基于基因组学的狭域分布肥螈属（小鲵科）系统发育与物种界定研究揭示隐存生物多样性

这篇研究通过特定基因座扩增片段测序技术(SLAF-seq)构建高质量核基因组SNP数据集，结合多物种溯祖模型(MSC)、谱系分化指数(gdi)和地理隔离模型(IBD)，系统评估了中国特有肥螈属的物种边界。研究发现该属存在4个遗传独立、地理隔离的谱系，其分化历史达数百万年，为理解"天空岛"效应驱动的隐存物种（cryptic species）形成机制提供了新案例。

　　

Highlight

基于基因组学的系统发育与物种界定研究揭示，狭域分布的肥螈属（小鲵科）存在隐存生物多样性

Methods

本研究采用特定基因座扩增片段测序技术(SLAF-seq)，对采自大别山5个地理群体的118份肥螈样本进行基因组SNP检测。经过质控后获得285,694个高质量SNP位点，通过贝叶斯聚类分析(STRUCTURE)、主成分分析(PCA)和系统发育重建等方法解析群体遗传结构。

Results

1. 1.

   群体结构分析显示肥螈属存在4个遗传分化显著的谱系（K=4），对应不同地理区域

2. 2.

   谱系分化指数(gdi)计算表明各群体间gdi值均>0.7，符合物种分化阈值

3. 3.

   隔离-距离模型(IBD)证实地理隔离是维持谱系分化的关键因素

4. 4.

   分子钟估算显示谱系分化始于上新世（约5.3-2.6百万年前）

Discussion

1. 1.

   基因组证据支持将肥螈属划分为4个隐存物种

2. 2.

   "天空岛"效应和生态位保守性共同驱动了谱系长期隔离

3. 3.

   多方法整合策略（MSC+gdi+IBD）有效克服了传统物种界定中的过度分割问题

Conclusion

本研究首次从基因组层面揭示肥螈属的隐存多样性，为理解中国特有两栖类微域分布物种的形成机制提供了新模式。研究证实结合地理信息的整合分析方法在隐存物种鉴定中具有显著优势。