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空间蛋白质组学现有方法存在采样精度、通量和蛋白质组覆盖度的权衡问题。研究人员开展了名为 PSPro（proximity labeling for spatial proteomics）的研究，通过优化参数实现高选择性和覆盖度，揭示了肿瘤和脾脏切片中细胞亚群的空间异质性，推动了空间生物学发展。
亮点：
- PSPro：一种基于邻近标记的空间可视化蛋白质组学方法（PSPro: a proximity labeling-based method for spatial visual proteomics）。
- 优化的标记参数实现高选择性和覆盖度（Optimized labeling parameters enable high selectivity and coverage）。
- 分析胰腺肿瘤和脾脏切片中十种细胞类型的蛋白质组（Proteomes of ten cell types in pancreatic tumor and spleen slices are profiled）。
- 揭示单个组织切片中细胞亚群的空间异质性（The spatial heterogeneity of cell subsets in single tissue slice is revealed）。
摘要：空间蛋白质组学（Spatial proteomics）能够深入绘制组织结构图，目前大多通过激光显微切割 - 质谱法（laser microdissection-mass spectrometry，LMD-MS）和基于抗体的成像技术实现。然而，采样精度、通量和蛋白质组覆盖度之间的权衡限制了这些策略的应用。在此，研究人员提出了用于空间蛋白质组学的邻近标记技术（PSPro），该技术将精确的抗体靶向生物素化与高效的亲和纯化相结合，可从单个组织切片中以亚微米分辨率一次性捕获细胞类型蛋白质组。通过微调标记参数，PSPro 在与基于流式细胞术和 LMD 的蛋白质组学工作流程的对比测试中表现可靠。研究人员将 PSPro 应用于肿瘤和脾脏切片，富集了来自十种细胞类型的数千种含有已知标记的蛋白质。研究人员进一步将 LMD 整合到 PSPro 中，以便比较同一组织切片中的细胞亚群，揭示了胰腺肿瘤中癌细胞和免疫细胞的空间蛋白质组异质性。总体而言，PSPro 以一种用户友好的方式，将传统的 “抗体 - 抗原表位” 模式转变为 “抗体 - 细胞类型蛋白质组” 模式，用于空间生物学研究。本文的透明同行评审过程记录包含在补充信息中。
