印度尼西亚热泉中Geobacillus icigianus ID-2的全基因组测序及其工业酶潜力解析

来自韩国的研究人员对印度尼西亚热泉分离的Geobacillus icigianus ID-2进行全基因组测序，揭示其3,816个基因及4种甲基化模式。该研究通过PacBio Revio和Illumina NovaSeq平台完成高质量基因组组装（GC含量51.5%，覆盖度1051.1×），发现C4/C8酯酶/脂肪酶活性基因及I-B/II-C/III-B型CRISPR系统，为工业酶生产和基因组编辑提供了新型微生物平台。

　　

在印度尼西亚爪哇岛Tangkuban Perahu热泉（坐标6°45′42″S, 107°37′4″E）分离的Geobacillus icigianus ID-2菌株，经PacBio Revio系统测序获得3,803,328 bp环形染色体（N₅₀ 9,051 bp），GC含量51.5%。基因组注释显示其编码3,463个蛋白编码基因、89个tRNA和5个ncRNA，并携带26个rRNA基因（5S/16S/23S分别为8/9/9）。

甲基化分析发现4种独特修饰模式：III型限制修饰系统（GCC^6mAT）、II型系统（CTGC^6mAG，与PstI同工酶）及两种I型系统（G^6mATNNNNNNRTTC和AC^6mANNNNNNRTCG）。该菌株的XRN34578.1基因预示C4/C8酯酶/脂肪酶活性，与同源地分离的Geobacillus thermodenitrificans ID-1特性相似。

值得注意的是，ID-2基因组含有I-B、II-C和双拷贝III-B型CRISPR阵列，暗示其在基因组编辑和工业酶开发中的应用潜力。研究采用Trimmomatic和FastQC进行Illumina短读长数据质控，通过SMRTlink v13.1检测表观遗传标记，为嗜热菌的酶稳定性机制研究提供了新视角。