中国大腹海马源神经坏死病毒(NNV)近全长基因组解析及其进化意义

来自中国的研究团队针对水产养殖中神经坏死病毒(NNV)持续变异威胁疫苗效力的难题，完成了大腹海马(Hippocampus abdominalis)源NNV毒株的基因组测序。该研究获得4,689 bp近全长基因组(GC含量46.11%)，其衣壳蛋白(CP)基因与NNV SD/19中国株达99.1%相似性，为NNV分子流行病学追踪及新型疫苗设计提供了关键数据支撑。

　　

科研人员从中国广州养殖场出现异常游动、体色变暗症状的大腹海马中分离到一株神经坏死病毒(NNV)。通过高通量测序技术，该团队成功组装出4,689碱基的近全长基因组序列，GC含量为46.11%。基因组分析显示，该毒株编码的衣壳蛋白(CP)与RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)分别与中国NNV SD/19株和意大利IZSM 103888株保持99%以上的核苷酸相似性。

实验采用Illumina NovaSeq 6000平台进行双端150 bp测序，使用SPAdes软件进行从头组装。特别值得注意的是，病毒衣壳蛋白基因通过特异性引物(正向：5′-GTCGGCTGATACTCCTGTGTG-3′；反向：5′-CTCCAGTTCCAAGGCTGTAGT-3′)成功扩增，PCR条件优化为98℃预变性1分钟后，进行25个循环的98℃ 30秒、55℃ 10秒、72℃ 20秒反应。

系统进化树分析表明，该毒株CP基因与2023年中国分离的海马源NNV SD/19株亲缘关系最近。这些发现为理解NNV跨宿主传播规律提供了新线索，对开发广谱水产疫苗具有重要指导价值。研究获得国家自然科学基金等多项资助支持。