣椒品种 “ZCM334” 和 “Early Calwonder” 为材料，开展转录组分析。结果发现多个关键基因和代谢途径，构建了防御信号网络模型，为辣椒抗疫病育种提供理论依据。

  来源：BMC Genomics 3.5

  时间：2025-03-30

• 基于牛津纳米孔序列数据库的宏基因组分析分类工具和可视化工具评估：探寻微生物分类的精准之道

  为解决微生物宏基因组鉴定受生物信息工具影响的问题，研究人员开展了对 Centrifuge、Kraken2 这两种分类器以及 Recentrifuge、Krona 两种可视化工具的研究。结果表明不同工具鉴定微生物的准确性有差异，这为合理选择工具提供了参考。

  来源：Journal of Applied Genetics 2.0

  时间：2025-03-30

• "低光与盐胁迫双重挑战下羊草 redox 稳态调控机制的多组学解析"

  本期推荐：羊草( Leymus chinensis )作为我国北方重要牧草常面临低光(LL)与盐胁迫(Salt)双重压力。黑龙江农科院与扬州大学联合团队通过整合转录组与代谢组分析，发现碳代谢通路下调、光呼吸(GO1)与GSH/GSSG氧化还原系统差异响应是LL-Salt协同作用的关键机制，为牧草抗逆育种提供新靶点。研究揭示细胞redox稳态在环境胁迫中的核心作用，发表于《BMC Genomics》。

  来源：BMC Genomics 3.5

  时间：2025-03-30

• SOAPy：解码空间组学微环境的Python利器——从分子动态到细胞互作的整合分析平台

  《Genome Biology》编辑推荐：空间组学技术虽能揭示组织微环境异质性，但缺乏系统分析工具。中科院上海营养与健康研究所团队开发了Python包SOAPy，集成空间域识别（STAGATE/GraphST）、张量分解（CP/Tucker）、细胞互作模型（Affinity-Strength评分）等算法，成功解析了乳腺癌（TNBC）、胚胎发育等多场景数据，首次实现接触型（COL1A1-ITGA1/ITGB1）与分泌型（VEGFB-FLT1）配受体对的差异化空间建模，为肿瘤免疫（TLS）和器官发育研究提供新范式。

  来源：Genome Biology 10.1

  时间：2025-03-30

• Physalideae族叶绿体基因组比较与系统发育基因组学分析揭示进化新见解

  为解决Physalideae族内系统发育关系争议，研究人员对55个物种叶绿体基因组(plastome)进行测序/重注释，通过比较基因组学发现Iochrominae和Physalidinae的单系性，鉴定9个正选择基因(涉及光合作用和核糖体自复制)，揭示plastome大小、功能基因数量与地理分布/生活史特征的进化解耦现象，为理解Solanaceae植物适应性进化提供新视角。

  来源：Plant Systematics and Evolution 1.5

  时间：2025-03-30

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