中国腹泻猪中新发现人畜共患Gemykibivirus的宏基因组鉴定及其跨种传播进化研究

（编辑推荐）本研究通过宏基因组测序（mNGS）在中国腹泻猪体内鉴定出一种新型Gemykibivirus（pGkV），其基因组结构与人类源毒株高度相似，系统发育分析揭示其属于人畜共患Gemykibivirus（ZooGkV）分支。研究首次证实猪源毒株与人类临床分离株的CAP/REP蛋白完全一致，并通过重组信号分析揭示了该属病毒的跨宿主传播机制，为CRESS-DNA病毒（Rep-encoding ssDNA）的进化与公共卫生风险提供了关键证据。

　　

3.1 猪源新型病毒的发现与基因组特征
通过MGISEQ-2000平台单端测序（SE100）从腹泻猪样本中鉴定出2200 nt的环状单链DNA病毒，其非核苷酸基序[TAAAATTTA]和双向编码的CAP/REP蛋白（含rep基因内含子）符合CRESS-DNA病毒特征。基因组注释显示该病毒与已知猪源Gemykibivirus差异显著，被命名为pGkV。

3.2 Gemykibivirus属的系统发育重构
基于216个CRESS-DNA病毒REP蛋白的最大似然树显示，pGkV与Genomoviridae科形成100%支持率的单系群，进一步属级分析（84个代表株）确认其归属于Gemykibivirus（支持率88%）。跨宿主谱系分析揭示该属涵盖哺乳动物、鸟类乃至昆虫宿主，而pGkV与人类临床分离株聚集成"ZooGkV"分支（支持率100%），提示潜在人畜共患传播链。

3.3 pGkV的进化矛盾与宿主适应性
单倍型网络分析显示pGkV与禽源毒株（MW182892.1）仅差5个SNP，但CAP/REP蛋白却与人类毒株（PP270195.1）100%同源。突变图谱揭示基因组前段与禽源毒株相似，后段更接近人源株，这种"嵌合"特征暗示跨宿主重组可能。二级结构比对发现，其REP蛋白的α-螺旋与β-折叠结构与人类毒株完全重叠，而不同于其他猪源毒株。

3.4 重组驱动的新病毒株演化
SplitsTree网络拓扑和PHI检验（p=0.0038）证实ZooGkV分支存在显著重组事件。比较基因组学显示，pGkV可能通过禽-人毒株重组获得跨宿主感染能力，该机制或解释为何其系统发育位置与蛋白保守性存在矛盾。

4.1 公共卫生意义与未解之谜
ZooGkV分支包含法、中、巴西等多国人类病例分离株，涉及脑炎、急性呼吸窘迫综合征等临床表现。虽然pGkV样本中同时检出非洲猪瘟病毒等共存病原，但其与人类毒株的结构同源性提示需警惕"溢出风险"。目前该属病毒尚未成功分离，限制其致病机制研究，但全球范围内持续出现的临床关联病例（如尼泊尔腹泻患者）凸显监测必要性。

5. 结论
pGkV的发现拓展了Gemykibivirus的宿主范围，其基因组"禽源骨架+人源功能蛋白"的独特模式，结合重组信号分析，为ssDNA病毒的跨种传播提供了分子模板。研究强调应建立动物-人类病原体协同监测网络，特别是关注CRESS-DNA病毒在畜禽养殖场的进化动态。