MACAW:一种半自动化检测基因组规模代谢模型错误的方法及其在人类和微生物代谢研究中的应用
编辑推荐:基因组规模代谢模型(GSMMs)在预测代谢通量和药物靶点发现中具有重要价值,但错误反应严重制约其应用。波士顿大学团队开发了代谢准确性检查与分析工作流(MACAW),通过死端测试、稀释测试、重复测试和循环测试四种算法,在人类、酵母和大肠杆菌GSMMs中成功识别并纠正了数百个反应错误,显著提高了Human-GEM对脂酸合成通路基因敲除的预测准确性,为代谢网络建模提供了创新工具。
来源:Genome Biology 10.1
时间:2025-03-29
基于深度变分高斯过程专家混合模型预测肠道微生物相关代谢物谱:精准洞察肠道微生态与健康的新突破
为解决当前肠道微生物代谢物预测模型存在的预测准确性、泛化性和可解释性问题,江南大学等机构的研究人员开展了基于深度变分高斯过程专家混合模型(DMoVGPE)预测肠道微生物相关代谢物谱的研究,结果表明该模型性能优异,为疾病研究和个性化医疗提供助力。
来源:BMC Bioinformatics 2.9
时间:2025-03-28
Akkermansia 单菌定植以菌株特异性方式调节小胶质细胞和星形胶质细胞:肠道菌群与中枢神经系统的新关联
为探究肠道菌群对中枢神经系统(CNS)中胶质细胞的影响,哈佛医学院研究人员以无菌小鼠为对象,开展 Akkermansia 单菌定植研究。结果发现,该菌可调节小胶质细胞和星形胶质细胞基因表达,且存在菌株特异性,这为神经疾病治疗提供了新方向。
来源:Journal of Neuroinflammation 9.3
时间:2025-03-28
孕期阴道微生物、代谢物与免疫的神秘互动:预测早产的新线索
为改善以白人为主的非临产孕妇自发性早产(sPTB)风险分层,研究人员分析了孕妇两个孕期时间点的阴道微生物群、代谢物、细胞因子和胎儿纤连蛋白(FFN)浓度。结果发现孕期阴道微生物群、代谢物和免疫反应存在动态变化,这些变化与 sPTB 相关,有助于提高 sPTB 风险分层。
来源:npj Biofilms and Microbiomes 7.8
时间:2025-03-27
衰老与微生物组:代谢建模揭示小鼠宿主 - 微生物组代谢互作的年龄相关性衰退
为探究微生物组在宿主衰老过程中的作用及机制,德国基尔大学等机构的研究人员结合多组学与代谢建模技术,对衰老小鼠展开研究。结果发现衰老会导致微生物组代谢活性降低,影响宿主代谢和健康。研究成果发表在《Nature Microbiology》杂志上,为我们理解衰老过程以及开发潜在的抗衰老疗法提供了新的视角
来源:Nature Microbiology 20.5
时间:2025-03-27
综述:微生物代谢物在调节固有淋巴细胞(ILCs)亚群中的作用及作为潜在治疗机制的研究
该综述聚焦微生物代谢物对 ILCs 亚群的调节作用,为 ILC 介导疾病的治疗提供新思路。
来源:Journal of Molecular Medicine 4.8
时间:2025-03-26
科学家第一次公开了人类宫颈干细胞的身份和分化过程
——韩国科学技术研究院和庆北大学漆谷医院、东国大学的联合研究小组在世界上首次公开了宫颈干细胞的身份。——发表在《自然通讯》上的这一研究成果,为利用乳酸菌和乳酸预防和治疗宫颈癌提供了新的可能性
利用甲烷高效生产 D - 乳酸:甲基单胞菌代谢工程新突破
为提升甲基单胞菌(Methylomonas sp. )DH-1 从甲烷生产 D - 乳酸(D-LA)能力,研究人员优化代谢途径,提高了产量和生产力,意义重大。
来源:Microbial Cell Factories 4.3
时间:2025-03-26
硫化氢代谢新突破:Acidithiobacillus ferrooxidans中 SQR 基因的奥秘与应用前景
在微生物硫代谢领域,<i>Acidithiobacillus ferrooxidans</i>备受关注。本文通过克隆并过表达该菌的两个硫化物醌还原酶(SQR)基因 AFE_0267 和 AFE_1792,发现它们均具 SQR 活性,且过表达可增强细胞生长、硫氧化及矿物浸出效率,为生物技术发展提供新思路。
来源:Applied and Environmental Microbiology 3.9
时间:2025-03-26
《突破传统认知:F420替代铁氧还蛋白,揭示深海乙烷厌氧氧化新机制》
为探究深海微生物乙烷氧化机制,研究人员分析了 Ca. Ethanoperedens thermophilum 和 Ca. Desulfofervidus auxilii 的菌群,发现 ACDS 和 Fwd/Fmd 可将乙烷氧化为<span data-custom-copy-text="\(CO_{2}\)"><span><span aria-hidden="true"><span><span style="height:0.8333em;vertical-align:-0.15em;"></span><span style="margin-right:0.07153em;">C</span><span><span style="margin-right:0.02778em;">O</span><span><span><span><span style="height:0.3011em;"><span style="top:-2.55em;margin-left:-0.0278em;margin-right:0.05em;"><span style="height:2.7em;"></span><span><span><span>2</span></span></span></span></span><span></span></span><span><span style="height:0.15em;"><span></span></span></span></span></span></span></span></span></span></span>并还原<span data-custom-copy-text="F420"><span><span aria-hidden="true"><span><span style="height:0.6833em;"></span><span style="margin-right:0.13889em;">F</span><span>420</span></span></span></span></span>,为微生物能量代谢研究提供新视角。
来源:BIOspektrum
时间:2025-03-26