香港雨水渠中两种染料脱色气单胞菌的全基因组测序及降解机制解析

来自香港的研究人员从雨水渠中分离出两株具有染料脱色能力的Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila PSKL.DP和Aeromonas dhakensis PSKL.DM，通过Illumina NovaSeq和Nanopore MinION混合组装获得4.84 Mb（61.50% G+C）和4.82 Mb（61.49% G+C）的完整基因组，鉴定出tpmD、azoR、Dyp型过氧化物酶等降解三芳甲烷染料的关键基因，为环境微生物修复提供新资源。

　　

在香港某雨水收集渠（坐标22.264420°N, 114.130481°E）的采样中，研究者捕获了两株神奇的"环境清洁工"——紫色菌落Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila PSKL.DP和白色菌落Aeromonas dhakensis PSKL.DM。这些革兰阴性兼性厌氧菌（Gram-negative facultative anaerobes）在含亚甲蓝、孔雀石绿等染料的培养基上展现出惊人的脱色能力。

科研团队采用"长短读长混合战术"：Illumina NovaSeq提供精确的250bp短读长（总计1.55Gb数据），配合Nanopore MinION的超长读长（N50达13,594bp），通过Unicycler组装出两株菌的环形染色体。有趣的是，虽然二者基因组大小相近（约4.8Mb），但PSKL.DM独享三苯甲烷加氧酶（tpmD）基因PUB92_03280，而两株菌都装备了双份的偶氮还原酶（azoR）——就像生物降解界的"瑞士军刀"。

注释分析揭示更多"武器库"：Dyp型过氧化物酶（PUB83_13030/PUB92_02640）、漆酶（lacA）、酪氨酸酶等降解酶基因。尤其值得注意的是，这些菌株与已知病原菌A. hydrophila ATCC7966的基因组相似度达96.84%，暗示环境菌株可能通过水平基因转移获得降解能力。测序数据已存入NCBI（登录号CP117918-CP117919），为微生物修复染料污染提供了新的"基因蓝图"。