耐盐嗜热单孢菌DSM 44931高质量基因组草图解析及其生物降解潜能

来自美国能源部联合基因组研究所（JGI）的研究团队利用Pacific Biosciences（PacBio）测序技术，完成了耐盐嗜热单孢菌（Thermobifida halotolerans）DSM 44931的高质量基因组测序。该研究将原有74个支架的草图优化为仅含2个支架的5.5 Mb基因组（GC含量71.16%），注释出4,961个蛋白编码基因及22个CRISPR阵列，揭示了该菌株合成聚合物降解酶系的遗传基础，为开发新型生物降解技术提供了重要资源。

　　

这项研究报道了从中国云南盐矿分离的耐盐嗜热单孢菌（Thermobifida halotolerans）DSM 44931的高质量基因组草图。通过Pacific Biosciences（PacBio）Sequel平台生成139.4×覆盖度的CCS（环状一致性序列）读长，经Flye组装获得仅含2个线性支架（5,506,851 bp）的基因组，GC含量高达71.16%。

功能注释显示该基因组包含4,961个蛋白编码基因（占98.22%）和54个tRNA，其中1,151个基因编码酶类，1,177个与KEGG通路关联。特别值得注意的是检出22个CRISPR阵列和12个rRNA基因（4个5S/16S/23S rRNA各4个）。CheckM2评估显示基因组完整度达99.41%，污染率仅1.09%。

实验采用改良CTAB法提取DNA，通过PacBio Sequel平台获得N50为11,849 bp的读长。注释使用JGI集成流程，结合COG、Pfam等9个数据库，发现67.39%基因具有直系同源簇（COG）注释，21.42%编码跨膜蛋白。这些数据为解析该放线菌降解合成聚合物（如塑料）的分子机制奠定了基础。

研究由美国能源部支持，基因组数据将助力开发基于放线菌的生物催化技术，推动环境污染物生物治理的发展。