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为探究波多黎各皇后笛鲷（Etelis oculatus）种群结构及遗传多样性，研究人员运用 RAD-Seq 技术分析 16,188 个 SNP。结果显示其遗传多样性低、无明显种群分化。该研究为笛鲷资源管理与保护提供关键依据。
在广袤无垠的加勒比海域，渔业资源犹如一座宝藏，滋养着沿岸无数的生命。然而，随着时间的推移，过度捕捞的阴影逐渐笼罩这片海域。曾经繁盛的礁鱼种群，如拿骚石斑鱼（Epinephelus striatus）、巨人石斑鱼（Epinephelus itajara）和红 hind（Epinephelus guttatus）等，在 20 世纪 80 年代纷纷陷入崩溃的困境 。如今，深海鱼类也未能幸免，皇后笛鲷（Etelis oculatus）作为一种商业价值不断攀升的深海鱼类，其生物学和生态学特性却鲜为人知，这给渔业的可持续发展带来了巨大挑战。在此背景下，深入研究皇后笛鲷的种群结构和遗传多样性迫在眉睫。
为解开皇后笛鲷的遗传密码，来自西班牙国家自然科学博物馆（Museo Nacional de Ciencias Naturales, CSIC）、波多黎各大学马亚圭斯分校（University of Puerto Rico at Mayagüez）等机构的研究人员展开了一项重要研究。他们旨在通过精准剖析皇后笛鲷的遗传多样性、种群结构以及地理连通性，为其资源的合理管理和有效保护提供科学依据。最终，研究成果发表在《Marine Life Science 》上。
研究人员采用了多种关键技术方法。在样本采集方面，他们跟随 4 位渔民，历经 10 次捕鱼之旅，使用配备电动卷轴的延绳钓，在 8 个不同地点捕获了 37 条皇后笛鲷，并详细记录相关信息。DNA 提取使用 Qiagen DNeasy 96 Blood and Tissue Kit 试剂盒，之后利用 RAD-Seq 技术构建文库并测序。数据分析时，运用 FastQC 检查原始读数质量，通过一系列参数优化筛选出 16,188 个 SNP 进行后续分析；借助主成分分析（PCA）、判别主成分分析（DAPC）等多种方法评估种群结构和遗传多样性。
研究结果主要涵盖以下方面：
- 样本基础数据：37 条皇后笛鲷样本采集自 8 个地点，捕捞深度在 269 - 456m 之间，平均叉长 35.5cm，平均体重 0.670kg，DNA 提取和文库浓度均满足实验要求，测序共获得 295,098,020 条原始读数。
- 遗传多样性指标：各区域和地点的遗传多样性指标大多相近。平均遗传多样性（HE）区域为 0.275、地点为 0.274；平均观察杂合度（HO）分别为 0.284 和 0.283；近交系数（GIS）在不同区域和地点有差异，但整体接近零 。
- 种群结构分析：成对FST值显示区域间和地点间分化不明显；AMOVA 测试表明遗传变异主要存在于个体内部；PCA 分析发现部分区域和地点样本有分化趋势；STRUCTURE 分析显示K=2时似有两个亚群，但多数个体仍属一个遗传簇；DPCA 分析进一步证实部分个体存在差异，且推断出从别克斯岛（Vieques，VIE）到其他地点的当代基因流。
研究结论和讨论部分意义重大。此次研究首次运用 RAD-Seq 技术对波多黎各皇后笛鲷遗传多样性进行全面分析，发现其与波多黎各浅水笛鲷物种遗传模式相似，且数据与当地表面洋流模型预测相符，证明了 RAD-Seq 技术在种群结构研究中的有效性。研究表明波多黎各水域的皇后笛鲷可能属于一个遗传簇，但分布范围尚不明确。后续研究可扩大采样范围，深入探究其生活史策略和栖息地特征，这对皇后笛鲷资源的科学管理和保护至关重要，有望为加勒比海域渔业可持续发展提供有力支撑，助力在保护海洋生态环境的同时，合理开发利用渔业资源，实现人与自然的和谐共生。
