基于SEALigHTS技术的遗传性癌症RNA剪接分析：一种经济高效的高通量诊断新策略

本研究针对遗传性癌症诊断中RNA剪接变异检测的瓶颈问题，开发了SEALigHTS（剪接与表达连接高通量测序）技术。通过设计覆盖42个癌症易感基因的2195个探针，该技术实现了多患者样本的同步RNA剪接分析，在验证阶段展现出96%的灵敏度和94%的特异性。研究不仅成功检出已知剪接变异，还揭示了深内含子变异和转座子插入的致病机制，显著提升了诊断率并为VUS（意义未明变异）分类提供新依据。该成果为临床遗传诊断提供了经济高效的RNA分析方案。

　　

遗传性癌症的诊断一直是临床遗传学的重大挑战。尽管二代测序(NGS)技术已广泛应用，但仍有大量患者深陷"诊断困境"——英国10万人基因组计划显示，整体诊断率仅25%，而在癌症遗传学领域，约70-90%具有明显家族史的患者仍无法获得明确诊断。造成这一现状的关键瓶颈在于：大量基因组变异的功能影响难以判定，特别是那些可能破坏RNA剪接的深内含子变异或非经典剪接位点变异。这些"意义未明变异"(VUS)不仅阻碍临床决策，更给患者家庭带来长期心理负担。

为突破这一困境，法国鲁昂大学医院等机构的研究团队开发了革命性的SEALigHTS（剪接与表达连接高通量测序）技术。这项发表于《The Journal of Molecular Diagnostics》的研究，通过创新性的探针连接策略，实现了经济高效的多基因RNA剪接分析，将遗传性癌症的诊断率提升至新高度。

研究采用三阶段实验设计：首先针对42个乳腺癌/卵巢癌和结直肠癌易感基因设计2195个外显子边界探针；随后通过40例训练样本优化实验参数；最终在独立实验室验证56例样本并应用于151例临床患者。关键技术包括：基于独特分子标识符(UMI)的连接探针定量、自动化生物信息学流程（开源代码发布于GitHub平台）、以及严格的质控标准。

主要发现：

1. 技术验证：在包含23种外显子跳跃、3种内含子保留、2种伪外显子和4种复杂剪接异常的验证队列中，SEALigHTS展现出96%的灵敏度与94%的特异性，成功检出所有已知变异类型。
2. 临床突破：在37例经DNA panel筛查阴性的高危患者中，发现5例新诊断，包括1例深内含子变异导致的隐蔽剪接缺陷；在114例连续就诊患者中，揭示6个基因组变异存在意外剪接影响。
3. 机制探索：首次报道ATM基因中LINE-1转座子插入通过产生隐蔽剪接位点导致外显子跳跃，为转座子介导的遗传病机制提供新证据。

这项研究的创新价值体现在三个维度：诊断层面，通过DNA/RNA联合分析将VUS分类效率提升40%；技术层面，相较传统RT-PCR将通量提高百倍且成本降低60%；科学层面，揭示基因组变异与剪接异常的复杂关联网络。正如讨论部分强调的，SEALigHTS不仅填补了临床剪接分析的空白，其模块化设计更便于扩展至其他遗传病领域，为精准医学时代的全面变异解读树立新标准。