利用双链DNA脱氨酶实现CRISPR扫描与靶向染色质可及性分析联用技术

来自国际团队的研究人员开发了TDAC-seq技术，通过整合CRISPR编辑与长读长测序，实现了单染色质纤维水平上遗传变异与染色质可及性的同步解析。该方法成功应用于人类CD34+造血干细胞中胎儿血红蛋白调控机制研究，为顺式调控元件的功能解析提供了单核苷酸分辨率的新范式。

　　

通过将CRISPR扫描技术与双链DNA脱氨酶介导的靶向染色质可及性分析相结合，本研究开发出TDAC-seq（靶向脱氨酶可及染色质测序）新方法。该技术利用胞苷脱氨酶和长读长测序手段，能够在内源性基因位点上实现靶向PCR扩增与测序，从而在单条染色质纤维层面解析CRISPR编辑对染色质开放状态的单核苷酸级影响。研究人员在人类CD34⁺造血干祖细胞（HSPCs）的红系分化过程中，应用该方法成功解析了激活胎儿血红蛋白表达的CRISPR编辑事件，并通过混合CRISPR和碱基编辑筛选技术对珠蛋白基因座增强子区域进行了系统性扫描。进一步扩展应用显示，该方法可单次检测与骨髓增殖性肿瘤风险相关的GFI1B增强子区域947个变异位点。TDAC-seq技术为基因组编辑领域的单分子染色质纤维序列-功能映射研究提供了高分辨率解决方案。