海南特有竹节虫Pseudocentema liui线粒体全基因组测序及特征解析

来自广西师范大学的研究团队针对海南特有竹节虫Pseudocentema liui的线粒体基因组（mitogenome）空白问题，通过DNBSEQ平台测序和novoplasty组装技术，首次获得16,250 bp的环状双链结构，包含13个PCGs、22个tRNAs、2个rRNAs和D-loop区，其77%的A+T含量及特殊终止密码子使用模式为竹节虫目进化研究提供重要分子标记。

　　

科研团队在海南琼中(19.155°N, 110.332°E)采集到Pseudocentema liui标本，采用TIANamp试剂盒提取后腿肌肉DNA，通过DNBSEQ平台生成150 bp双端测序数据。经SOAPnuke质控后，20,004,183条高质量读段被novoplasty v.4.2.1软件(参数k-mer=39)组装成16,250 bp环状线粒体基因组，以Neohirasea stephanus(登录号OL405132)为参考序列。

MITOS2在线工具结合MEGA v.11手动校验显示：该基因组含13个蛋白编码基因(PCGs)，其中cox1等6个基因以ATG起始，cox2等4个基因偏好ATA，atp8独特性使用ATC。终止密码子呈现多样化，nad3和cob采用TAG，cox2和nad5为不完整T-结构，通过转录后多聚腺苷酸化补全。22个tRNA长度64-70 bp，rrnL(1,235 bp)和rrnS(762 bp)构成核糖体RNA组件。

值得注意的是，基因排布显示23个基因位于重链(H链)，14个基因分布于轻链(L链)。atp8-atp6存在7 bp重叠区，而nad4L-nad4出现5 bp间隔区。GC含量分布图(图1)直观呈现基因簇特征，控制区(D-loop)结构待进一步解析。该成果为竹节虫目(Lonchodidae)系统发育研究提供了首个Pseudocentema属的分子基线数据。