同时测量单细胞中RNA的合成和降解速率，揭示了RNA动态变化的调控机制

《ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION》：Simultaneous Measurement of RNA Synthesis and Degradation Rates in Single Cells Unveils the Regulatory Mechanisms of Temporal RNA Dynamics

单细胞RNA合成与降解动态测序技术scDUAL-seq用于解析皮质醇响应中RNA动力学调控机制，揭示合成与降解协调调控的策略转变。

　　

摘要

在不同细胞类型或状态下，协调的RNA转录和降解的时间动态是异质的。然而，当前的转录组学方法无法同时测量单个细胞中的全转录组RNA合成和降解速率，从而无法解析动态过程中的RNA调控机制。在此，我们开发了scDUAL-seq技术，该技术结合了双核苷类似物脉冲标记、化学核苷转化和单细胞RNA测序技术，以记录异质细胞群体中的RNA转录和降解过程。与基于单核苷类似物标记的方法相比，scDUAL-seq能够同时记录RNA转录和降解情况，从而更准确地确定RNA动力学速率和RNA调控策略。在皮质醇响应模型中，scDUAL-seq能够发现驱动策略转换的关键调控因子，并阐明控制不同策略转换的RNA合成和降解速率的协调调控机制。预计scDUAL-seq将为多种生物过程中的RNA调控机制提供新的见解。

图形摘要

我们开发了一种基于双重代谢RNA标记的单细胞RNA测序方法（scDUAL-seq），用于同时测量单个细胞中的RNA合成和降解速率。该方法能够解析皮质醇响应过程中RNA动力学速率的细胞周期依赖性变化，识别潜在的调控策略，并阐明控制不同策略转换的RNA动力学速率的协调调控机制。

利益冲突

C.Y.、S.W.和S.L.是与本工作相关的专利申请的发明人。C.Y.是Dynamic Biosystems的联合创始人。其他作者声明没有利益冲突。