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在研究 B 细胞相关课题时，细胞分离方法对研究结果的影响备受关注。研究人员开展了 “评估细胞分离方法对 B 细胞基因表达的影响” 的研究，发现正选磁珠分选（MCS）和荧光激活细胞分选（FACS）会改变 B 细胞基因表达，强调实验设计时需谨慎选择分离方法。
在生命科学的微观世界里，B 细胞作为免疫系统的关键成员，一直是众多科研人员关注的焦点。B 细胞不仅在适应性免疫中发挥着抗原呈递、细胞因子分泌和免疫反应调节等重要作用，其产生抗体的能力更是抵御病原体的关键防线。然而，在实验室研究中，由于 B 细胞在人体外周血中占比仅 5% - 10%，为了更深入探究其功能，分离 B 细胞成为常规操作。但问题也随之而来，不同的细胞分离方法是否会干扰 B 细胞的基因表达，进而影响研究结果的准确性和可靠性呢？这一疑问就像一团迷雾，笼罩在 B 细胞研究的道路上。
为了驱散这团迷雾，来自国外研究机构的科研人员踏上了探索之旅。他们开展了一项旨在评估细胞分离方法对 B 细胞基因表达影响的研究。最终研究发现，基于 CD19 的阳性磁珠分选（MCS）和荧光激活细胞分选（FACS）相对于阴性磁珠分选，会导致 B 细胞基因表达出现显著变化，包括免疫活性和受体信号相关基因上调，RNA 加工基因下调。这一发现意义重大，它为后续的 B 细胞研究指明了方向，提醒科研人员在设计实验或分析测序数据时，必须谨慎考虑细胞分离方法，避免因方法不当导致研究结果出现偏差。该研究成果发表在《Experimental Hematology》杂志上。
研究人员在开展此项研究时，运用了多种关键技术方法。样本方面，从美国国立卫生研究院（NIH）临床中心批准的 4 名健康供体（HDs）处采集人类全血样本，分离出外周血单个核细胞（PBMCs）。实验技术上，采用磁珠分选（MCS）和荧光激活细胞分选（FACS）分离 B 细胞；通过免疫表型分析评估 B 细胞纯度；利用 RNA 测序（RNA-seq）测定基因表达谱；借助生物信息学和统计分析挖掘数据信息。
研究结果主要围绕以下几个方面展开：
- B 细胞纯度评估：科研人员用阴性 MCS、阳性 MCS 和 FACS 三种方法从 4 名健康供体的 PBMCs 中分离 B 细胞。结果显示，所有方法都能获得纯度＞90% 的 B 细胞群体，阴性 MCS 和 FACS 的纯度更高，平均达 98% CD19+细胞，阳性 MCS 为 92%。同时发现，CD19 和 CD20 都可用于评估 B 细胞纯度，且效果相似。
- CD19 抗体克隆对 B 细胞纯度评估的影响：研究发现，尽管阳性 MCS 可能存在 CD19 表位阻断，但测试的三种 CD19 抗体克隆（HIB19、4G7 和 SJ25C1）都可用于评估 B 细胞纯度。不过，阳性 MCS 会使 CD19 的平均荧光强度（MFI）显著降低，其中 4G7 克隆降低最为明显，达四倍。
- 分离方法对基因表达的影响：通过对不同方法分离的 B 细胞进行基因表达分析，主成分分析（PCA）发现样本按分离方法聚类，阳性 MCS 和 FACS 聚类在一起，与阴性 MCS 分开。差异基因表达分析显示，阳性 MCS 和 FACS 与阴性 MCS 相比，有大约 3000 个差异表达基因（DEGs）。基因本体（GO）分析表明，阳性 MCS 和 FACS 样本中上调的 DEGs 与免疫反应、B 细胞免疫等相关，下调的 DEGs 与 RNA 加工和剪接有关 。
综合研究结论和讨论部分可知，不同的 B 细胞分离方法确实会对基因表达产生显著影响。这一结论提醒科研人员，在进行 B 细胞相关研究时，选择合适的细胞分离方法至关重要。同时，在使用公开的测序数据集时，也必须关注数据制备过程中采用的分离方法，确保数据的一致性和可比性。这不仅有助于提高研究结果的准确性，还能为未来 B 细胞相关疾病的诊断、治疗和药物研发提供更可靠的理论依据，推动生命科学和健康医学领域的进一步发展。
