KDASDB：首个专注于肾脏疾病的可变剪接综合数据库构建与应用研究

为解决肾脏疾病中可变剪接(AS)事件缺乏系统化数据库的问题，四川大学华西医院团队开发了KDASDB数据库。该研究整合了2406个样本的90273个AS事件，涵盖29种肾脏疾病，鉴定出3354个人类和5638个小鼠新型AS事件，并开发了可视化查询工具。研究成果为揭示AS在肾脏疾病发病机制中的作用提供了重要资源平台，发表于《Computational and Structural Biotechnology Journal》。

　　

肾脏疾病已成为全球第五大非传染性疾病威胁，每年新增40万例肾癌病例，慢性肾病(CKD)全球患病率达9.5%。尽管可变剪接(AS)在疾病发生发展中起关键作用，但现有数据库多聚焦癌症领域，仅涵盖3种肾癌类型，缺乏对CKD、急性肾损伤(AKI)等常见肾脏疾病的系统研究。这种知识空白严重阻碍了肾脏疾病分子机制的深入探索和治疗靶点的发现。

四川大学华西医院生物医学大数据中心的研究团队通过整合2406个样本的RNA测序数据，构建了首个专注于肾脏疾病的可变剪接数据库KDASDB。该数据库涵盖29种肾脏疾病类型，包含90273个AS事件，鉴定出3354个人类和5638个小鼠新型AS事件，并开发了交互式可视化工具。研究成果发表于《Computational and Structural Biotechnology Journal》，为揭示AS在肾脏疾病中的调控机制提供了重要资源。

研究采用双流程分析策略，结合HISAT2-StringTie和STAR-Cufflinks工作流，从ENA和SRA数据库获取126个项目的人类和小鼠RNA-seq数据。通过rMATS识别5类AS事件(SE/A3SS/A5SS/RI/MXE)，计算PSI(percent spliced in)值评估剪接水平，并预测AS事件对蛋白结构域的影响。

研究结果显示，KDASDB包含52478个人类和41818个小鼠新型转录本。在人类数据中鉴定出9464个A3SS、7816个A5SS、2826个MXE、7682个RI和33590个SE事件。肾细胞癌(RCC)中AS事件最多(57346个)，约58%的AS事件影响蛋白结构域。通过VEGFA和SYK基因的案例验证，发现其AS事件与肾癌显著相关，与既往研究一致。

该数据库的创新性体现在三方面：首次系统整合多种肾脏疾病的AS数据；采用双流程分析提高结果可靠性；提供蛋白结构域影响预测功能。相比现有数据库，KDASDB覆盖疾病类型更全面，样本量更大，且支持跨物种比较。尽管目前仅基于rMATS分析，未来计划整合多组学数据，这将为理解肾脏疾病发病机制和开发新型诊疗策略提供重要线索。