海洋藻类来源Shewanella algae JC874的基因组测序及其潜在捕食特性研究

来自印度的研究人员针对海洋大型藻类抗菌特性展开研究，通过对Codium sp.藻类样本的抗菌实验，意外分离出具有捕食特性的Shewanella algae JC874菌株。该团队采用二代测序技术完成其4.8 Mb基因组测序，发现其可能具有类似噬菌体的溶菌特性，为研究细菌间捕食行为提供了新的基因组资源。基因组完整度达99.46%，包含4,206个蛋白编码基因。

　　

在印度泰米尔纳德邦马纳尔湾的普杜马丹海域(坐标9.2771°N, 78.9939°E)，研究人员从采集的Codium sp.宏藻样本中发现有趣现象：当1 cm×1 cm藻块置于Bacillus tequilensis JC1001的LB培养基平板上时，37°C培养24小时后出现明显抑菌圈。通过混合培养划线法观察到类似噬菌斑的特殊溶菌斑，经分离纯化获得JC874菌株。

16S rRNA基因测序(引物27F/1492R)显示该菌株与Shewanella algae JCM21037^T型菌株相似度达99.3%。采用NovaSeq 6000平台进行150 bp双端测序，经fastp质控后获得34,201,152条高质量reads。Unicycler组装产生71个contigs，基因组大小4.8 Mb，N₅₀达305.5 kb。Bowtie2比对显示98.7%的reads能准确回贴至组装序列。

注释分析揭示该基因组含4,206个蛋白编码基因、3个rRNA和95个tRNA，GC含量53%。通过NCBI PGAP流程评估显示基因组完整度99.46%，污染率仅0.04%。值得注意的是，纯培养条件下不形成溶菌斑的特性暗示JC874可能具有新型细菌捕食机制，这为理解微生物间相互作用提供了重要线索。该基因组数据已存入NCBI数据库(登录号JAWJDV000000000)。