基于病毒编码CRISPR直接读取系统（VECOS）的多维度宿主-病毒互作分析

为解决传统CRISPR筛选在病毒感染研究中依赖细胞存活读出的局限性，来自某研究团队开发了病毒编码CRISPR直接读取系统（VECOS）。该系统通过将sgRNA文库直接整合至人巨细胞病毒基因组，实现了对病毒增殖过程的多阶段定量追踪，为宿主-病毒互作机制研究提供了突破性技术方案。

　　

通过病毒编码的CRISPR直接读取系统（VECOS），研究人员开创了一种病毒中心式的研究策略。该系统将单导向RNA（sgRNA）文库直接植入人类巨细胞病毒（HCMV）基因组中，使得嵌入病毒基因组的sgRNA丰度能够作为病毒增殖过程中基因扰动效应的直接定量读out。通过追踪病毒感染周期不同阶段的sgRNA水平，VECOS实现了对病毒-宿主相互作用的多维度精细解析。

该协议详细介绍了三个核心模块：首先利用细菌人工染色体（BAC）技术在双链DNA病毒中构建并重组复杂sgRNA文库；其次通过多代次筛选研究不同病毒感染阶段（如早期复制、晚期组装等）的基因扰动效应；最后采用综合数据分析框架对多代次、多阶段的sgRNA丰度测量值进行整合分析。整个实验流程需14-22周，要求研究者具备分子生物学操作技能，并对Unix系统基础操作和R语言编程有基本了解。

这项技术为揭示病毒增殖的分子机制和宿主-病毒相互作用提供了强大工具，尤其克服了传统以细胞存活为读出的CRISPR筛选在敏感性和阶段特异性方面的局限，使得研究人员能够定量解析感染全周期中宿主因子对病毒生命活动的调控网络。