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为探究不动杆菌噬菌体与其宿主的遗传特征及在生物修复中的潜力，研究人员对从新加坡热带红树林沼泽共分离的不动杆菌噬菌体 At2 及其宿主不动杆菌（Acinetobacter tandoii）W4-4-4 株进行基因组分析，揭示其携带抗生素抗性基因等特征，为相关应用研究提供依据。
不动杆菌噬菌体 At2 及其宿主不动杆菌（Acinetobacter tandoii）W4-4-4 株的基因组序列研究
不动杆菌（Acinetobacter tandoii）首次在澳大利亚的活性污泥中被发现，也存在于白蚁肠道微生物群中，并表现出苯酚降解特性。噬菌体与宿主细菌在自然环境中共存，推动进化并可能增强其生物修复应用（如苯酚降解）。本研究报道了从新加坡城市沿海沼泽咸水中共分离的不动杆菌 W4-4-4 株和裂解性不动杆菌噬菌体 At2 的草图基因组。
细菌宿主通过在鲍曼富集培养基、利兹不动杆菌培养基琼脂和溶原肉汤琼脂中于 37℃培养进行顺序培养分离。随后通过使用含 0.6% 软琼脂的双层琼脂在宿主单一培养物上形成噬菌斑，从同一样本中分离出噬菌体。根据 CLSI 标准，通过纸片扩散法评估抗生素敏感性。使用 QIAGEN DNA Mini Kit 从细菌菌落和噬菌体裂解物中提取 DNA，通过 Nanodrop 和 Qubit HS dsDNA 检测测量浓度。使用 Illumina HiSeq 平台上的 Nextera XT DNA 文库制备对基因组进行测序，产生 5,293,391 条宿主读数和 773,186 条噬菌体读数。使用 FastQC v0.72 和 Trimmomatic v0.36.5 进行质量检查和接头修剪。使用 Unicycler Galaxy 版本 0.4.6.0 进行从头组装。使用 TYGS 服务器中的 dDDH 分析进行宿主物种鉴定。分别使用 NCBI 原核基因组注释管道 4.9 和 Prokka 1.13 对宿主和噬菌体基因组进行注释。使用 ResFinder 3.2、VFDB VFanalyzer、CRISPRCasFinder 和 PHASTEST 预测抗生素抗性基因、毒力因子、CRISPR 阵列和噬菌体区域，所有软件工具均使用默认参数。
不动杆菌 W4-4-4 株具有 3,575,445 bp 的基因组（GC 含量为 40.15%）。草图组装由 50 个重叠群组成（覆盖深度为 373×；N50为 312,393 bp），包含 3,276 个编码 DNA 序列（CDS）基因、60 个假基因、66 个 tRNA 和 3 个 rRNA。它携带 blaOXA基因，与不动杆菌中固有的碳青霉烯酶 blaOXA-664具有 92.63% 的核苷酸同一性。表型上，它对包括碳青霉烯类在内的多种抗生素敏感。未检测到 CRISPR 阵列，但鉴定出两个完整的原噬菌体区域（34.5 kb 至 38 个 CDS 和 39.1 kb 至 43 个 CDS）和一个可疑的原噬菌体区域。
不动杆菌噬菌体 At2 具有 75,793 bp 的环状基因组（GC 含量为 39.47%；覆盖深度为 3,131×）。它编码 99 个 CDS 和 2 个 tRNA，其中 87 个（87.8%）为假设蛋白。它具有两种 N4 样 RNA 聚合酶（病毒粒子相关 RNA 聚合酶和 RNA 聚合酶 II）和一种单链 DNA 结合蛋白，表明其基因组注入机制类似于噬菌体 N4。其他与复制相关的基因编码 DNA 聚合酶 I、DNA 解旋酶、DNA 引物酶、ATP 酶、核糖核苷酸还原酶和胸苷酸合成酶。鉴定出的结构蛋白包括基板枢纽、尾纤维和尾末端酶成分。与 N4 蛋白的同源性表明存在保守的 N4 样基因组注入和复制机制。噬菌体 At2 属于有尾噬菌体纲（Caudoviricetes），分别与感染贝氏不动杆菌（Acinetobacter beijerinckii）的肌尾噬菌体科噬菌体 nACB1 和皮特不动杆菌（Acinetobacter pittii）的噬菌体 VB_ApiP_XC38 具有 67% 和 70% 的氨基酸同一性。
本研究由新加坡教育部学术研究基金 RG87/21、卓越研究中心 IDMxS 和李光前医学院的 COVID-19 资助。S.K.W. 获得南洋理工大学研究奖学金支持。
