微生物组单细胞 RNA 测序新方法 smRandom-Seq：解析菌群异质性的高效工具

传统群体转录组学难以揭示细菌群落异质性。研究人员开发液滴式高通量单细胞微生物 RNA 测序方法（smRandom-seq），可实现高物种特异性和灵敏的基因检测，涵盖样本预处理、原位反应及建库等流程，为菌群异质性等研究提供新工具。

　　

细菌几乎定殖于人体各部位及多种环境，展现出显著多样性。传统群体水平的转录组学检测仅能提供群体平均行为特征，常忽略细菌群落内的异质性。为解决这一局限，研究人员开发了一种基于液滴的高通量单细胞微生物 RNA 测序方法（smRandom-seq），该方法可实现高物种特异性和高灵敏度的基因检测。本文详细介绍了微生物样本预处理、原位预索引 cDNA 合成、原位聚腺苷酸（poly (dA)）加尾、液滴条形码标记、核糖体 RNA（rRNA）耗竭及文库制备等流程。smRandom-seq 主要工作流程（包括样本处理、原位反应和文库构建）耗时约 2 天，具有增强的 RNA 覆盖范围、降低的双细胞率和最小化的核糖体 RNA 污染等特点，能够深入分析微生物异质性。该方法适用于实验室培养的微生物和复杂微生物群落样本，非常适合构建细菌菌株和不同微生物群落的单细胞转录组图谱。本实验方案需要分子生物学和 RNA 测序技术经验，为研究细菌耐药性、微生物组异质性和宿主 - 微生物相互作用的研究人员提供了有前景的工具。