番茄黄化曲叶Kanchanaburi病毒全基因组测序揭示菲律宾番茄作物减产关键病原

来自菲律宾的研究人员针对番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)造成的重大农业损失，完成了该国首例TYLCV Kanchanaburi毒株(DNA-A和DNA-B)全基因组测序。通过二代测序和生物信息学分析，鉴定出与参考基因组相似度达99.38%(DNA-A)和98.51%(DNA-B)的双组分病毒基因组，为早期分子检测和病毒防控提供了关键靶点。

　　

番茄产业正面临隐形杀手的威胁——番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV)作为双生病毒科(Geminiviridae) Begomovirus属的代表种，通过白粉虱(Bemisia tabaci)传播肆虐菲律宾番茄田。科研团队从莱特省奥莫克市的染病叶片中，采用经典的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取病毒基因组DNA，经液氮速冻研磨后，通过60°C热激裂解和异丙醇沉淀获得高质量核酸。

借助NextSeq 1000平台P2 300循环双端测序，41,573,995条原始读数经Trimmomatic v0.36质控后，通过minimap2.17比对组装出2,752bp的双组分基因组。令人震惊的是，DNA-A与泰国Kanchanaburi毒株(NC_005812.1)的相似度高达99.38%，而DNA-B组分(NC_005811.1)匹配度也达98.51%。正交ANI分析更显示两基因组覆盖度均达100%，ANIb分数分别为97.30%和97.75%。

功能注释揭示DNA-A编码的复制相关蛋白(Rep)含双子病毒特征催化域，涉及病毒DNA合成(GO:0039687)和基因组复制(GO:0019058)；而DNA-B则靶向宿主内质网膜，暗示其参与病毒-宿主互作。系统发育树显示菲律宾分离株与Kanchanaburi毒株形成紧密进化分支，自展值>80%。这项研究为东南亚地区TYLCV流行株的分子诊断提供了黄金标准，其揭示的病毒复制机制为开发新型抗病毒策略点燃希望。