萝卜端粒到端粒基因组组装揭示抽薹性状QTL定位的关键调控机制

本研究通过结合Oxford Nanopore、PacBio和Hi-C测序技术，首次完成萝卜品种C60213的T2T（端粒到端粒）无间隙基因组组装（472.71 Mb），鉴定出7个与抽薹开花相关的主要QTL位点，并发现RsMIPS3基因通过下调表达调控抽薹时间，为十字花科作物分子育种提供了重要靶点。

　　

Highlight亮点

端粒到端粒无间隙基因组组装

选用晚抽薹萝卜品种C60213，通过牛津纳米孔（ONT）、PacBio和Hi-C测序技术的联合应用，成功构建了覆盖9条染色体的472.71 Mb高质量T2T基因组。重复序列占比59.72%，以长末端重复序列(LTR)为主，注释到49,768个蛋白质编码基因（功能注释率97.38%），解决了传统基因组组装中着丝粒和端粒区域的缺口问题。

Discussion讨论

作为富含维生素和硫代葡萄糖苷的重要十字花科作物，萝卜基因组因重复区域复杂长期存在组装缺口。本研究首次实现全染色体无间隙覆盖，通过F₂群体构建的高密度遗传图谱定位到8个抽薹相关QTL区间。转录组分析发现肌醇-1-磷酸合成酶3（RsMIPS3）在抽薹过程中表达下调，拟南芥过表达实验证实其延迟抽薹的功能，为十字花科作物花期调控提供了新机制见解。

Plant materials and genome sequencing材料与方法

选取晚抽薹品系C60213的健康幼苗叶片提取DNA，使用Qiagen试剂盒构建15 kb文库，通过ONT PromethION和PacBio Sequel II平台测序。采用Hi-C技术辅助染色体挂载，结合Merqury评估基因组质量（QV>40），最终获得连续性指标Contig N50达35.7 Mb的染色体级别组装。

Data availability数据可用性

基因组原始数据已存储于国家基因组科学数据中心（GSA: CRA026747），转录组数据可通过NCBI SRA数据库获取（登录号SUB13879477）。所有分析脚本和定制代码公开于GitHub仓库（https://github.com/Rsativus/T2T_assembly）。