真菌小非编码RNA整合数据库FungiSNC的构建及其在真菌生物学与抗真菌治疗中的应用研究

本研究针对真菌小非编码RNA(sncRNA)研究数据分散、缺乏系统整合的问题，开发了首个真菌sncRNA综合数据库FungiSNC。该研究整合了29种真菌的989个NGS样本，涵盖siRNA、milRNA、phasiRNA等10类sncRNA，并开发了FungiBlast、FungiPred等分析工具。通过案例研究揭示了sncRNA在次级代谢产物合成中的调控网络，为真菌致病机制研究和抗真菌靶点发现提供了重要资源。

　　

在生命科学领域，真菌小非编码RNA(sncRNA)如同神秘的分子开关，调控着从发育到致病的关键过程。然而这个重要领域却面临着"数据孤岛"的困境——尽管高通量测序技术产生了海量数据，但缺乏专门针对真菌sncRNA的系统性数据库。现有数据库如RNAcentral仅零散收录真菌数据，而sRNATarBase等平台又专注于细菌或植物。这种碎片化现状严重阻碍了科研人员探索sncRNA在真菌感染、农业病害中的调控机制。

为破解这一难题，四川大学Xiaoqiang Lang领衔的研究团队在《Journal of Advanced Research》发表了开创性研究。他们构建了首个真菌sncRNA整合数据库FungiSNC，如同为真菌RNA研究搭建了"中央情报局"。该平台采用标准化分析流程：从NCBI SRA和实验室自测获取989个样本；使用Bowtie进行序列比对；通过miRDeep2预测新型microRNA样RNA(milRNA)；整合ShortStack鉴定siRNA簇；采用多算法组合(PhaseTank/Unitas/PHASIS)首次系统识别真菌phasiRNA；并开发了靶基因预测和差异表达分析工具。

"数据库内容与网络接口"部分显示，FungiSNC囊括29个真菌物种，包括致病菌(如烟曲霉)和模式生物(如酿酒酵母)。特别值得注意的是，研究者通过"案例研究"揭示了sncRNA的调控奥秘：在产紫色素的Aspergillus sydowii H1中，发现21 nt phasiRNA数量随色素积累而增加(2天20个→6天158个)，暗示其可能参与色素合成调控。WGCNA分析鉴定出58个共表达模块，其中Module-16和Module-53富含与次级代谢相关的基因，如甾醇代谢和TCA循环相关基因。

"材料与方法"部分详细阐述了技术创新点。研究者首次建立真菌phasiRNA检测流程，发现其在Aspergillus sydowii中可能通过调控EV