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长链非编码RNA CASC家族成员在结直肠癌中的潜在作用及临床应用价值:基于转录组数据的系统研究
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年08月04日 来源:International Journal of Genomics 1.9
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这篇研究通过生物信息学分析结合实验验证,系统揭示了长链非编码RNA(lncRNA)CASC家族(CASC15/16/8/9/19/18)在结直肠癌(CRC)中的关键作用。研究基于TCGA数据库筛选出6个核心lncRNA,其诊断AUC值均>0.7,并通过lncRNA-蛋白互作网络发现LIN28B/IGF2BP2关键节点。实验证实CASC15敲除可抑制CRC细胞迁移侵袭(p<0.01),且其表达水平与TNM分期正相关。该研究为CRC早期诊断和免疫治疗靶点开发提供了新思路。
结直肠癌(CRC)作为全球第三大高发恶性肿瘤,其转移和化疗耐药仍是临床主要挑战。近年研究发现,癌症易感候选(CASC)基因家族中的长链非编码RNA(lncRNA)在肿瘤发生中发挥重要作用,但多数成员功能尚未明确。本研究通过整合转录组数据和实验验证,系统探索CASC家族在CRC中的调控机制。
研究团队从TCGA-COAD_READ数据库获取582例CRC和51例癌旁样本,通过limma包筛选差异表达基因(DEGs)。采用LNCSEA2.0工具进行功能富集分析,Cytoscape构建lncRNA-蛋白互作网络。免疫浸润分析结合CIBERSORT和ssGSEA算法,体外实验通过qRT-PCR和Transwell验证基因功能。
3.1 DEGs特征
共鉴定2326个DEGs,其中1572个上调基因显著富集于EMT、转移和细胞增殖通路。
3.2 核心lncRNA筛选
6个CASC家族成员(CASC15/16/8/9/19/18)被确定为枢纽基因,诊断效能突出:CASC19的AUC达0.98,PCA分析显示其可清晰区分癌与癌旁组织。
3.3 互作网络解析
LIN28B和IGF2BP2与所有6个lncRNA存在相互作用,二者已知通过调控Wnt/β-catenin和PI3K/AKT/mTOR通路影响CRC进展。
3.4 免疫调控特征
CASC15与基质评分显著正相关(R=0.45),且与CD4+记忆T细胞浸润密切相关。通路分析显示其激活TGF-β、NOTCH等促癌信号。
3.5 临床关联性
高表达CASC15患者无进展生存期更短(p<0.05),其表达量随TNM分期升高而递增。体外实验证实,沉默CASC15可使SW1116细胞迁移率降低63.2%(p<0.01)。
研究发现CASC15通过吸附miR-4310激活LGR5/β-catenin轴,与既往报道的EMT调控机制一致。值得注意的是,LIN28B/IGF2BP2作为枢纽蛋白,可能通过调控TME中巨噬细胞和CD8+T细胞浸润影响免疫治疗响应。
该研究首次建立基于CASC家族lncRNA的CRC诊断模型,揭示其通过多重通路调控肿瘤免疫微环境的分子机制,为开发新型液体活检标志物和联合免疫治疗策略提供理论依据。
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