禽副鸡禽杆菌HP60血清型基因组测序及其比较基因组学分析

本研究针对疫苗交叉保护力不足的难题，由南非自由州大学团队完成了C血清群HP60参考血清型的基因组测序，通过比较基因组学揭示了血清型间基因差异，为传染性鼻炎防控提供了关键分子基础。

　　

由禽副鸡禽杆菌（Avibacterium paragallinarum）引起的传染性鼻炎（Infectious coryza）对家禽养殖业构成持续威胁，尤其因血清型间缺乏交叉保护使得疫苗防控效果受限。该病原体被划分为A、B、C三个血清群，其中C血清群包含9个参考血清型。本研究聚焦于HP60血清型（分类标识C-4），该菌株分离自澳大利亚患病鸡群，现保藏于自由州大学。

研究团队采用特殊培养策略：在血琼脂平板上以表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis）作为伴生菌提供辅酶NAD⁺，于37°C微需氧环境培养24小时。随后在添加5% NAD⁺的胰蛋白酶大豆肉汤中进行扩增，并通过Labuschagne-Albertyn法提取基因组DNA（Deoxyribonucleic acid）。经物种特异性PCR（Polymerase Chain Reaction）和16S核糖核酸（16S ribosomal RNA）测序验证无污染后，使用Illumina MiSeq平台进行二代测序，获得2,203,752条双端读长（2×150 bp）。

通过SPAdes软件组装产生305个contigs，基因组总长度为2,427,563 bp，覆盖度30×，GC含量40.9%，N₅₀值为26,856，L₅₀值为32。经RASTS服务器注释及NCBI数据库BLAST比对，16S rRNA基因与参考序列（KC951276.1）匹配度达92%覆盖率和99.92%一致性。该基因组数据将为解析血清型特异性抗原差异、开发精准疫苗提供分子基础。

（本研究由南非自由州大学矿物生物地球化学中心完成）