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本文综述高速原子力显微镜(HS-AFM)在解析核孔复合体(NPCs)与染色质动态互作中的关键作用,涵盖 NPCs 结构功能、与基因组守护者的相互作用、在疾病(如癌症、病毒感染)中的动态异常,以及 HS-AFM 技术的未来发展方向。
高速原子力显微镜(HS-AFM)技术革新与生物医学应用
原子力显微镜(AFM)自真空环境应用起源,凭借纳米级分辨率及无需染色、可在液体环境成像的特性,成为生物样本表面结构研究的重要工具。传统 AFM 成像速度较慢(约 30 秒 / 帧),难以捕捉动态生物过程,而高速原子力显微镜(HS-AFM)通过采用小而快的低刚度悬臂、精密激光检测及高速反馈系统,将时间分辨率提升至毫秒级(最快 100 毫秒 / 帧),可实时观察生物分子动态行为,且对样本损伤极小。
HS-AFM 在生物医学领域应用广泛,可研究跨膜蛋白与细胞膜的实时相互作用、细胞骨架结构动态、核酸与结合蛋白的作用机制,甚至能观察病毒蛋白对接、细胞凋亡过程中核孔复合体(NPCs)的结构变化等。与传统成像技术相比,HS-AFM 无需固定样本,能在近生理条件下提供动态信息,弥补了透射电子显微镜(TEM)、扫描电子显微镜(SEM)等技术在动态观察方面的不足。
核孔复合体(NPCs)的结构与动态研究
核孔复合体是核质运输的关键分子通道,结构类似多层蜘蛛网,由核孔蛋白(Nups)组成,包括维持结构的支架 Nups 和形成选择性屏障的 FG(苯丙氨酸 - 甘氨酸)富集 Nups。其功能不仅限于物质运输,还涉及细胞周期调控、基因表达、DNA 修复、表观遗传调控等,与癌症、病毒感染、神经退行性疾病等密切相关。
传统成像技术难以捕捉 NPCs 的动态变化,而 HS-AFM 通过实时观察发现,NPCs 中的 FG-Nups 呈高度动态 “蜘蛛网” 状,通过伸展、收缩及形成瞬时结来调节物质运输。在结直肠癌(CRC)细胞中,FG-Nups 丝变得紊乱、粗厚,结形成增多,导致 NPCs 弹性下降,运输功能受损。细胞凋亡过程中,NPCs 结构崩溃,FG-Nups 屏障瓦解,表现为孔径缩小、丝缠绕加剧、灵活性丧失。
HS-AFM 还揭示了病毒与 NPCs 的相互作用机制。例如,新冠病毒(SARS-CoV-2)的 ORF6 蛋白通过疏水作用自组装形成圆形或线性原纤维,隔离核孔蛋白 Rae1 和 Nup98,抑制 mRNA 输出,干扰宿主免疫反应。其淀粉样特性可能导致细胞功能障碍,与 COVID-19 患者的并发症相关。
染色质与核小体的动态研究
染色质组织对基因组完整性和基因表达调控至关重要,HS-AFM 为染色质动态研究提供了新视角。核小体作为染色质基本单位,由 DNA 缠绕组蛋白(H2A、H2B、H3、H4)构成。
研究发现,组蛋白 H2A 与 DNA 的相互作用呈现类似 “尺蠖” 的动态缠绕运动,且受成像底物影响显著。组蛋白变体 H2A.Z 核小体可在 DNA 上自发滑动,暴露调控序列,其不稳定性高于经典 H2A 核小体,这一特性可能与基因转录激活相关。着丝粒核小体研究显示,CENP-A 核小体比 H3 核小体更稳定,有助于维持有丝分裂中着丝粒的结构完整性。
在精子染色质浓缩过程中,鱼精蛋白(PRMs)替代组蛋白与 DNA 结合,HS-AFM 实时观察到 PRM 诱导 DNA 逐步折叠,经历螺旋、杆状中间体,最终形成环形纳米结构,据此提出 “CARD 模型”(螺旋 - 组装 - 杆 - 环形)。雌激素受体 α(ERα)与 DNA 的结合研究则发现,配体(雌激素)可诱导 ERα 二聚化,增强其与 DNA 结合的准确性和稳定性,提出 “配体诱导二聚化(LID)模型”,为癌症激素治疗提供了新机制解析。
HS-AFM 技术挑战与未来方向
尽管 HS-AFM 已取得显著进展,仍存在诸多挑战。其成像深度有限,主要适用于表面结构,难以研究核内深层染色质;样本制备复杂,需精细固定;存在针尖诱导假象风险;扫描范围小,不利于大结构分析;设备昂贵且需专业操作。
未来发展方向包括:提升时间分辨率,利用人工智能(AI)动态调整扫描速率以捕捉超快分子事件;结合超分辨率荧光显微镜,实现功能成像与结构分析的关联;开发三维 HS-AFM,探索染色质的立体组织;实现活细胞非侵入性长期成像,保留生理环境下的动态真实性;借助 AI 驱动的高通量数据分析,自动识别疾病相关结构异常。此外,HS-AFM 与冷冻电镜断层扫描、单分子追踪等技术的结合,将推动核孔与染色质动态研究向多尺度、多维度发展,为癌症、病毒感染、神经退行性疾病等的诊断与治疗提供新策略。
结论
HS-AFM 通过实时、高分辨率成像,革新了核孔复合体与染色质动态研究,揭示了核质运输、基因调控及病毒感染等过程的分子机制。随着技术的不断进步,其在生物医学领域的应用前景广阔,有望为疾病机制解析与精准医疗提供关键工具和理论依据。